BMKCloud Log in
条形banner-03

Продукты

Полноразмерное секвенирование мРНК - PacBio

зановополноразмерное секвенирование транскриптома, также известное какзановоIso-Seq использует преимущества секвенатора PacBio в длине считывания, что позволяет секвенировать полноразмерные молекулы кДНК без каких-либо разрывов.Это полностью позволяет избежать любых ошибок, возникающих на этапах сборки транскрипта, и создает наборы унигенов с разрешением на уровне изоформы.Этот набор унигенов предоставляет мощную генетическую информацию в виде «эталонной генома» на уровне транскриптома.Кроме того, в сочетании с данными секвенирования нового поколения эта услуга обеспечивает точную количественную оценку экспрессии на уровне изоформы.

Платформа: PacBio, продолжение II.
Библиотека: библиотека звонков SMRT

  • :
  • Детали услуги

    Демонстрационные результаты

    Тематическое исследование

    Преимущества сервиса

    2

    ● Прямое считывание полноразмерной молекулы кДНК от 3'-конца до 5'-конца.

    ● Разрешение уровня изоформы в структуре последовательности.

    ● Стенограммы с высокой точностью и целостностью.

    ● Высокая совместимость с другими видами.

    ● Большие возможности секвенирования благодаря 4 оборудованным платформам секвенирования PacBio Sequel II.

    ● Имеет большой опыт реализации более чем 700 проектов по секвенированию РНК на основе Pacbio.

    ● Доставка результатов на основе BMKCloud: на платформе доступен индивидуальный анализ данных.

    ● Послепродажное обслуживание действительно в течение 3 месяцев после завершения проекта.

    Технические характеристики услуги

    Платформа: PacBio, продолжение II.

    Библиотека секвенирования: Библиотека мРНК, обогащенная поли А.

    Рекомендуемый объем данных: 20 Гб/выборка (в зависимости от вида)

    ФЛНК(%): ≥75%

    *FLNC: Полноразмерные нехимерные трансципты.

    Биоинформатический анализ

    ● Обработка необработанных данных.
     
    ● Идентификация стенограммы
     
    ● Структура последовательности
     
    ● Количественная оценка экспрессии
     
    ● Аннотация функции

    полноразмерный пакбио

    Требования к образцам и доставка

    Образец требований:

    Нуклеотиды:

    Конц.(нг/мкл)

    Количество (мкг)

    Чистота

    Честность

    ≥ 120

    ≥ 0,6

    ОД260/280=1,7-2,5

    ОД260/230=0,5-2,5

    Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле.

    Для растений: RIN≥7,5;

    Для животных: РИН≥8,0;

    5,0≥28S/18S≥1,0;

    ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии

    Ткань: Вес (сухой):≥1 г
    *Для тканей весом менее 5 мг мы рекомендуем отправлять быстрозамороженные (в жидком азоте) образцы тканей.

    Клеточная суспензия:Количество ячеек = 3×106- 1×107
    *Мы рекомендуем отправлять замороженный лизат клеток.Если количество ячеек меньше 5 × 105рекомендуется мгновенное замораживание в жидком азоте, что предпочтительнее для микроэкстракции.

    Образцы крови:Объем≥1 мл

    Микроорганизм:Масса ≥ 1 г

    Рекомендуемая доставка образцов

    Контейнер:
    Центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать оловянную фольгу)
    Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...

    Отгрузка:

    1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
    2. Пробирки RNAstable: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.

    Рабочий процесс обслуживания

    Образец контроля качества

    Дизайн эксперимента

    доставка образца

    Доставка образца

    Пилотный эксперимент

    экстракция РНК

    Подготовка библиотеки

    Строительство библиотеки

    Последовательность действий

    Последовательность действий

    Анализ данных

    Анализ данных

    Послепродажное обслуживание

    Послепродажное обслуживание


  • Предыдущий:
  • Следующий:

  • 1. Распределение длины FLNC

    Длина полноразмерного нехимерного считывания (FLNC) указывает длину кДНК в конструкции библиотеки.Распределение длины ФЛНК является важным показателем при оценке качества строительства библиотеки.

    Распределение длины чтения мРНК-FLNC

    Распределение длины чтения FLNC

    2. Полное распределение длины региона ORF.

    Мы используем TransDecoder для прогнозирования кодирующих областей белка и соответствующих аминокислотных последовательностей для создания наборов унигенов, которые содержат полную неизбыточную информацию о транскриптах во всех образцах.

    мРНК-полное распределение длин ORF

    Полное распределение длины региона ORF

    3. Анализ обогащения пути KEGG

    Дифференциально экспрессируемые транскрипты (DET) можно идентифицировать путем сопоставления данных секвенирования РНК на основе NGS с полноразмерными наборами транскриптов, созданными с помощью данных секвенирования PacBio.Эти DET могут быть дополнительно обработаны для различного функционального анализа, например, анализа обогащения пути KEGG.

    Обогащение пути мРНК-DEG-KEGG

    Обогащение пути DET KEGG - точечный график

    Дело БМК

    Динамика развития транскриптома стебля Populus

    Опубликовано: Журнал биотехнологии растений, 2019

    Стратегия секвенирования:
    Сбор образцов:области стебля: вершина, первое междоузлие (IN1), второе междоузлие (IN2), третье междоузлие (IN3), междоузлие (IN4) и междоузлие (IN5) от Nanlin895.
    NGS-последовательность:РНК 15 особей были объединены в один биологический образец.Три биологических повтора каждой точки были обработаны для определения последовательности NGS.
    TGS-последовательность:Области ствола были разделены на три региона, т.е. вершину, IN1-IN3 и IN4-IN5.Каждый регион обрабатывали для секвенирования PacBio с использованием четырех типов библиотек: 0–1 КБ, 1–2 КБ, 2–3 КБ и 3–10 КБ.

    Ключевые результаты

    1. Всего было идентифицировано 87150 полноразмерных транскриптов, в которых была идентифицирована 2081 новая изоформа и 62058 новых альтернативных сплайсированных изоформ.
    Идентифицировано 21187 днРНК и 356 гибридных генов.
    3. От первичного роста до вторичного роста было идентифицировано 15838 дифференциально экспрессируемых транскриптов из 995 дифференциально экспрессируемых генов.Во всех DEG 1216 были факторами транскрипции, о большинстве из которых еще не сообщалось.
    4. Анализ обогащения GO выявил важность клеточного деления и окислительно-восстановительного процесса в первичном и вторичном росте.

    • Тематическое исследование полноразмерного секвенирования РНК PB

      Альтернативные события сплайсинга и различные изоформы

    • Альтернативный сплайсинг полноразмерной РНК PB

      Анализ WGCNA на факторы транскрипции

    Ссылка

    Чао Ц, Гао ЗФ, Чжан Д и др.Динамика развития транскриптома стебля Populus.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    получить ценовое предложение

    Напишите здесь свое сообщение и отправьте его нам

    Отправьте нам сообщение: