Длинное некодирующее секвенирование - Illumina
Преимущества сервиса
●Совместный анализ мРНК и длинных некодирующих РНКСочетание количественного анализа мРНК-транскриптов с изучением длинных некодирующих РНК (lncRNA) и их мишеней позволяет получить углубленное представление о регуляторном механизме, лежащем в основе клеточного ответа.
●Обширный опытМы обработали более 230 000 образцов, охватывающих самые разнообразные задачи и проекты. Наш богатый опыт подходит к каждому проекту.
●Совместный анализ мРНК и длинных некодирующих РНКМы объединяем количественную оценку мРНК-транскриптов с изучением длинных некодирующих РНК (lncRNA) и их мишеней, что позволяет получить углубленное представление о регуляторном механизме, лежащем в основе клеточного ответа.
●Строгий контроль качестваМы внедряем ключевые контрольные точки на всех этапах, от подготовки образцов до подготовки библиотек, секвенирования и биоинформатики. Наш тщательный мониторинг гарантирует получение неизменно высококачественных результатов.
●Подробная аннотацияМы используем несколько баз данных для функциональной аннотации дифференциально экспрессируемых генов (ДЭГ) и проведения соответствующих анализов обогащения. Такой комплексный подход позволяет получить представление о клеточных и молекулярных процессах, лежащих в основе транскриптомного ответа, гарантируя, что вы получите всю возможную информацию о данных вашего эксперимента.
●Послепродажная поддержкаМы понимаем, насколько важно присутствовать на объекте, поэтому наши обязательства распространяются и на период после завершения проекта, включая 3-месячное послепродажное обслуживание. В течение этого времени мы предлагаем сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сессии вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и условия доставки
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| направленная библиотека с дефицитом рРНК | Иллюмина PE150 | 10-16 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиды:
| Концентрация (нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 На геле наблюдается незначительное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК. | RIN≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограниченное или отсутствие повышения исходного уровня |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Листья или семена: 300 мг
Плоды: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 450 мг
Внутренние органы или мозг: 240 мг
Мышечная масса: 600 мг
Кости, волосы или кожа: 1,5 г
● Членистоногие:
Насекомые: 9 г
Ракообразные: 450 мг
● Цельная кровь:2 трубки
● Клетки: 106 клетки
● Сыворотка и плазма: 6 мл
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (использование фольги не рекомендуется).
Пример маркировки: Группа + повтор, например, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Отправка:
1. Сухой лед: Образцы необходимо упаковать в пакеты и закопать в сухой лед.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно высушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образцов
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
- Исходные данные
- Контроль качества данных
- Выравнивание геномов
- Структура генов (альтернативный сплайсинг, оптимизация структуры генов и предсказание новых генов)
- Количественная оценка экспрессии генов
- Анализ дифференциальной экспрессии
- Аннотация и анализ обогащения дифференциально экспрессируемых генов + Целевые гены дифференциально экспрессируемых длинных некодирующих РНК
- Идентификация стенограммы
- Идентификация lncRNA (консервация lncRNA и известные lncRNA)
- прогнозирование целевых генов lncRNA
- количественная оценка экспрессии lncRNA
- Совместный анализ с данными мРНК
Анализ дифференциальной экспрессии генов (ДЭГ)
Количественная оценка экспрессии lncRNA – кластеризация
Обогащение целевых генов lncRNA
Совместный анализ положения мРНК и lncRNA – диаграмма Circos (средний круг – мРНК, внутренний круг – lncRNA).
Ознакомьтесь с достижениями, которые обеспечивает сервис секвенирования lncRNA от BMKGene, в тщательно подобранной коллекции публикаций.
Джи, Х. и др. (2020) «Идентификация, функциональное прогнозирование и проверка ключевых lncRNA, связанных с холодовым стрессом, в печени крыс».Научные отчеты2020 10:1, 10(1), стр. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Цзя, Ч. и др. (2021) «Интегративный транскриптомный анализ выявляет иммунный механизм устойчивого к CyHV-3 штамма обыкновенного карпа».Границы иммунологии, 12, с. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Ван, С.Дж. и др. (2022) «Приоритизация конкурирующих эндогенных сетей регуляции РНК на основе мультиомиксной интеграции при мелкоклеточном раке легких: молекулярные характеристики и кандидаты в лекарственные препараты».Границы в онкологии, 12, с. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сяо, Л. и др. (2020) «Генетический анализ сети коэкспрессии генов, лежащей в основе фотосинтеза у тополя».Журнал биотехнологии растений, 18(4), стр. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Чжэн, Х. и др. (2022) «Глобальная регуляторная сеть для нарушенной экспрессии генов и аномальной метаболической сигнализации в иммунных клетках в микроокружении болезни Грейвса и тиреоидита Хашимото».Границы иммунологии, 13, с. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
