Secvențierea întregului transcriptom – Illumina
Caracteristici
● Bibliotecă duală pentru a secvenționa transcriptomul complet: epuizarea ARNr urmată de pregătirea bibliotecii PE150 și selectarea mărimii urmată de prepararea bibliotecii SE50
● Analiza bioinformatică completă a ARNm, lncRNA, circRNA și miARN în rapoarte bioinformatice separate
● Analiza comună a tuturor expresiei ARN în raportul combinat, inclusiv analiza rețelelor ceRNA.
Avantajele serviciului
●Analiza aprofundată a rețelelor de reglementare: analiza rețelei ceRNA este posibilă prin secvențierea comună a ARNm, lncRNA, circRNA și miARN și printr-un flux de lucru bioinformatic exhaustiv.
●Adnotare cuprinzătoare: folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele exprimate diferențiat (DEG) și pentru a efectua analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind perspective asupra proceselor celulare și moleculare care stau la baza răspunsului transcriptom.
●Expertiza extinsa: cu un istoric de închidere cu succes a peste 2000 de proiecte întregi de transcriptom în diverse domenii de cercetare, echipa noastră aduce o bogată experiență fiecărui proiect.
●Control riguros al calității: implementăm puncte de control de bază în toate etapele, de la pregătirea probelor și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică.Această monitorizare meticuloasă asigură furnizarea de rezultate constant de înaltă calitate.
● Adnotare cuprinzătoare: folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele exprimate diferențiat (DEG) și pentru a efectua analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind perspective asupra proceselor celulare și moleculare care stau la baza răspunsului transcriptom.
●Suport post-vânzare: Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni.În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate
Cerințe pentru mostre și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Control de calitate |
| ARNr epuizat | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Mărimea selectată | Illumina SE50 | 10-20 de milioane de citiri |
Cerințe pentru eșantion:
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Plante: RIN≥6,5 Animal: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
Livrare recomandată de mostre
Container:
Tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replicat de exemplu A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Expediere:
1.Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Bioinformatica
Prezentare generală a expresiei ARN
Gene exprimate diferențial
analiza ceRNA
MiARN-uri exprimate diferențial și ARN-uri înrudite
Explorați progresele în cercetare facilitate de serviciile de secvențiere a întregului transcriptom al BMKGene printr-o colecție de publicații organizată.
Dai, Y. şi colab.(2022) „Profilurile de expresie cuprinzătoare ale ARNm, lncRNA și miARN în boala Kashin-Beck identificate prin secvențierea ARN”, Molecular Omics, 18 (2), pp. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan și colab.(2022) „Analiza transcriptomelor de lungime completă a rezistenței la frig a Apis cerana în Muntele Changbai în timpul perioadei de iernare”, Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ şi colab.(2022) „Prioritizarea bazată pe integrarea multi-omică a rețelelor concurente de reglementare a ARN endogen în cancerul pulmonar cu celule mici: caracteristici moleculare și candidați la medicamente”, Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. şi colab.(2022) „Analiza integrată a profilurilor de expresie lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA dezvăluie noi perspective asupra mecanismelor potențiale ca răspuns la nematozii cu nod rădăcină din arahide”, BMC Genomics, 23 (1), pp. 1-12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. şi colab.(2022) „Secvențierea ARN-ului transcriptomului întreg evidențiază mecanismele moleculare asociate cu menținerea calității postrecoltare în broccoli prin iradierea cu LED roșu”, Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
