-
Секвенирование генома растений/животных De novo
De novoсеквенирование относится к построению всего генома вида с использованием технологий секвенирования, например, PacBio, Nanopore, NGS и т. д., в отсутствие эталонного генома.Заметное улучшение длины считывания технологий секвенирования третьего поколения открыло новые возможности для сборки сложных геномов, таких как геномы с высокой гетерозиготностью, высоким соотношением повторяющихся областей, полиплоидов и т. д. С длиной считывания на уровне десятков тысяч оснований эти чтения секвенирования позволяют разрешение повторяющихся элементов, областей с аномальным содержанием GC и других очень сложных областей.
Платформа: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Сборка генома на основе Hi-C
Hi-C — это метод, предназначенный для захвата конфигурации хромосом путем сочетания зондирующих взаимодействий на основе близости и высокопроизводительного секвенирования.Считается, что интенсивность этих взаимодействий отрицательно коррелирует с физическим расстоянием на хромосомах.Следовательно, данные Hi-C могут управлять кластеризацией, упорядочением и ориентацией собранных последовательностей в черновом геноме и привязкой их к определенному количеству хромосом.Эта технология позволяет собирать геном на уровне хромосом в отсутствие генетической карты на основе популяции.Каждый отдельный геном нуждается в Hi-C.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Эволюционная генетика
Эволюционная генетика — это упакованный сервис секвенирования, предназначенный для всесторонней интерпретации эволюционной информации о данных материалах на основе генетических вариаций, включая SNP, InDels, SV и CNV.Он обеспечивает весь фундаментальный анализ, необходимый для описания эволюционных изменений и генетических особенностей популяций, таких как структура популяции, генетическое разнообразие, филогенетические отношения и т. д. Он также содержит исследования потока генов, что позволяет оценить эффективный размер популяции, время дивергенции.
-
Сравнительная геномика
Сравнительная геномика буквально означает сравнение полных геномных последовательностей и структур разных видов.Эта дисциплина направлена на выявление эволюции видов, функций генов, механизма регуляции генов на уровне генома путем выявления структур и элементов последовательностей, которые сохранились или дифференцировались у разных видов.Типичное сравнительное исследование геномики включает анализ семейства генов, эволюционного развития, дупликации всего генома, селективного давления и т. д.
-
Массовый сегрегантный анализ
Массовый сегрегантный анализ (BSA) — это метод, используемый для быстрой идентификации генетических маркеров, связанных с фенотипом.Основной рабочий процесс BSA включает выбор двух групп людей с крайне противоположными фенотипами, объединение ДНК всех людей для формирования двух массивов ДНК, определение дифференциальных последовательностей между двумя пулами.Этот метод широко используется для идентификации генетических маркеров, тесно связанных с целевыми генами в геномах растений/животных.
