Вход в BMKCloud

Продукты

Секвенирование ДНК/РНК – нанопоровый секвенатор

Секвенирование ДНК/РНК – изображение нанопорового секвенатора

Секвенирование ONT — это технология секвенирования электрических сигналов отдельных молекул в реальном времени, основанная на нанопорах. Принцип секвенирования на каждой платформе одинаков. Двухцепочечная ДНК/РНК связывается с нанопористым белком, встроенным в биопленку, и раскручивается под действием моторного белка. Под действием разности напряжений с обеих сторон биопленки нити ДНК/РНК проходят через нанопористый канал с определенной скоростью. Из-за различий в химических свойствах различных оснований в нитях ДНК/РНК, при прохождении одной молекулы ДНК через нанопористый канал происходит изменение электрических сигналов. Путем обнаружения и сопоставления этих сигналов можно рассчитать соответствующие типы оснований и осуществить секвенирование в реальном времени.

Связаться с нами

Подробная информация об услуге

Результат демонстрации

Подробная информация об услуге и ее функциях

Платформа	Размер библиотеки	Теоретическая производительность (на ячейку)	Точность по одной базе	Приложения
Нанопора	8 кб, 10 кб, 20 кб, сверхдлинная кДНК-ПЦР	70-90 Гбит/с	85-92%	Выявление структурных вариантов, секвенирование de novo, полногеномное секвенирование, Iso-Seq, аннотация генов, обнаружение метилирования ДНК.

Преимущества сервиса

● Более 5 лет опыта работы с платформой секвенирования PacBio, тысячи завершенных проектов с различными видами животных.
● BMKGENE является официальным партнером Oxford Nanopore и имеет двойную сертификацию РНК/ДНК-платформ.
● Существуют распространенные модели секвенаторов с полным комплектом оборудования и достаточной пропускной способностью секвенирования.
● На основе платформы Nanopore более 10 исследований in vitro, посвященных животным и растениям, были опубликованы в известных международных журналах.

Пример требований

Тип образца

Количество

Концентрация (Qubit ®)

Объем

Чистота

Другие

Геномная ДНК

Зависит от требований к данным.

≥20 нг/мкл

≥15 мкл

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Четкий пик при 260 нм, отсутствие загрязнений.

Концентрацию необходимо измерять с помощью Qubit и Qubit/Nanopore ≤ 2

Общая РНК

≥1,2 мкг

≥100 мкг/мкл

≥15 мкл

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230 = 0,5-2,5; отсутствие загрязнений.

Значение RIN ≥7,5

Рабочий процесс обслуживания

Подготовка образцов

Строительство библиотеки

Секвенирование

Анализ данных

Реализация проекта

Предыдущий: Готовые библиотеки Illumina

Следующий: Секвенирование фрагментов, амплифицированных в конкретном локусе (SLAF-Seq)

Оценка качества данных образца ДНК

Таблица 1. Статистические данные по очищенным данным.

БМКИД	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	cleanN50Len	cleanN90Len	cleanMeanLen	cleanMaxLen	cleanMeanQual
ДНК_БМК01	1 218 239	26.37	1 121 736	25.90	28,014	15,764	23,090	143,181	9

Оценка качества данных образца РНК

Таблица 1. Статистические данные по очищенным данным.

Имя файла	Идентификатор клиента	ReadNum	BaseNum	Н50	Средняя длина	Максимальная длина	MeanQscore
RNA_BMK001	C2	8 947 708	4 047 230 083	398	452	129,227	Q12