Секвенирование малых РНК - Illumina
Функции
● Подготовка библиотеки для выбора размера.
● Биоинформатический анализ, ориентированный на прогнозирование микроРНК и определение их мишеней.
Преимущества сервиса
●Обширный опытМы обработали более 300 образцов различных типов. Наш богатый опыт подходит к каждому проекту.
●Строгий контроль качестваМы внедряем ключевые контрольные точки на всех этапах, от подготовки образцов до подготовки библиотек, секвенирования и биоинформатики. Наш тщательный мониторинг гарантирует получение неизменно высококачественных результатов.
●Комплексный биоинформатический анализ:Это позволяет идентифицировать как известные, так и новые микроРНК, определять мишени микроРНК, а также проводить соответствующую функциональную аннотацию и обогащение с использованием множества баз данных (KEGG, GO).
●Послепродажная поддержкаМы понимаем, насколько важно присутствовать на объекте, поэтому наши обязательства распространяются и на период после завершения проекта, включая 3-месячное послепродажное обслуживание. В течение этого времени мы предлагаем сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сессии вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и условия доставки
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| Выбранный размер | Иллюмина SE50 | 10–20 миллионов прочтений | Q30≥85% |
Пример требований:
Нуклеотиды:
| Концентрация (нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 На геле наблюдается незначительное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК. | RIN≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограниченное или отсутствие повышения исходного уровня |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Листья или семена: 300 мг
Плоды: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 450 мг
Внутренние органы или мозг: 240 мг
Мышечная масса: 600 мг
Кости, волосы или кожа: 1,5 г
● Членистоногие:
Насекомые: 9 г
Ракообразные: 450 мг
● Цельная кровь: 2 трубки
● Клетки: 106 клетки
● Сыворотка и плазма:6 мл
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (использование фольги не рекомендуется).
Пример маркировки: Группа + повтор, например, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Отправка:
1. Сухой лед: Образцы необходимо упаковать в пакеты и закопать в сухой лед.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно высушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образцов
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
● Контроль качества исходных данных
● Классификация малых РНК
● Анализ экспрессии и дифференциальной экспрессии микроРНК
● Аннотация генов-мишеней miRNA и дифференциально экспрессируемых генов-мишеней miRNA
● Аннотация целевых генов и анализ функционального обогащения дифференциально экспрессируемых генов микроРНК
Идентификация микроРНК: структура и глубина исследования.
Дифференциальная экспрессия микроРНК – иерархическая кластеризация
Функциональная аннотация мишеней дифференциально экспрессируемых микроРНК
Ознакомьтесь с достижениями в области исследований, которые стали возможны благодаря услугам секвенирования sRNA от BMKGene, в тщательно подобранной коллекции публикаций.
Чен, Х. и др. (2023) «Вирусные инфекции подавляют биосинтез сапонинов и фотосинтез у Panax notoginseng».Физиология и биохимия растений, 203, с. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Ли, Х. и др. (2023) «Растительный белок FREE1, содержащий домен FYVE, взаимодействует с компонентами микропроцессора для подавления биогенеза микроРНК».EMBO сообщает, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Ю, Дж. и др. (2023) «МикроРНК Ame-Bantam-3p контролирует развитие куколок личинок, воздействуя на ген MEGF8 (Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8) у медоносной пчелы Apis mellifera».Международный журнал молекулярных наук, 24(6), с. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Чжан, М. и др. (2018) «Комплексный анализ микроРНК и генов, связанных с качеством мяса, показывает, что Gga-MiR-140-5p влияет на отложение внутримышечного жира у кур».Клеточная физиология и биохимия, 46(6), стр. 2421–2433. дои: 10.1159/000489649.
