Массовый сегрегантный анализ
Преимущества сервиса
Такаги и др., Журнал растений, 2013 г.
● Точная локализация: смешивание групп от 30+30 до 200+200 особей для минимизации фонового шума;Прогнозирование области-кандидата на основе несинонимичных мутантов.
● Комплексный анализ: Углубленная аннотация функций генов-кандидатов, включая NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG и т. д.
● Более быстрое время обработки: Быстрая локализация гена в течение 45 рабочих дней.
● Обширный опыт: компания BMK внесла свой вклад в локализацию тысяч признаков, охватывающих различные виды, такие как сельскохозяйственные культуры, водные продукты, леса, цветы, фрукты и т. д.
Технические характеристики услуги
Население:
Сегрегация потомства родителей с противоположными фенотипами.
например, потомство F2, обратное скрещивание (BC), рекомбинантная инбредная линия (RIL)
Смешивающий бассейн
По качественным признакам: от 30 до 50 особей (минимум 20)/масса.
Количественно: от 5% до 10% людей с любым крайним фенотипом во всей популяции (минимум 30+30).
Рекомендуемая глубина секвенирования
По крайней мере, 20X/родитель и 1X/отдельная особь (например, для смешанного пула потомков, состоящего из 30+30 особей, глубина секвенирования будет 30X на одну массу)
Биоинформатический анализ
● Полногеномное повторное секвенирование.
● Обработка данных
● Вызов SNP/Indel
● Проверка региона-кандидата
● Аннотация функции гена-кандидата.
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
Нуклеотиды:
| образец гДНК | Образец ткани |
| Концентрация: ≥30 нг/мкл | Растения: 1-2 г. |
| Количество: ≥2 мкг (объем ≥15 мкл) | Животные: 0,5-1 г. |
| Чистота: OD260/280= 1,6-2,5. | Цельная кровь: 1,5 мл. |
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1. Анализ ассоциаций основан на евклидовом расстоянии (ED) для определения региона-кандидата.На следующем рисунке
Ось X: число хромосом;Каждая точка представляет значение ED SNP.Черная линия соответствует установленному значению ED.Более высокое значение ED указывает на более значительную связь между сайтом и фенотипом.Красная пунктирная линия представляет собой порог значимой ассоциации.
2. Анализ ассоциаций, основанный на отсутствии SNP-индекса.
Ось X: число хромосом;Каждая точка представляет значение SNP-индекса.Черная линия обозначает установленное значение SNP-индекса.Чем больше значение, тем более значима связь.
Дело БМК
Локус количественного признака с основным эффектом Fnl7.1 кодирует обильный белок позднего эмбриогенеза, связанный с длиной шейки плода огурца.
Опубликовано: Журнал биотехнологии растений, 2020
Стратегия секвенирования:
Родители (Jin5-508, YN): Полногеномное повторное секвенирование для 34× и 20×.
Пулы ДНК (50 с длинной шеей и 50 с короткой шеей): повторное секвенирование для 61× и 52×.
Ключевые результаты
В этом исследовании сегрегирующая популяция (F2 и F2:3) была получена путем скрещивания линии огурца с длинной шеей Jin5-508 и линии YN с короткой шеей.Два пула ДНК были созданы 50 особями с очень длинной шеей и 50 особями с очень короткой шеей.QTL с основным эффектом был идентифицирован на Chr07 с помощью анализа BSA и традиционного картирования QTL.Область-кандидат была дополнительно сужена с помощью точного картирования, количественной оценки экспрессии генов и трансгенных экспериментов, которые выявили ключевой ген, контролирующий длину шеи, CsFnl7.1.Кроме того, было обнаружено, что полиморфизм в промоторной области CsFnl7.1 связан с соответствующей экспрессией.Дальнейший филогенетический анализ показал, что локус Fnl7.1, скорее всего, происходит из Индии.
 QTL-картирование в анализе BSA для идентификации области-кандидата, связанной с длиной шейки огурца |  Профили LOD QTL длиной шейки огурца, идентифицированные на Chr07 |
Сюй X. и др.«Локус количественного признака с основным эффектом Fnl7.1 кодирует обильный белок позднего эмбриогенеза, связанный с длиной шейки плода огурца».Журнал биотехнологии растений 18.7 (2020).
