ٽرانسڪرپٽوميڪس
فطرت
ڪميونيڪيشن
دائمي لففيڪيٽڪ ليوڪيميا ۾ SF3B1 ميوٽيشن جي مڪمل ڊگھي ٽرانسڪرپٽ خاصيت برقرار رکيل اندرين جي گهٽتائي کي ظاهر ڪري ٿي
مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪرپٽس|نانوپور جي ترتيب |متبادل isoform تجزيو
پس منظر
Sورهائڻ واري عنصر SF3B1 ۾ اوميٽڪ ميوٽيشنز کي مختلف ڪينسر سان جڙيل ڄاڻايو ويو آهي، جن ۾ ڪرونڪ لمفوسيٽڪ ليوڪيميا (سي ايل ايل)، اوول ميلانوما، چھاتی جي ڪينسر وغيره شامل آهن. ان کان علاوه، مختصر-پڙهندڙ ٽرانسڪرٽومڪ اڀياس ظاهر ڪيو آهي ته SF3B1 mutations جي ڪري پيدا ٿيندڙ غير معمولي ڦڦڙن جا نمونا.جڏهن ته، انهن متبادل ورهائڻ واري نمونن تي اڀياس ڊگهي عرصي تائين محدود ٿي وئي آهي واقعن جي سطح تائين ۽ isoform-سطح تي ڄاڻ جي کوٽ جي ڪري مختصر-پڙهڻ واري جمع ٿيل ٽرانسپشن جي حد تائين.هتي، نانوپور جي ترتيب واري پليٽ فارم کي متعارف ڪرايو ويو مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪرپٽس پيدا ڪرڻ لاء، جنهن کي بااختيار بڻايو ويو AS isoforms تي تحقيق.
تجرباتي ڊيزائن
تجربا
گروهه بندي:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E ميوٽيشن)؛3. عام بي سيلز
حڪمت عملي جي ترتيب:MinION 2D لائبريري جي ترتيب، PromethION 1D لائبريري جي ترتيب؛ساڳئي نموني مان مختصر پڙهڻ واري ڊيٽا
تسلسل پليٽ فارم:ONT MinION؛ONT PromethION؛
بايو انفارميٽڪ تجزيو
نتيجا
اي6 CLL نموني ۽ 3 B-cells مان ڪل 257 ملين ريڊس تيار ڪيا ويا.سراسري طور تي انهن مان 30.5 سيڪڙو پڙهيا ويا مڪمل ڊگھي ٽرانسڪرپٽس جي طور تي.
Fآر اين اي (FLAIR) جو تمام ڊگھي متبادل isoform تجزيو تيار ڪيو ويو ته جيئن اعليٰ اعتماد واري isoforms جو ھڪڙو سيٽ ٺاھيو وڃي.FLAIR کي اختصار ڪري سگهجي ٿو:
Nanopore پڙهڻ جي ترتيب: ريفرنس جينوم جي بنياد تي عام نقل جي جوڙجڪ جي سڃاڻپ؛
Sپلائس جنڪشن جي اصلاح: درست ترتيب واري غلطيون (ڳاڙھو) ڌار ڌار سائيٽ سان يا ته اينٽيٽ ٿيل انٽرن مان، شارٽ-پڙھيل ڊيٽا يا ٻئي کان تعارف؛
Collapse: نمائندو isoforms جو خلاصو اسپلائس جنڪشن زنجيرن جي بنياد تي (پهريون پاس سيٽ).منتخب ڪريو اعلي-اعتماد isofrom سپورٽ پڙهڻ جي تعداد جي بنياد تي (Threshold: 3).
شڪل 1. FLAIR تجزيو CLL ۾ SF3B1 ميوٽيشن سان لاڳاپيل مڪمل-لينٿ آئسفارمز کي سڃاڻڻ لاءِ
FLAIR سڃاڻپ ڪئي 326,699 اعليٰ اعتماد سان ورهايل isoforms، جن مان 90٪ ناول isoforms آهن.انھن مان گھڻا اڻ ڄاتل آئسفارمز سڃاتل اسپلائس جنشنز (142,971) جا نوان مجموعا مليا آھن، جڏھن ته باقي ناول آئسفارمز يا ته برقرار رکيل intron (21,700) يا ناول exon (3594) آھن.
Long-read sequences isoform-level تي mutant SF3B1-K700E-تبديل ٿيل اسپلائس سائيٽن جي سڃاڻپ کي طاقت ڏئي ٿو.35 متبادل 3'SSs ۽ 10 متبادل 5'SSs مليا ويا خاص طور تي SF3B1-K700E ۽ SF3B1-WT جي وچ ۾ ورهايل آهن.33 مان 35 تبديليون ڊگھي-پڙھيل ترتيبن پاران نوان دريافت ڪيا ويا.نانوپور ڊيٽا ۾، SF3B1-K700E-altered 3'SSs جي وچ ۾ فاصلي جي تقسيم ڪننيڪل سائيٽن جي چوٽي جي چوڌاري -20 bp آهي، جيڪو خاص طور تي ڪنٽرول ورهائڻ کان مختلف آهي، جهڙوڪ CLL مختصر-پڙهندڙ ترتيبن ۾ ٻڌايو ويو آهي.ERGIC3 جين جي Isoforms جو تجزيو ڪيو ويو، جتي ھڪڙو ناول isoform جنھن ۾ proximal splice سائيٽ شامل آھي SF3B1-K700E ۾ وڌيڪ گھڻا مليا.ٻئي پراڪسمل ۽ ڊسٽل 3'SS مختلف AS نمونن سان جڙيل هئا ڪيترن ئي isoforms ٺاهي.
شڪل 2. متبادل 3′ ڌار ڌار نمونن جي سڃاڻپ نانوپور جي ترتيب واري ڊيٽا سان
IR واقعن جي استعمال جو تجزيو مختصر-پڙھيل مبني تجزيو ۾ IR سڃاڻپ ۽ مقدار ۾ اعتماد جي ڪري محدود ٿي ويو آھي.SF3B1-K700E ۽ SF3B1-WT ۾ IR isoforms جو اظهار نانوپور جي ترتيبن جي بنياد تي مقدار ۾ ڪيو ويو، SF3B1-K700E ۾ IR isoforms جي عالمي ھيٺئين ضابطي کي ظاهر ڪندي.
شڪل 4. زراعت جي شدت ۽ نيٽ ورڪ رابطي ٽن فارمنگ سسٽم (A ۽ B) ۾؛بي ترتيب ٻيلو تجزيو (سي) ۽ زرعي شدت ۽ AMF نوآبادياتي (ڊي) جي وچ ۾ تعلق
شڪل 3. CLL SF3B1-K700E ۾ Intron رينٽيشن واقعن کي وڌيڪ مضبوطيءَ سان ھيٺ ڪيو ويو آھي
ٽيڪنالاجي
نانوپور لانگ-پڙهندڙ تسلسل
Nanopore sequencing is a single molecule real time electrical signal sequencing technology.
Double-stranded DNA يا RNA بائيوفلم ۾ شامل نانوپورس پروٽين سان جڙيل هوندو ۽ موٽر پروٽين جي اڳواڻي هيٺ اڻڄاتل هوندو.
DNA/RNA strands وولٹیج فرق جي عمل هيٺ مخصوص شرح تي نانوپور چينل پروٽين مان گذري ٿو.
Molecules ڪيميائي ساخت جي مطابق مختلف برقي سگنل پيدا ڪندا آهن.
Rترتيبن جي وقت جي ڳولا بنيادي ڪالنگ ذريعي حاصل ڪئي ويندي آهي.
مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪروم جي ترتيب جي ڪارڪردگي
√ ڊيٽا سنترپشن
7-گنا گهٽ پڙهڻ جي ضرورت آهي موازنہ ڊيٽا جي سنترپشن تائين پهچڻ لاءِ.
√ نقل جي جوڙجڪ جي سڃاڻپ
هر ٽرانسڪرپٽ جي مڪمل ڊگھائي پڙهڻ جي اتفاق سان مختلف ساخت جي مختلف قسمن جي سڃاڻپ
√ ٽرانسڪرپٽ-سطح جي فرق جي تجزيي - لڪايل تبديلين کي ظاهر ڪريو مختصر پڙهڻ سان
حوالو
تانگ AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.مڪمل ڊگھي ٽرانسڪرپٽ خصوصيت SF3B1 ميوٽيشن جي دائمي لففيڪيٽڪ ليوڪيميا ۾ ظاهر ڪري ٿي برقرار رکيل اندرين جي گهٽتائي [J].فطرت مواصلات.
ٽيڪنالاجي ۽ نمايان مختلف ريسرچ ميدان ۾ مختلف اعليٰ ذريعي جي ترتيب واري ٽيڪنالاجيز جي تمام تازي ڪامياب ايپليڪيشن کي شيئر ڪرڻ ۽ تجرباتي ڊيزائن ۽ ڊيٽا مائننگ ۾ شاندار خيالن جي حصيداري ڪرڻ جو مقصد آهي.
پوسٽ ٽائيم: جنوري-08-2022