-
Secvențierea ARN cu un singur nucleu
Progresul în captarea unei singure celule și tehnica de construcție a bibliotecii individuale, combinată cu secvențierea de înaltă performanță, permite studii de exprimare a genelor pe bază de celulă cu celulă.Permite o analiză a sistemului mai profundă și completă a populațiilor de celule complexe, în care evită în mare măsură mascarea eterogenității acestora, luând media tuturor celulelor.
Cu toate acestea, unele celule nu sunt potrivite pentru a fi transformate în suspensie unicelulară, așa că sunt necesare alte metode de preparare a probelor - extracția nucleului din țesuturi, adică nucleul este extras direct din țesuturi sau celulă și preparat în suspensie cu un singur nucleu pentru un singur nucleu. secvențierea celulelor.
BMK oferă un serviciu de secvențiere a ARN-ului unicelular bazat pe Genomics ChromiumTM.Acest serviciu a fost utilizat pe scară largă în studii privind studiile legate de boli, cum ar fi diferențierea celulelor imune, eterogenitatea tumorii, dezvoltarea țesuturilor etc.
Cip de transcriptom spațial: 10× Genomics
Platformă: Platforma Illumina NovaSeq
-
Secvențierea întregului genom plante/animal
Resecvențierea întregului genom, cunoscută și sub numele de WGS, permite dezvăluirea atât a mutațiilor comune, cât și a celor rare pe întregul genom, inclusiv polimorfismul cu un singur nucleotid (SNP), ștergerea inserției (InDel), variația structurii (SV) și variația numărului de copii (CNV). ).SV alcătuiesc o parte mai mare a bazei de variație decât SNP-urile și au un impact mai mare asupra genomului, care are un efect semnificativ asupra organismelor vii.Resecvențierea cu citire lungă permite o identificare mai precisă a fragmentelor mari și a variațiilor complicate, deoarece citirile lungi fac mult mai ușoară încrucișarea cromozomiale peste regiuni complicate, cum ar fi repetarea în tandem, regiunile bogate în GC/AT și regiunile hipervariabile.
Platformă: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptom spațial BMKMANU S1000
Transcriptomica spațială se află în fruntea inovației științifice, dând putere cercetătorilor să se aprofundeze în modele complicate de expresie a genelor în țesuturi, păstrând în același timp contextul lor spațial.În mijlocul diverselor platforme, BMKGene a dezvoltat cip-ul BMKManu S1000 Spatial Transcriptome, oferind unrezoluție îmbunătățităde 5µM, ajungând la intervalul subcelular și activândsetări de rezoluție pe mai multe niveluri.Cipul S1000, cu aproximativ 2 milioane de puncte, folosește microgodeuri stratificate cu perle încărcate cu sonde de captare cu coduri spațiale de bare.O bibliotecă de ADNc, îmbogățită cu coduri de bare spațiale, este pregătită din cipul S1000 și ulterior secvențiată pe platforma Illumina NovaSeq.Combinația de mostre cu coduri de bare spațial și UMI-uri asigură acuratețea și specificitatea datelor generate.Atributul unic al chipului BMKManu S1000 constă în versatilitatea sa, oferind setări de rezoluție pe mai multe niveluri care pot fi reglate fin la diferite țesuturi și niveluri de detaliu.Această adaptabilitate poziționează cipul ca o alegere remarcabilă pentru diverse studii de transcriptomică spațială, asigurând o grupare spațială precisă cu zgomot minim.
Folosind cipul BMKManu S1000 și alte tehnologii de transcriptomică spațială, cercetătorii pot obține o mai bună înțelegere a organizării spațiale a celulelor și a interacțiunilor moleculare complexe care au loc în țesuturi, oferind perspective neprețuite asupra mecanismelor care stau la baza proceselor biologice într-o gamă largă de domenii, inclusiv oncologie, neuroștiințe, biologie dezvoltării, imunologie și studii botanice.
Platformă: cip BMKManu S1000 și Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transcriptomica spațială este o tehnologie de ultimă oră care permite cercetătorilor să investigheze modelele de expresie a genelor în țesuturi, păstrând în același timp contextul lor spațial.O platformă puternică în acest domeniu este 10x Genomics Visium cuplată cu secvențierea Illumina.Principiul 10X Visium se află pe un cip specializat cu o zonă de captare desemnată în care sunt plasate secțiuni de țesut.Această zonă de captură conține pete cu coduri de bare, fiecare corespunzând unei locații spațiale unice în țesut.Moleculele de ARN capturate din țesut sunt apoi etichetate cu identificatori moleculari unici (UMI) în timpul procesului de transcripție inversă.Aceste puncte cu coduri de bare și UMI permit cartografierea spațială precisă și cuantificarea expresiei genelor la o rezoluție cu o singură celulă.Combinația de mostre cu coduri de bare spațial și UMI-uri asigură acuratețea și specificitatea datelor generate.Prin utilizarea acestei tehnologii de transcriptomică spațială, cercetătorii pot obține o înțelegere mai profundă a organizării spațiale a celulelor și a interacțiunilor moleculare complexe care au loc în țesuturi, oferind perspective neprețuite asupra mecanismelor care stau la baza proceselor biologice în mai multe domenii, inclusiv oncologie, neuroștiință, biologia dezvoltării, imunologie. , și studii botanice.
Platformă: 10X Genomics Visium și Illumina NovaSeq
-
Secvențierea ARNm de lungime completă-Nanopore
În timp ce secvențierea ARNm pe bază de NGS servește ca instrument versatil pentru cuantificarea expresiei genelor, dependența sa de citiri scurte îi limitează eficacitatea în analizele transcriptomice complexe.Secvențierea Nanopore, pe de altă parte, folosește tehnologia de citire lungă, permițând secvențierea transcriptelor ARNm de lungime completă.Această abordare facilitează o explorare cuprinzătoare a splicing-ului alternativ, fuziunilor de gene, poliadenilare și cuantificarea izoformelor de ARNm.
Secvențierea nanoporilor se bazează pe semnale electrice în timp real dintr-o singură moleculă de nanopori.Ghidat de proteine motorii, ADN-ul dublu catenar se leagă de proteinele nanoporului încorporate într-un biofilm, derulându-se pe măsură ce trece prin canalul nanoporului sub o diferență de tensiune.Semnalele electrice distinctive generate de diferite baze de pe catena ADN sunt detectate și clasificate în timp real, facilitând secvențierea precisă și continuă a nucleotidelor.Această abordare inovatoare depășește limitările de citire scurtă și oferă o platformă dinamică pentru analiza genomică complicată, include studii transcriptomice complexe.
Platformă: Nanopore Promethion P48
-
Secvențierea ARNm de lungime completă -PacBio
În timp ce secvențierea ARNm pe bază de NGS este un instrument versatil pentru cuantificarea expresiei genelor, dependența sa de citiri scurte limitează utilizarea sa în analizele transcriptomice complexe.Secvențierea PacBio (Iso-Seq), pe de altă parte, folosește tehnologia de citire lungă, permițând secvențierea transcriptelor ARNm de lungime completă.Această abordare facilitează o explorare cuprinzătoare a splicing-ului alternativ, a fuziunilor genice și a poliadenilației, deși nu este alegerea principală pentru cuantificarea expresiei genelor, datorită cantității mari de date necesare.
Tehnologia de secvențiere PacBio se bazează pe secvențierea cu o singură moleculă, în timp real (SMRT), oferind un avantaj distinct în capturarea transcrierilor mARN de lungime completă.Această abordare inovatoare implică utilizarea ghidurilor de undă în modul zero (ZMW), godeuri microfabricate care permit observarea în timp real a activității ADN polimerazei în timpul secvențierii.În cadrul acestor ZMW, ADN polimeraza PacBio sintetizează o catenă complementară de ADN, generând citiri lungi care acoperă totalitatea transcriptelor ARNm.Funcționarea PacBio în modul de secvențiere circulară consens (CCS) îmbunătățește acuratețea prin secvențierea repetată a aceleiași molecule.Citirile HiFi generate au o acuratețe comparabilă cu NGS, contribuind în continuare la o analiză cuprinzătoare și fiabilă a caracteristicilor transcriptomice complexe.Platformă: PacBio Sequel II
-
Secvențierea ARNm eucariote-Illumina
Secvențierea ARNm împuternicește profilarea cuprinzătoare a tuturor transcriptelor ARNm din celule în condiții specifice.Această tehnologie de ultimă oră servește ca un instrument puternic, dezvăluind profiluri complexe de expresie a genelor, structuri genice și mecanisme moleculare asociate cu diverse procese biologice.Adopta pe scară largă în cercetarea fundamentală, diagnosticarea clinică și dezvoltarea medicamentelor, secvențierea ARNm oferă perspective asupra complexității dinamicii celulare și reglării genetice.
Platformă: Illumina NovaSeq X
-
Secvențierea ARNm pe bază de non-referință-Illumina
Secvențierea ARNm împuternicește profilarea cuprinzătoare a tuturor transcriptelor ARNm din celule în condiții specifice.Această tehnologie de ultimă oră servește ca un instrument puternic, dezvăluind profiluri complexe de expresie a genelor, structuri genice și mecanisme moleculare asociate cu diverse procese biologice.Adopta pe scară largă în cercetarea fundamentală, diagnosticarea clinică și dezvoltarea medicamentelor, secvențierea ARNm oferă perspective asupra complexității dinamicii celulare și reglării genetice.
Platformă: Illumina NovaSeq X
-
Secvențiere lungă fără codificare-Illumina
ARN-urile lungi necodificatoare (lncRNAs) sunt ARN-uri mai lungi de 200 de nucleotide care posedă un potențial de codificare minim și sunt elemente esențiale în ARN-ul necodant.Găsite în nucleu și citoplasmă, acești ARN joacă roluri cruciale în reglarea epigenetică, transcripțională și post-transcripțională, subliniind semnificația lor în modelarea proceselor celulare și moleculare.Secvențierea LncRNA este un instrument puternic în diferențierea celulară, ontogeneză și boli umane.
Platformă: Illumina NovaSeq
-
Secvențierea ARN mic-Illumina
Moleculele mici de ARN (ARNs), de obicei sub 200 de nucleotide în lungime, includ microARN (miARN), mici ARN interferenți (siARN) și ARN-uri care interacționează cu piwi (piARN).Printre acestea, miARN-urile, cu o lungime de aproximativ 20-24 de nucleotide, sunt deosebit de demne de remarcat pentru rolurile lor esențiale de reglare în diferite procese celulare.Cu modele de expresie specifice țesuturilor și specifice etapei, miARN-urile prezintă o conservare ridicată la diferite specii.
Platformă: Illumina NovaSeq
-
secvențierea circARN-Illumina
Secvențierea ARN circulară (circRNA-seq) este de a profila și analiza ARN-urile circulare, o clasă de molecule de ARN care formează bucle închise datorită evenimentelor de splicing non-canonice, oferind acestor ARN o stabilitate crescută.În timp ce s-a demonstrat că unele circRNA-uri acționează ca bureți microARN, sechestrează microARN-urile și împiedicându-le să-și regleze ARNm-urile țintă, alte circARN-uri pot interacționa cu proteinele, modulează expresia genelor sau pot avea roluri în procesele celulare.Analiza expresiei circRNA oferă perspective asupra rolurilor de reglementare ale acestor molecule și semnificația lor în diferite procese celulare, stadii de dezvoltare și condiții de boală, contribuind la o înțelegere mai profundă a complexității reglării ARN în contextul expresiei genelor.
-
Secvențierea întregului transcriptom – Illumina
Secvențierea întregului transcriptom oferă o abordare cuprinzătoare pentru profilarea diverselor molecule de ARN, cuprinzând atât ARN-uri codificante (ARNm) cât și ARN-uri necodificante (ARNlnc, ARN-circ și miARN).Această tehnică surprinde transcriptomul complet al celulelor specifice la un moment dat, permițând o înțelegere holistică a proceselor celulare.Cunoscută și sub denumirea de „secvențierea totală a ARN-ului”, acesta își propune să dezvăluie rețele de reglementare complicate la nivel de transcriptom, permițând analize aprofundate, cum ar fi ARN-ul endogen concurent (ceRNA) și analiza comună a ARN-ului.Acesta marchează pasul inițial către caracterizarea funcțională, în special în dezlegarea rețelelor de reglementare care implică interacțiuni ceRNA bazate pe circRNA-miRNA-mRNA.
