секвенирование мРНК (NGS) – De novo

Секвенирование мРНК позволяет проводить профилирование всех транскриптов мРНК в клетках в определенных условиях и является широко используемой технологией в различных областях исследований. Конвейер BMKCloud De novo mRNA-seq предназначен для анализа библиотек секвенирования, обогащенных поли-А-последовательностями, в отсутствие референсного генома. Конвейер начинается с контроля качества, за которым следуетде новоСборка транскриптов и выбор набора унигенов. Анализ структуры унигенов предсказывает кодирующие последовательности (CDS) и простые повторяющиеся последовательности (SSR). Затем анализ дифференциальной экспрессии выявляет дифференциально экспрессируемые гены (DEGs) в исследуемых условиях, после чего проводится функциональная аннотация и обогащение DEGs для получения биологических данных.