هاء-سي جي بنياد تي جينوم اسيمبلي
سروس فائدا
هاء-سي جو جائزو
(ليبرمين-ايڊين اي وغيره،سائنس، 2009)
● ڪانٽيگ اينڪرنگ لاءِ جينياتي آبادي جي تعمير جي ضرورت ناهي؛
● وڌيڪ مارڪر جي کثافت جيڪا 90٪ کان مٿي تي وڌيڪ ڪنٽيگس اينڪرنگ تناسب جي ڪري ٿي؛
● موجوده جينوم اسيمبلين تي تشخيص ۽ سڌارن کي قابل بڻائي ٿو؛
● جينوم اسيمبليءَ ۾ اعليٰ درستگيءَ سان مختصر موڙ جو وقت؛
● 1000 کان وڌيڪ هاءِ-سي لائبريرين سان گڏ 500 کان وڌيڪ جنسن لاءِ تعمير ڪيل وسيع تجربو؛
● 100 کان وڌيڪ ڪامياب ڪيس 760 کان مٿي جي مجموعي شايع ٿيل اثر واري عنصر سان؛
● Polyploid جينوم لاءِ هاءِ-سي جي بنياد تي جينوم اسمبلي، پوئين منصوبي ۾ 100٪ اينڪرنگ جي شرح حاصل ڪئي وئي؛
● اندرون پيٽنٽ ۽ سافٽ ويئر ڪاپي رائيٽس هاءِ-سي تجربن ۽ ڊيٽا جي تجزيو لاءِ؛
● خود ترقي يافته بصري ڊيٽا ٽيوننگ سافٽ ويئر، دستياب بلاڪ کي حرڪت، ريورسنگ، رد ڪرڻ ۽ ٻيهر ڪرڻ جي قابل بنائي ٿو.
خدمت جي وضاحت
|
لائبريري جو قسم
|
پليٽ فارم | پڙهو ڊگھائي | تجويز ڪيل حڪمت عملي |
| هاءِ-سي | Illumina NovaSeq | پي 150 | ≥ 100X |
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● خام ڊيٽا معيار ڪنٽرول
● هاء-سي لائبريري معيار ڪنٽرول
● هاء-سي جي بنياد تي جينوم اسيمبلي
● پوسٽ-اسمبلي جي تشخيص
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
| حيوان | فنگس | ٻوٽا
|
| منجمد ٽشو: 1-2g في لائبريري سيلز: 1x 10^7 سيلز في لائبريري | منجمد ٽشو: 1 گرام في لائبريري | منجمد ٽشو: 1-2g في لائبريري
|
| *اسان سفارش ڪريون ٿا ته گهٽ ۾ گهٽ 2 aliquots (هر هڪ g) هاءِ-سي جي تجربي لاءِ. | ||
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
اڪثر نموني لاءِ، اسان سفارش ڪريون ٿا ته ايٿانول ۾ محفوظ نه ڪريو.
نموني ليبلنگ: نمونن کي واضح طور تي ليبل ٿيل هجڻ جي ضرورت آهي ۽ جمع ٿيل نموني معلومات فارم جي هڪجهڙائي.
ترسيل: خشڪ برف: نمونن کي پهرين ٿانو ۾ ڀريو وڃي ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪيو وڃي.
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
ڊي اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
*هتي ڏيکاريل ڊيمو نتيجا سڀ آهن جينوم مان شايع ٿيل آهن Biomarker Technologies سان
1.Hi-C رابطي جي گرمي جو نقشوڪيمپٽوٿيڪا ايڪومينتاجينوم.جيئن نقشي تي ڏيکاريو ويو آهي، رابطي جي شدت منفي طور تي لڪير جي فاصلي سان لاڳاپو رکي ٿي، جيڪو هڪ انتهائي صحيح ڪروموزوم سطح جي اسيمبلي کي ظاهر ڪري ٿو.(لنگر جو تناسب: 96.03٪)
ڪانگ ايم وغيره.فطرت مواصلات، 2021
2.Hi-C جي وچ ۾ ڦيرڦار جي تصديق جي سهولت ڏني وئيگوسيپيم هيرسوٽمL. TM-1 A06 ۽جي آربوريمChr06
يانگ زي وغيره.فطرت مواصلات، 2019
3. ڪاساوا جينوم SC205 جي اسيمبليءَ ۽ بائيليلڪ فرق.هاءِ-سي هيٽ ميپ ڏيکاريو ويو واضح تقسيم هوموولوس ڪروموزوم ۾.
Hu W et al.ماليڪيولر پلانٽ، 2021
4.Hi-C گرمي جو نقشو ٻن Ficus نسلن جينوم اسيمبلي تي:F.microcarpa(لنگر جو تناسب: 99.3٪) ۽F.hispida (لنگر جو تناسب: 99.7٪)
Zhang X et al.,سيل، 2020
BMK ڪيس
برگد جي وڻ ۽ پولينٽر ويسپ جا جينوم فگ-واسپ ڪويووولوشن ۾ بصيرت مهيا ڪن ٿا
شايع ٿيل: سيل، 2020
حڪمت عملي جي ترتيب:
F. مائڪرو ڪارپا جينوم: تقريبن.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
ايف هسپيداجينوم: تقريبن.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataجينوم: تقريبن.170 X PacBio RSII (65 جي بي)
اهم نتيجا
1. ٻه ٻوٽا جي وڻ جينوم ۽ هڪ پولينٽر ويسپ جينوم PacBio جي ترتيب، هاء-سي ۽ لنڪج ميپ استعمال ڪندي ٺاهيا ويا.
(1)F. مائڪرو ڪارپاجينوم: 426 Mb جي هڪ اسيمبلي (97.7٪ اندازي مطابق جينوم سائيز) 908 Kb جي Contig N50 سان قائم ڪئي وئي، BUSCO سکور 95.6٪.مجموعي طور تي 423 Mb جي ترتيبن کي 13 ڪروموزوم سان لنگرايو ويو Hi-C ذريعي.جينوم تشريح 29,416 پروٽين-ڪوڊنگ جينز پيدا ڪئي.
(2)ايف هسپيداجينوم: 360 Mb جي اسيمبلي (97.3٪ اندازي جي جينوم سائيز) جي پيداوار هئي 492 Kb جي Contig N50 ۽ BUSCO سکور 97.4٪.مجموعي طور تي 359 Mb ترتيبون 14 ڪروموزومس تي هاء-سي پاران لنگر انداز ڪيا ويا ۽ اعلي کثافت واري رابطي واري نقشي سان تمام گهڻي هڪجهڙائي.
(3)Eupristina verticillataجينوم: 387 Mb جي هڪ اسيمبلي (تخميني جينوم سائيز: 382 Mb) 3.1 Mb جي Contig N50 ۽ BUSCO سکور 97.7٪ سان قائم ڪئي وئي.
2. تقابلي جينومڪس تجزيي ٻنھي جي وچ ۾ ساخت جي مختلف تبديلين جو وڏو تعداد ظاهر ڪيوفيڪسجينومس، جيڪي انمول جينياتي وسيلا مهيا ڪن ٿا ان جي ارتقائي اڀياس لاءِ.هن مطالعي، پهريون ڀيرو، جينومڪ-سطح تي Fig-wasp coevolution ۾ بصيرت مهيا ڪئي.
 ٻن جينياتي خاصيتن تي سرڪوس ڊراگرامفيڪسجينوم، بشمول ڪروموزوم، سيگمينٽل نقل (SDs)، ٽرانسپوسن (LTR، TEs، DNA TEs)، جين جو اظهار ۽ synteny |  Y ڪروموزوم جي سڃاڻپ ۽ جنس جو تعين ڪندڙ اميدوار جين |
ژانگ، ايڪس، وغيره."Banyan Tree ۽ Pollinator Wasp جا جينوم Fig-wasp Coevolution ۾ بصيرت مهيا ڪن ٿا."سيل 183.4 (2020).
