Secvențierea fragmentelor amplificate la locus specific (SLAF-Seq)
Flux de lucru
Serviciul are o pre-proiectare in silico pentru a garanta selecția optimă a enzimelor la prepararea bibliotecii.
Schemă tehnică
Caracteristici ale serviciului
● Secvențiere pe NovaSeq cu PE150.
● Pregătirea bibliotecii cu coduri de bare duble, permițând colectarea a peste 1000 de probe.
● Independent de genomul de referință:
Cu genom de referință: descoperirea SNP și InDel
Fără genom de referință: gruparea probelor și descoperirea SNP-urilor
● Înin silicoÎn etapa de pre-proiectare, sunt analizate multiple combinații de enzime de restricție pentru a le găsi pe cele care generează o distribuție uniformă a etichetelor SLAF de-a lungul genomului.
● În timpul pre-experimentului, trei combinații de enzime sunt testate în 3 probe pentru a genera 9 biblioteci SLAF, iar aceste informații sunt utilizate pentru a alege combinația optimă de enzime de restricție pentru proiect.
Avantajele serviciilor
●Descoperirea markerilor genetici de înaltă calitateIntegrăm un sistem de coduri de bare duble de mare randament, care permite secvențierea simultană a unor populații mari și amplificarea specifică locusului, sporind eficiența, asigurându-ne că numerele de etichete îndeplinesc cerințele diverse ale diferitelor întrebări de cercetare.
● Dependență scăzută de genomPoate fi aplicat speciilor cu sau fără genom de referință.
●Proiectare schemă flexibilăDigestia cu o singură enzimă, cu două enzime, cu mai multe enzime și diverse tipuri de enzime pot fi selectate pentru a răspunde diferitelor obiective de cercetare sau specii.
● Eficiență ridicată în digestia enzimaticăConducerea uneiin silicoPre-proiectarea și un pre-experiment asigură un design optim cu o distribuție uniformă a etichetelor SLAF pe cromozom (1 etichetă SLAF/4Kb) și o secvență repetitivă redusă (<5%).
●Expertiză extinsăAducem o vastă experiență în fiecare proiect, având un palmares de peste 5000 de proiecte SLAF-Seq finalizate pe sute de specii, inclusiv plante, mamifere, păsări, insecte și organisme acvatice.
● Flux de lucru bioinformatic dezvoltat de sine stătătorAm dezvoltat un flux de lucru bioinformatic integrat pentru SLAF-Seq pentru a asigura fiabilitatea și acuratețea rezultatului final.
Specificații de service
| Tipul de analiză | Scara populației recomandată | Strategia de secvențiere | |
| Adâncimea secvențierii etichetelor | Numărul etichetei | ||
| Hărți genetice | 2 părinți și >150 de urmași | Părinți: 20x WGS Progenitură: 10x | Dimensiunea genomului: <400 Mb: Se recomandă WGS <1Gb: 100K etichete 1-2Gb:: 200K etichete >2Gb: 300K etichete Maxim 500.000 de etichete |
| Studii de asociere la nivelul întregului genom (GWAS) | ≥200 de probe | 10x | |
| Evoluția genetică | ≥30 de probe, cu >10 probe din fiecare subgrup | 10x | |
Cerințe de serviciu
Concentrație ≥ 5 ng/µL
Cantitate totală ≥ 80 ng
Nanopică OD260/280=1.6-2.5
Gel de agaroză: fără degradare sau contaminare limitată
Livrare recomandată a probelor
Recipient: tub de centrifugă de 2 ml
(Pentru majoritatea probelor, recomandăm să nu se conserve în etanol)
Etichetarea probelor: Probele trebuie să fie etichetate clar și identice cu formularul cu informații despre probe trimis.
Livrare: Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate mai întâi în saci și îngropate în gheață carbonică.
Flux de lucru al serviciului
Controlul calității probelor
Experiment pilot
Experimentul SLAF
Pregătirea bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Analiza noastră bioinformatică cuprinde:
Controlul calității datelor și eliminarea datelor pentru a elimina citirile bogate în N, citirile adaptorului sau citirile de calitate scăzută.
Un al doilea control al calității citirilor curate pentru a verifica distribuția bazelor, calitatea secvenței și o evaluare a datelor, dar și pentru a verifica eficiența digestiei și inserțiile obținute.
După ce citirile sunt verificate, există două opțiuni:
- Maparea la genomul de referință
- Fără un genom de referință: grupare
După aceasta, analiza etichetelor SLAF este utilizată pentru a face apeluri de variante care să ajute la descoperirea markerilor: SNP, InDel, SNV, apeluri CV și adnotări.
Distribuția etichetelor SLAF pe cromozomi:
Distribuția SNP-urilor pe cromozomi:
Adnotare SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X și Shi C (2023) Cartografierea QTL și analiza transcriptomică a conținutului de zahăr în timpul coacerii fructelorPyrus pyrifolia.Față. Știința plantelor.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. și Sun, L. (2022). Identificarea genei st1 relevă o selecție care implică schimbări ale morfologiei semințelor și ale conținutului de ulei în timpul domesticirii soiei.Revista de Biotehnologie a Plantelor, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.și colab.Secvența genomului și diversitatea genetică a crapului comun,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.și colab.Genomul arahidei cultivate oferă informații despre cariotipurile leguminoaselor, evoluția poliploidelor și domesticirea culturilor.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| An | Jurnal | IF | Titlu | Aplicații |
| 2022 | Comunicări în natură | 17.694 | Baza genomică a giga-cromozomilor și giga-genomului bujorului arborescent Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Noul fitolog | 7.433 | Amprentele de domesticire ancorează regiunile genomice de importanță agronomică în soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnalul de Cercetare Avansată | 12.822 | Introgresiuni artificiale la nivelul întregului genom ale Gossypium barbadense în G. hirsutum dezvăluie loci superioare pentru îmbunătățirea simultană a calității și randamentului fibrei de bumbac trăsături | SLAF-Genetică evolutivă |
| 2019 | Uzina Moleculară | 10,81 | Analiza genomică a populației și asamblarea De Novo dezvăluie originea buruienilor Orezul ca joc evolutiv | SLAF-Genetică evolutivă |
| 2019 | Genetica Naturii | 31.616 | Secvența genomului și diversitatea genetică a crapului comun, Cyprinus carpio | Harta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetica Naturii | 25.455 | Genomul arahidei cultivate oferă informații despre cariotipurile leguminoaselor, poliploidele evoluție și domesticirea culturilor. | Harta SLAF-Linkage |
| 2022 | Revista de Biotehnologie a Plantelor | 9.803 | Identificarea ST1 relevă o selecție care implică autostopul morfologiei semințelor și conținutul de ulei în timpul domesticirii soiei | Dezvoltarea markerilor SLAF |
| 2022 | Revista Internațională de Științe Moleculare | 6.208 | Identificarea și dezvoltarea markerilor ADN pentru o specie de grâu-Leymus mollis 2Ns (2D) Substituția cromozomilor disomici | Dezvoltarea markerilor SLAF |
| An | Jurnal | IF | Titlu | Aplicații |
| 2023 | Frontiere în știința plantelor | 6.735 | Cartografierea QTL și analiza transcriptomică a conținutului de zahăr în timpul coacerii fructelor de Pyrus pyrifolia | Harta genetică |
| 2022 | Revista de Biotehnologie a Plantelor | 8.154 | Identificarea ST1 relevă o selecție care implică autostopul morfologiei semințelor și conținutului de ulei în timpul domesticirii soiei
| Apel SNP |
| 2022 | Frontiere în știința plantelor | 6.623 | Cartografierea asocierii la nivelul întregului genom a fenotipurilor Hulless Barely în mediu secetos.
| GWAS |
