Секвенирование малых РНК-полимераз - Illumina
Функции
● Подготовка библиотеки выбора размера.
● Биоинформатический анализ, сосредоточенный на прогнозировании и мишенях miRNA.
Преимущества обслуживания
●Обширный опыт: Мы обработали более 300 образцов самых разных типов. Мы привносим весь наш опыт в каждый проект.
●Строгий контроль качества: Мы реализуем основные контрольные точки на всех этапах, от подготовки образцов до подготовки библиотеки, секвенирования и биоинформатики. Наш тщательный мониторинг гарантирует неизменно высокое качество результатов.
●Комплексный биоинформатический анализ:Он позволяет идентифицировать как известные, так и новые микроРНК, идентифицировать мишени микроРНК, а также проводить соответствующую функциональную аннотацию и обогащение с использованием нескольких баз данных (KEGG, GO).
●Послепродажная поддержка: Мы понимаем, насколько важно присутствовать на месте, поэтому наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и включают трёхмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого периода мы предлагаем сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сессии вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и их доставка
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| Выбранный размер | Иллюмина SE50 | 10–20 млн прочтений | Q30≥85% |
Требования к образцу:
Нуклеотиды:
| Конц.(нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 На геле обнаружено ограниченное количество или отсутствие загрязнения белком или ДНК. | РИН≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базового уровня |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Листья или семена: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 450 мг
Внутренности или мозг: 240 мг
Мышцы: 600 мг
Кости, волосы или кожа: 1,5 г
● Членистоногие:
Насекомые: 9 г
Ракообразные: 450 мг
● Цельная кровь: 2 трубки
● Клетки: 106 клетки
● Сыворотка и плазма:6 мл
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу)
Пример маркировки: Группа+репликация, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Отгрузка:
1. Сухой лед: Образцы необходимо упаковать в пакеты и захоронить в сухом льду.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно высушить в пробирке для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и отправить при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образцов
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
● Контроль качества исходных данных
● Классификация малых РНК
● Анализ экспрессии miRNA и дифференциальной экспрессии
● Целевой ген miRNA и аннотация целевого гена miRNA с дифференциальной экспрессией
● Аннотация целевых генов и обогащение функций генов дифференциально экспрессируемых миРНК
Идентификация микроРНК: структура и глубина
Дифференциальная экспрессия микроРНК – иерархическая кластеризация
Функциональная аннотация мишени дифференциально экспрессируемых микроРНК
Познакомьтесь с научными достижениями, достигнутыми благодаря услугам BMKGene по секвенированию малых РНК, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Чен, Х. и др. (2023) «Вирусные инфекции подавляют биосинтез сапонинов и фотосинтез у Panax notoginseng»,Физиология и биохимия растений, 203, стр. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Ли, Х. и др. (2023) «Растительный белок FREE1, содержащий домен FYVE, ассоциируется с компонентами микропроцессора, подавляя биогенез микроРНК»,Отчеты EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Ю, Дж. и др. (2023) «МикроРНК Ame-Bantam-3p контролирует развитие куколки личинки, воздействуя на ген множественных доменов эпидермального фактора роста 8 (megf8) у медоносной пчелы Apis mellifera»,Международный журнал молекулярных наук, 24(6), стр. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Чжан, М. и др. (2018) «Комплексный анализ микроРНК и генов, связанных с качеством мяса, показывает, что Gga-MiR-140-5p влияет на отложение внутримышечного жира у кур»,Клеточная физиология и биохимия, 46(6), стр. 2421–2433. дои: 10.1159/000489649.
