BMKCloud Log in
条形banner-03

Продукты

10 пространственных транскриптомов Genomics Visium

Пространственная транскриптомика — это передовая технология, которая позволяет исследователям исследовать закономерности экспрессии генов в тканях, сохраняя при этом их пространственный контекст.Одной из мощных платформ в этой области является 10x Genomics Visium в сочетании с секвенированием Illumina.Принцип 10X Visium заключается в использовании специализированного чипа с выделенной областью захвата, куда помещаются срезы тканей.Эта область захвата содержит пятна со штрих-кодом, каждое из которых соответствует уникальному пространству в ткани.Захваченные молекулы РНК из ткани затем помечаются уникальными молекулярными идентификаторами (UMI) во время процесса обратной транскрипции.Эти пятна со штрих-кодом и UMI обеспечивают точное пространственное картирование и количественную оценку экспрессии генов с разрешением одной клетки.Сочетание образцов с пространственным штрих-кодом и UMI обеспечивает точность и специфичность генерируемых данных.Используя эту технологию пространственной транскриптомики, исследователи могут получить более глубокое понимание пространственной организации клеток и сложных молекулярных взаимодействий, происходящих внутри тканей, предлагая бесценную информацию о механизмах, лежащих в основе биологических процессов в различных областях, включая онкологию, нейробиологию, биологию развития, иммунологию. и ботанические исследования.

Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq.


  • Цена ФОБ:0,5–9999 долларов США/шт.
  • Мин.Количество заказа:100 шт./шт.
  • Возможность поставки:10000 шт./шт. в месяц
  • Детали услуги

    Биоинформатика

    Демонстрационные результаты

    Рекомендуемые публикации

    Функции

    ● Разрешение: 100 мкм.

    ● Диаметр пятна: 55 мкм.

    ● Количество мест: 4992.

    ● Область захвата: 6,5 x 6,5 мм.

    ● Каждое место со штрих-кодом заполнено праймерами, состоящими из 4 секций:

    - поли(дТ) хвост для прайминга мРНК и синтеза кДНК

    - Уникальный молекулярный идентификатор (UMI) для коррекции систематической ошибки амплификации.

    - Пространственный штрих-код

    - Последовательность связывания частичного чтения 1 праймера секвенирования

    ● Окрашивание срезов H&E

    Преимущества

    Универсальное обслуживание: объединяет все этапы, основанные на опыте и навыках, включая криосекционирование, окрашивание, оптимизацию тканей, пространственное штрих-кодирование, подготовку библиотеки, секвенирование и биоинформатику.

    ● Высококвалифицированная техническая команда.: с опытом работы с более чем 250 типами тканей и более чем 100 видами, включая человека, мышь, млекопитающих, рыб и растений.

    Обновление в реальном времени по всему проекту: с полным контролем хода эксперимента.

    Комплексная стандартная биоинформатика:пакет включает 29 анализов и более 100 качественных показателей.

    Индивидуальный анализ и визуализация данных: доступен для различных исследовательских запросов.

    Дополнительный совместный анализ с секвенированием одноклеточной мРНК

    Технические характеристики

    Образцы требований

    Библиотека

    Стратегия секвенирования

    Рекомендуемые данные

    Контроль качества

    Криообразцы, встроенные в ОКТ, образцы FFPE

    (Оптимальный диаметр: ок. 6x6x6 мм3)

    3 блока на образец

    Библиотека кДНК 10X Visium

    Иллюмина PE150

    50 000 чтений PE на одно место

    ( 60Гб )

    РИН>7

    Для получения более подробной информации о руководстве по подготовке проб и рабочем процессе обслуживания, пожалуйста, свяжитесь с

    Рабочий процесс обслуживания

    На этапе подготовки образца проводится первоначальная пробная экстракция РНК, чтобы гарантировать возможность получения РНК высокого качества.На этапе оптимизации ткани срезы окрашиваются и визуализируются, а также оптимизируются условия пермеабилизации для высвобождения мРНК из ткани.Оптимизированный протокол затем применяется во время создания библиотеки с последующим секвенированием и анализом данных.

    Полный рабочий процесс обслуживания включает обновления в режиме реального времени и подтверждения клиентов для поддержания оперативного цикла обратной связи, гарантируя бесперебойное выполнение проекта.

    фото 4

  • Предыдущий:
  • Следующий:

  • 10x (9)

     

    Включает в себя следующий анализ:

     Контроль качества данных:

    o Вывод данных и распределение показателей качества.

    o Обнаружение генов на точку

    o Покрытие тканей

     Внутренний анализ образца:

    o Генное богатство

    o Точечная кластеризация, включая анализ уменьшенных размеров.

    o Анализ дифференциальной экспрессии между кластерами: идентификация маркерных генов

    o Функциональная аннотация и обогащение маркерных генов

     Межгрупповой анализ

    o Рекомбинация пятен из обоих образцов (например, больного и контрольного) и повторная кластеризация

    o Идентификация маркерных генов для каждого кластера

    o Функциональная аннотация и обогащение маркерных генов

    o Дифференциальное выражение одного и того же кластера между группами

    Внутренний анализ пробы

    Точечная кластеризация

    10x (10)

     

    Идентификация маркерных генов и пространственное распределение

     

    10x (12)

    10x (11)

     

    Межгрупповой анализ

    Объединение данных из обеих групп и повторной кластеризации

    10x (13)

     

     

    Маркерные гены новых кластеров

    фото 5

    Ознакомьтесь с достижениями службы пространственной транскриптомики BMKGene от 10X Visium в этих избранных публикациях:

    Чен, Д. и др.(2023) «mthl1, потенциальный гомолог адгезионных GPCR млекопитающих у дрозофилы, участвует в противоопухолевых реакциях на инъецированные онкогенные клетки у мух», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.е2303462120.дои: /10.1073/pnas.2303462120

    Чен, Ю. и др.(2023) «STEEL позволяет разграничивать пространственно-временные транскриптомные данные с высоким разрешением», Briefings in Bioinformatics, 24 (2), стр. 1–10.дои: 10.1093/BIB/BBAD068.

    Лю, С. и др.(2022) «Пространственно-временной атлас органогенеза в развитии цветов орхидеи», Nucleic Acids Research, 50 (17), стр. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.

    Ван Дж. и др.(2023) «Интеграция пространственной транскриптомики и секвенирования одноядерной РНК раскрывает потенциальные терапевтические стратегии при лейомиоме матки», Международный журнал биологических наук, 19 (8), стр. 2515–2530.дои: 10.7150/IJBS.83510.

    получить предложение

    Напишите здесь свое сообщение и отправьте его нам

    Отправьте нам сообщение: