Секвенирование циркРНК-Illumina
Функции
● Истощение рРНК с последующей направленной подготовкой библиотеки, позволяющей секвенировать данные, специфичные для цепи.
● Биоинформатический рабочий процесс позволяет прогнозировать циркРНК и количественно определять экспрессию.
Преимущества сервиса
●Более полные библиотеки РНК:мы используем истощение рРНК вместо линейного истощения РНК в нашей предварительной подготовке к библиотеке, гарантируя, что данные секвенирования включают не только циркРНК, но также мРНК и днРНК, что позволяет проводить совместный анализ этих наборов данных.
●Дополнительный анализ конкурентных сетей эндогенных РНК (ceRNA): предоставление более глубокого понимания механизмов клеточной регуляции
●Обширная экспертиза: имея опыт обработки более 20 000 образцов в BMK, охватывающих различные типы образцов и проекты днРНК, наша команда привносит богатый опыт в каждый проект.
●Строгий контроль качества: мы реализуем основные контрольные точки на всех этапах: от подготовки образцов и библиотек до секвенирования и биоинформатики.Такой тщательный мониторинг обеспечивает неизменно высокое качество результатов.
● Послепродажная поддержка: Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания.В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| Поли А обогащенный | Иллюмина PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Конц. (нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥6,5; Для животных: РИН≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Лист или семя: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 450 мг
Внутренности или мозг: 240 мг
Мышцы: 600 мг
Кости, волосы или кожа: 1,5 г.
● Членистоногие:
Насекомые: 9 г
Ракообразные: 450 мг
● Цельная кровь:2 трубки
● Ячейки: 106 клетки
● Сыворотка и плазма: 6 мл
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки RNAstable: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
Предсказание циркРНК: хромосомное распределение
Дифференциально экспрессируемые циркРНК – график вулкана
Дифференциально экспрессируемые циркРНК – иерархическая кластеризация
Функциональное обогащение генов хозяина циркРНК
Ознакомьтесь с достижениями в области исследований, которым способствуют услуги по секвенированию циркРНК BMKGene, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Ван, X. и др.(2021) «CPSF4 регулирует образование циркРНК и опосредованное микроРНК молчание генов при гепатоцеллюлярной карциноме», Oncogene 2021 40:25, 40(25), стр. 4338–4351.дои: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся, К. и др.(2023) «X oo-чувствительный транскриптом раскрывает роль кольцевой РНК133 в устойчивости к болезням путем регуляции экспрессии OsARAB в рисе», Phytopathology Research, 5(1), стр. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/РИСУНКИ/6.
Ю, Х. и др.(2023) «CPSF3 модулирует баланс кольцевых и линейных транскриптов при гепатоцеллюлярной карциноме».дои: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Чжан Ю. и др.(2023) «Комплексная оценка циркРНК при цирротической кардиомиопатии до и после трансплантации печени», International Immunopharmacology, 114, стр.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
