-
Секвенирование одноядерной РНК
Достижения в области захвата отдельных клеток и техники создания индивидуальных библиотек в сочетании с высокопроизводительным секвенированием позволяют изучать экспрессию генов на поклеточной основе.Это позволяет проводить более глубокий и полный системный анализ сложных популяций клеток, при этом в значительной степени избегая маскировки их гетерогенности путем взятия среднего значения всех клеток.
Однако некоторые клетки не подходят для приготовления одноклеточной суспензии, поэтому необходимы другие методы подготовки проб – экстракция ядра из тканей, то есть ядро непосредственно извлекается из тканей или клеток и готовится в одноядерную суспензию для одноядерной суспензии. секвенирование клеток.
BMK предоставляет 10-кратную услугу секвенирования одноклеточной РНК на основе Genomics Chromium™.Эта услуга широко использовалась в исследованиях, связанных с заболеваниями, такими как дифференцировка иммунных клеток, гетерогенность опухолей, развитие тканей и т. д.
Чип пространственного транскриптома: 10× Геномика
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq
-
Полногеномное секвенирование растений/животных
Повторное секвенирование всего генома, также известное как WGS, позволяет выявлять как распространенные, так и редкие мутации во всем геноме, включая однонуклеотидный полиморфизм (SNP), делецию вставки (InDel), вариацию структуры (SV) и вариацию числа копий (CNV). ).SV составляют большую часть вариационной базы, чем SNP, и оказывают большее влияние на геном, что оказывает существенное влияние на живые организмы.Повторное секвенирование длинного считывания позволяет более точно идентифицировать большие фрагменты и сложные вариации, поскольку длинные чтения значительно облегчают хромосомный кроссинг в сложных регионах, таких как тандемные повторы, регионы, богатые GC/AT, и гипервариабельные регионы.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore.
-
Пространственный транскриптом BMKMANU S1000
Пространственная транскриптомика находится на переднем крае научных инноваций, позволяя исследователям углубляться в сложные закономерности экспрессии генов в тканях, сохраняя при этом их пространственный контекст.На основе различных платформ компания BMKGene разработала чип пространственной транскриптомы BMKManu S1000, обладающийповышенное разрешение5 мкм, достигая субклеточного диапазона и позволяямногоуровневые настройки разрешения.Чип S1000, имеющий около 2 миллионов точек, использует микролунки, покрытые шариками, загруженными датчиками захвата с пространственным штрих-кодом.Библиотека кДНК, обогащенная пространственными штрих-кодами, готовится из чипа S1000 и впоследствии секвенируется на платформе Illumina NovaSeq.Сочетание образцов с пространственным штрих-кодом и UMI обеспечивает точность и специфичность генерируемых данных.Уникальная особенность чипа BMKManu S1000 заключается в его универсальности: он предлагает многоуровневые настройки разрешения, которые можно точно настроить для различных тканей и уровней детализации.Такая адаптивность делает чип отличным выбором для разнообразных исследований пространственной транскриптомики, обеспечивая точную пространственную кластеризацию с минимальным шумом.
Используя чип BMKManu S1000 и другие технологии пространственной транскриптомики, исследователи могут лучше понять пространственную организацию клеток и сложные молекулярные взаимодействия, происходящие внутри тканей, что дает бесценную информацию о механизмах, лежащих в основе биологических процессов в широком диапазоне областей, включая онкология, нейробиология, биология развития, иммунология и ботанические исследования.
Платформа: чип BMKManu S1000 и Illumina NovaSeq.
-
10 пространственных транскриптомов Genomics Visium
Пространственная транскриптомика — это передовая технология, которая позволяет исследователям исследовать закономерности экспрессии генов в тканях, сохраняя при этом их пространственный контекст.Одной из мощных платформ в этой области является 10x Genomics Visium в сочетании с секвенированием Illumina.Принцип 10X Visium заключается в использовании специализированного чипа с выделенной областью захвата, куда помещаются срезы тканей.Эта область захвата содержит пятна со штрих-кодом, каждое из которых соответствует уникальному пространству в ткани.Захваченные молекулы РНК из ткани затем помечаются уникальными молекулярными идентификаторами (UMI) во время процесса обратной транскрипции.Эти пятна со штрих-кодом и UMI обеспечивают точное пространственное картирование и количественную оценку экспрессии генов с разрешением одной клетки.Сочетание образцов с пространственным штрих-кодом и UMI обеспечивает точность и специфичность генерируемых данных.Используя эту технологию пространственной транскриптомики, исследователи могут получить более глубокое понимание пространственной организации клеток и сложных молекулярных взаимодействий, происходящих внутри тканей, предлагая бесценную информацию о механизмах, лежащих в основе биологических процессов в различных областях, включая онкологию, нейробиологию, биологию развития, иммунологию. и ботанические исследования.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq.
-
Полноразмерное секвенирование мРНК – нанопора
Хотя секвенирование мРНК на основе NGS служит универсальным инструментом для количественной оценки экспрессии генов, его зависимость от коротких считываний ограничивает его эффективность в сложных транскриптомных анализах.С другой стороны, при секвенировании нанопор используется технология длительного считывания, позволяющая секвенировать полноразмерные транскрипты мРНК.Этот подход облегчает всестороннее исследование альтернативного сплайсинга, слияний генов, полиаденилирования и количественной оценки изоформ мРНК.
Секвенирование нанопор основано на электрических сигналах одиночных молекул нанопор в реальном времени.Под руководством моторных белков двухцепочечная ДНК связывается с белками нанопор, встроенными в биопленку, разматываясь при прохождении через канал нанопор под действием разности потенциалов.Отличительные электрические сигналы, генерируемые различными основаниями цепи ДНК, обнаруживаются и классифицируются в режиме реального времени, что обеспечивает точное и непрерывное секвенирование нуклеотидов.Этот инновационный подход преодолевает ограничения короткого чтения и обеспечивает динамическую платформу для сложного геномного анализа, включая сложные транскриптомные исследования.
Платформа: Нанопор Прометион P48
-
Полноразмерное секвенирование мРНК - PacBio
Хотя секвенирование мРНК на основе NGS является универсальным инструментом для количественной оценки экспрессии генов, его зависимость от коротких считываний ограничивает его использование в сложных транскриптомных анализах.С другой стороны, секвенирование PacBio (Iso-Seq) использует технологию длительного считывания, позволяющую секвенировать полноразмерные транскрипты мРНК.Этот подход облегчает всестороннее исследование альтернативного сплайсинга, слияний генов и полиаденилирования, хотя он не является основным выбором для количественной оценки экспрессии генов из-за большого объема требуемых данных.
Технология секвенирования PacBio основана на секвенировании одной молекулы в реальном времени (SMRT), что дает явное преимущество в захвате полноразмерных транскриптов мРНК.Этот инновационный подход предполагает использование волноводов с нулевой модой (ZMW), микро-лунок, которые позволяют наблюдать активность ДНК-полимеразы в режиме реального времени во время секвенирования.Внутри этих ZMW ДНК-полимераза PacBio синтезирует комплементарную цепь ДНК, генерируя длинные чтения, охватывающие все транскрипты мРНК.Работа PacBio в режиме циклического консенсусного секвенирования (CCS) повышает точность за счет многократного секвенирования одной и той же молекулы.Сгенерированные считывания HiFi имеют точность, сравнимую с NGS, что дополнительно способствует всестороннему и надежному анализу сложных транскриптомных функций.Платформа: PacBio, продолжение II.
-
Секвенирование мРНК эукариот – Illumina
Секвенирование мРНК дает возможность комплексного профилирования всех транскриптов мРНК внутри клеток в определенных условиях.Эта передовая технология служит мощным инструментом, раскрывающим сложные профили экспрессии генов, генные структуры и молекулярные механизмы, связанные с разнообразными биологическими процессами.Секвенирование мРНК, широко используемое в фундаментальных исследованиях, клинической диагностике и разработке лекарств, позволяет глубже понять тонкости клеточной динамики и генетической регуляции.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Неэталонное секвенирование мРНК – Illumina
Секвенирование мРНК дает возможность комплексного профилирования всех транскриптов мРНК внутри клеток в определенных условиях.Эта передовая технология служит мощным инструментом, раскрывающим сложные профили экспрессии генов, генные структуры и молекулярные механизмы, связанные с разнообразными биологическими процессами.Секвенирование мРНК, широко используемое в фундаментальных исследованиях, клинической диагностике и разработке лекарств, позволяет глубже понять тонкости клеточной динамики и генетической регуляции.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Длинное некодирующее секвенирование — Illumina
Длинные некодирующие РНК (днРНК) — это РНК длиной более 200 нуклеотидов, которые обладают минимальным кодирующим потенциалом и являются ключевыми элементами некодирующей РНК.Эти РНК, обнаруженные в ядре и цитоплазме, играют решающую роль в эпигенетической, транскрипционной и посттранскрипционной регуляции, что подчеркивает их значение в формировании клеточных и молекулярных процессов.Секвенирование LncRNA — мощный инструмент в дифференцировке клеток, онтогенезе и заболеваниях человека.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенирование малых РНК-Illumina
Молекулы малых РНК (мРНК), обычно длиной менее 200 нуклеотидов, включают микроРНК (миРНК), малые интерферирующие РНК (миРНК) и piwi-взаимодействующие РНК (пиРНК).Среди них микроРНК длиной около 20-24 нуклеотидов особенно примечательны своей ключевой регуляторной ролью в различных клеточных процессах.Благодаря тканеспецифичному и стадийно-специфичному паттерну экспрессии микроРНК демонстрируют высокую консервативность у разных видов.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенирование циркРНК-Illumina
Секвенирование кольцевой РНК (circRNA-seq) предназначено для профилирования и анализа кольцевых РНК, класса молекул РНК, которые образуют замкнутые петли из-за неканонических событий сплайсинга, обеспечивая этим РНК повышенную стабильность.Хотя было показано, что некоторые циркРНК действуют как губки микроРНК, изолируя микроРНК и не позволяя им регулировать целевые мРНК, другие циркРНК могут взаимодействовать с белками, модулировать экспрессию генов или играть роль в клеточных процессах.Анализ экспрессии циркРНК дает представление о регуляторной роли этих молекул и их значении в различных клеточных процессах, стадиях развития и состояниях заболеваний, способствуя более глубокому пониманию сложности регуляции РНК в контексте экспрессии генов.
-
Секвенирование всего транскриптома – Illumina
Секвенирование всего транскриптома предлагает комплексный подход к профилированию разнообразных молекул РНК, охватывающий как кодирующие (мРНК), так и некодирующие РНК (днРНК, циркРНК и микроРНК).Этот метод фиксирует полный транскриптом конкретных клеток в данный момент, что позволяет получить целостное понимание клеточных процессов.Этот метод, также известный как «тотальное секвенирование РНК», направлен на раскрытие сложных регуляторных сетей на уровне транскриптома, что позволяет проводить углубленный анализ, такой как конкурирующая эндогенная РНК (цРНК) и совместный анализ РНК.Это знаменует собой первый шаг на пути к функциональной характеристике, особенно в раскрытии регуляторных сетей, включающих взаимодействия церРНК на основе циркРНК-миРНК-мРНК.
