Полногеномное секвенирование растений/животных
1. Преимущества обслуживания
Обширный опыт секвенирования геномов более 1000 видов.
Более 800 опубликованных случаев с совокупным импакт-фактором более 4000.
Комплексный биоинформатический анализ вариационного вызова и функционального анализа.
2. Спецификации услуг
| Платформа | Библиотека | Рекомендуемая глубина последовательностей | |
| Иллюмина | ПЭ 150 | Для SNP количество вызовов InDel ≥ 10x Для SV вызов CNY ≥ 30x
| |
| Нанопор
| 8 КБ | Для SV вызов CNY ≥ 20x | |
| Пакбио | CCS | 15 КБ | Для вызовов SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Образцы требований
| Платформа | Конц.(нг/μL)
| Сумма (нг)
| Чистота
| Агарозный гель
| ||
| ОД260/280 | ОД260/230 | 1. Очистить основную полосу без или с ограничениемдеградация наблюдается на геле. 2. Отсутствие или ограниченное загрязнение РНК или белками.
| ||||
| Иллюмина | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Нанопор
| ≥30 | Зависит от объема данных 10 мкг/клетка | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Пакбио | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Биоинформационный анализ
5. Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
экстракция ДНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Доставка данных
1) Статистика картирования генома
Таблица 1. Статистика результатов картирования
Рис. 1. Распределение размеров вставок и покрытия операций чтения.
2) Обнаружение изменений
Рисунок 2. Статистика и аннотации SNP/INDEL/SV среди выборок.
Рисунок 3. Распределение вариаций по всему геному.
3) Функциональная аннотация вариантов
| 2019 год | Природные коммуникации | Полногеномное повторное секвенирование выявило происхождение Brassica napus и генетические локусы, участвующие в его улучшении. |
| 2020 год | ПНАС | Эволюционное происхождение и история одомашнивания золотой рыбки (Carassius auratus) |
| 2021 год | Журнал биотехнологии растений | Эталонные геномы двух культивируемых видов джута |
| 2021 год | Журнал биотехнологии растений | Геномные особенности растительного и масличного аллополиплоида Brassicajuncea и генетические локусы, контролирующие накопление глюкозинолатов |
| 2019 год | Молекулярный завод | Полногеномное ресеквенирование мировой коллекции образцов рапса выявило генетическую основу дивергенции их экотипов |
| 2022 год | Исследования в области садоводства | Полногеномный анализ ассоциаций дает молекулярное представление о естественных вариациях размера семян арбуза. |
| 2021 год | Журнал экспериментальной ботаники | Полногеномное исследование ассоциации идентифицирует варианты GhSAD1, придающие хлопку холодоустойчивость |
| 2021 год | Журнал экспериментальной ботаники | Полногеномное исследование ассоциаций и сравнение транскриптомов выявили новые QTL и гены-кандидаты, которые контролируют размер лепестков рапса. |
