Неэталонное секвенирование мРНК-NGS
Функции
● Захват полимРНК перед подготовкой библиотеки.
● Независимость от какого-либо эталонного генома: на основе сборки транскриптов de novo, создание списка унигенов, аннотированных несколькими базами данных (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG).
● Комплексный биоинформатический анализ экспрессии генов и структуры транскриптов.
Преимущества сервиса
●Обширная экспертиза: благодаря опыту обработки более 600 000 образцов в BMKGENE, охватывающих различные типы образцов, таких как клеточные культуры, ткани и жидкости организма, наша команда привносит богатый опыт в каждый проект. Мы успешно закрыли более 100 000 проектов мРНК-Seq в различных областях исследований.
●Строгий контроль качества: мы реализуем основные контрольные точки на всех этапах: от подготовки образцов и библиотек до секвенирования и биоинформатики. Такой тщательный мониторинг обеспечивает получение неизменно высококачественных результатов.
● Подробная аннотация.: мы используем несколько баз данных для функциональной аннотации дифференциально экспрессируемых генов (DEG) и выполнения соответствующего анализа обогащения, предоставляя представление о клеточных и молекулярных процессах, лежащих в основе ответа транскриптома.
●Послепродажная поддержка: наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
| Поли А обогащенный | Иллюмина PE150 ДНБСЕК-Т7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Конц. (нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥4,0; Для животных: РИН≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Лист или семя: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 300 мг
Внутренности или мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Кости, волосы или кожа: 1 г
● Членистоногие:
Насекомые: 6 г
Ракообразные: 300 мг
● Цельная кровь: 1 тюбик
● Ячейки: 106 клетки
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки RNAstable: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
Сборка транскриптома и унигенная селекция
Унигенная аннотация
Корреляция выборок и оценка биологических повторов
Дифференциально экспрессируемые гены (DEG)
Функциональная аннотация DEG
Функциональное обогащение ДЭГ
Изучите достижения, достигнутые благодаря услугам BMKGene по секвенированию мРНК эукариотических NGS, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Шен Ф. и др. (2020) «Сборка транскриптома de novo и экспрессия генов с учетом пола в гонадах амурского сома (Silurus asotus)», Genomics, 112 (3), стр. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Чжан С. и др. (2016) «Транскриптомный анализ метаболизма сахарозы во время набухания и развития луковицы лука (Allium cepa L.)», Frontiers in Plant Science, 7 (сентябрь), стр. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Чжу, К. и др. (2017) «Сборка de novo, характеристика и аннотация транскриптома Sarcocheilichthys sinensis», PLoS ONE, 12 (2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Цзоу, Л. и др. (2021) «Анализ транскриптома de novo дает представление о солеустойчивости Podocarpus macrophyllus в условиях засоления», BMC Plant Biology, 21(1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/РИСУНКИ/9.
