Эволюционная генетика
Преимущества сервиса
Такаги и др.,Заводской журнал, 2013
● Оценка времени и скорости дивергенции видов на основе изменений на уровне нуклеотидов и аминокислот.
● Выявление более достоверных филогенетических связей между видами с минимальным влиянием конвергентной эволюции и параллельной эволюции.
● Построение связей между генетическими изменениями и фенотипами для выявления генов, связанных с признаками.
● Оценка генетического разнообразия, отражающего эволюционный потенциал видов.
● Более быстрое время обработки
● Обширный опыт: BMK накопил огромный опыт в проектах, связанных с популяцией и эволюцией, за более чем 12 лет, охватывающих сотни видов и т. д., и внес свой вклад в более чем 80 проектов высокого уровня, опубликованных в журналах Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal и т. д.
Технические характеристики услуги
Материалы:
Обычно рекомендуется использовать как минимум три субпопуляции (например, подвиды или штаммы).Каждая субпопуляция должна содержать не менее 10 особей (Растения >15, количество редких видов может быть уменьшено).
Стратегия секвенирования:
* WGS может использоваться для видов с высококачественным эталонным геномом, тогда как SLAF-Seq применим к видам как с эталонным геномом, так и без него, или к эталонному геному низкого качества.
| Применимо к размеру генома | ВГС | SLAF-Теги (×10 000) |
| ≤ 500 МБ | 10×/индивидуал | WGS более рекомендуется |
| 500 Мб - 1 Гб | 10 | |
| 1 Гб - 2 Гб | 20 | |
| ≥2 ГБ | 30 |
Биоинформатический анализ
● Эволюционный анализ
● Выборочная развертка
● Поток генов
● Демографическая история.
● Время расхождения
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
| Разновидность | Салфетка | WGS-NGS | ВЛАС |
| Животное
| Висцеральная ткань |
0,5~1 г
|
0,5 г
|
| Мышечная ткань | |||
| Кровь млекопитающих | 1,5 мл
| 1,5 мл
| |
| Кровь птицы/рыбы | |||
| Растение
| Свежий лист | 1~2 г | 0,5~1 г |
| Лепесток/Стебель | |||
| Корень/Семя | |||
| Клетки | Культивированная клетка |
| гДНК | Концентрация | Количество (угу) | ОД260/ОД280 |
| ВЛАС | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
*Показанные здесь демонстрационные результаты взяты из геномов, опубликованных с помощью BMKGENE.
1.Эволюционный анализ включает в себя построение филогенетического дерева, структуры популяции и PCA на основе генетических вариаций.
Филогенетическое древо представляет таксономические и эволюционные отношения между видами, имеющими общего предка.
PCA стремится визуализировать близость между подгруппами населения.
Структура популяции показывает наличие генетически различных субпопуляций с точки зрения частот аллелей.
Чен и др.ал.,ПНАС, 2020
2. Выборочная развертка
Выборочная проверка относится к процессу, при котором выбирается выгодный сайт и частота связанных нейтральных сайтов увеличивается, а частота несвязанных сайтов уменьшается, что приводит к сокращению региональных.
Полногеномное обнаружение в выборочных областях проверки обрабатывается путем расчета популяционного генетического индекса (π, Fst, D Тадзимы) всех SNP в пределах скользящего окна (100 КБ) на определенном шаге (10 КБ).
Нуклеотидное разнообразие (π)
Д Тадзимы
Индекс фиксации(Fst)
Ву и др.ал.,Молекулярный завод, 2018
3. Поток генов
Ву и др.ал.,Молекулярный завод, 2018
4.Демографическая история
Чжан и др.ал.,Природа Экология и эволюция, 2021 г.
5. Время расхождения
Чжан и др.ал.,Природа Экология и эволюция, 2021 г.
Дело БМК
Карта геномных вариаций дает представление о генетической основе селекции весенней китайской капусты (Brassica rapa ssp. Pekinensis).
Опубликовано: Молекулярный завод, 2018
Стратегия секвенирования:
Повторное секвенирование: глубина секвенирования: 10×.
Ключевые результаты
В этом исследовании 194 кочана китайской капусты были обработаны для повторного секвенирования со средней глубиной 10×, что дало 1 208 499 SNP и 416 070 InDels.Филогенетический анализ этих 194 линий показал, что эти линии можно разделить на три экотипа: весенний, летний и осенний.Кроме того, структура популяции и анализ PCA показали, что весенняя китайская капуста произошла от осенней капусты в провинции Шаньдун, Китай.Впоследствии они были завезены в Корею и Японию, скрещены с местными линиями, а некоторые их поздноцветущие сорта были завезены обратно в Китай и, наконец, стали весенней китайской капустой.
Полногеномное сканирование яровой китайской капусты и осенней капусты при селекции выявило 23 геномных локуса, прошедших строгий отбор, два из которых перекрывались с областью, контролирующей время курения, на основе QTL-картирования.Было обнаружено, что эти две области содержат ключевые гены, регулирующие цветение, BrVIN3.1 и BrFLC1.В дальнейшем было подтверждено, что эти два гена участвуют во времени отпирания, путем изучения транскриптома и трансгенных экспериментов.
 Анализ структуры населения по китайской капусте |  Генетическая информация о выборе китайской капусты |
Тунбин и др.«Карта геномных вариаций дает представление о генетической основе селекции весенней китайской капусты (Brassica rapa ssp.pekinensis)».Молекулярные растения,11(2018):1360-1376.
