16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
سروس فائدا
● 16S/18S/ITS جي مڪمل ڊگھائي تسلسل کي ظاهر ڪندي ڊگھي پڙهڻ
● PacBio CCS موڊ جي ترتيب سان انتهائي درست بنيادي ڪالنگ
● OTU/ASV تشريح ۾ نسلن جي سطح جو حل
● تازه ترين QIIME2 تجزيي وارو وهڪرو متنوع تجزين سان گڏ ڊيٽابيس، تشريح، OTU/ASV جي لحاظ کان.
● متنوع مائڪروبيل ڪميونٽي مطالعي لاء قابل اطلاق
● BMK 100,000 کان وڌيڪ نمونن/سال سان گڏ وسيع تجربو رکي ٿي، مٽي، پاڻي، گيس، سلج، ٿلهي، آنڊن، چمڙي، خمير جو شور، حشرات، ٻوٽا وغيره.
● BMKCloud آسان ڪيل ڊيٽا جي تشريح تي مشتمل آهي 45 ذاتي تجزيي جا اوزار
خدمت جي وضاحت
| تسلسلپليٽ فارم | لائبريري | سفارش ٿيل ڊيٽا | ڦيرڦار جو وقت |
| PacBio Sequel II | SMRT-گھنٽي | 5K/10K/20K ٽيگ | 44 ڪم ڏينهن |
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● خام ڊيٽا معيار ڪنٽرول
● OTU ڪلسترنگ/ڊي-شور (ASV)
● OTU تشريح
● الفا تنوع
● بيٽا تنوع
● بين الاقوامي گروپ تجزيو
● تجرباتي عوامل جي خلاف انجمن جو تجزيو
● فنڪشن جين جي اڳڪٿي
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
لاءِڊي اين اي ڪڍڻ:
| نموني جو قسم | رقم | توجهه | پاڪائي |
| ڊي اين اي ڪڍڻ | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
ماحولياتي نموني لاء:
| نموني جو قسم | تجويز ڪيل نموني جي طريقيڪار |
| مٽي | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛باقي سڪل مادي کي سطح تان هٽائڻ جي ضرورت آهي؛وڏن ٽڪرن کي پيس ۽ 2 ملي ايم فلٽر ذريعي گذريو؛محفوظ ڪرڻ لاءِ sterile EP-tube يا cyrotube ۾ عليڪوٽ جا نمونا. |
| وات | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛گڏ ڪريو ۽ aliquot جا نمونا sterile EP-tube يا cryotube ۾ محفوظ ڪرڻ لاءِ. |
| آنت جو مواد | نمونن تي عمل ڪرڻ جي ضرورت آهي aseptic حالت ۾.گڏ ٿيل ٽشو کي PBS سان ڌوئڻ؛PBS کي سينٽريفيوج ڪريو ۽ EP-ٽيوب ۾ اڳڪٿي ڪندڙ گڏ ڪريو. |
| ڪچرو | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛گڏ ڪريو ۽ aliquot سلج جو نمونو sterile EP-tube يا cryotube ۾ محفوظ ڪرڻ لاء |
| پاڻي وارو | مائڪروبيل جي محدود مقدار سان نموني لاءِ، جهڙوڪ نل جو پاڻي، کوهه جو پاڻي، وغيره، گهٽ ۾ گهٽ 1 L پاڻي گڏ ڪريو ۽ 0.22 μm فلٽر ذريعي لنگهيو ته جيئن جھلي تي مائڪروبيل کي بهتر بڻائي سگهجي.جھلي کي sterile ٽيوب ۾ ذخيرو ڪريو. |
| چمڙي | احتياط سان چمڙي جي مٿاڇري کي جراثيم کان پاڪ ڪپهه جي سواب يا جراحي بليڊ سان ڇڪيو ۽ ان کي جراثيم کان پاڪ ٽيوب ۾ رکو. |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
نموني کي 3-4 ڪلاڪن لاء مائع نائٽروجن ۾ منجمد ڪريو ۽ مائع نائيٽروجن يا -80 درجا ڊگھي مدت تائين محفوظ ڪريو.خشڪ برف سان نموني جي ترسيل گهربل آهي.
سروس ڪم فلو
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
1. تشريح جي شرح V3+V4(Illumina) جي بنياد تي مائڪروبيل ڪميونٽي پروفائلنگ بمقابله مڪمل ڊگھائي (PacBio) تي ٻڌل پروفائلنگ.
(30 بي ترتيب چونڊيل منصوبن جي ڊيٽا انگن اکرن لاءِ لاڳو ڪئي وئي)
2. مختلف نمونن جي قسمن ۾ نسلن جي سطح تي مڪمل ڊگھي ايمپليڪن جي ترتيب جي تشريح جي شرح
3.Species ورڇ
4. Phylogenetic وڻ
BMK ڪيس
ارسنڪ جي نمائش آنڊن جي رڪاوٽ کي نقصان پهچائي ٿي ۽ نتيجي ۾ گٽ-جگر جي محور کي چالو ڪري ٿو جيڪو بتھ ۾ جگر جي سوزش ۽ پائروپٽوسس جو سبب بڻجي ٿو.
شايع ٿيل:ڪل ماحوليات جو سائنس،2021
حڪمت عملي جي ترتيب:
نموني: ڪنٽرول بمقابله 8 mg/kg ATO بي نقاب گروپ
ترتيب ڏيڻ واري ڊيٽا جي پيداوار: مجموعي طور تي 102,583 خام سي سي ايس ترتيبون
ڪنٽرول: 54,518 ± 747 موثر سي سي ايس
ATO-بي نقاب: 45,050 ± 1675 مؤثر CCS
اهم نتيجا
الفا تنوع:ATO نمائش خاص طور تي بتھ ۾ آنت جي مائڪروبيل اميري ۽ تنوع کي تبديل ڪري ڇڏيو.
Metastats جو تجزيو:
فيلم جي سطح ۾: 2 بيڪٽيريا فيلا صرف ڪنٽرول گروپن ۾ ڳوليا ويا
جينس جي سطح ۾: 6 نسل خاص طور تي مختلف قسم جي گهڻائي ۾ مليا ويا
نسلن جي سطح ۾: مجموعي طور تي 36 نسلن جي سڃاڻپ ڪئي وئي، جن مان 6 خاص طور تي مختلف قسم جي گهڻائي ۾ مختلف آهن.
حوالو
Thingholm, LB, et al.ٽائپ 2 ذیابيطس سان گڏ ۽ ان کان سواءِ ٿلها ماڻهو مختلف گٽ مائڪروبيل فنڪشنل ظرفيت ۽ ساخت ڏيکاريندا آهن.سيل ميزبان ۽ مائڪروب26.2 (2019).
