BMKCloud Log in
条形 بينر-03

خبرون

جينوم ارتقا

جينووم ڊي نوو
اسمبلي|جنس جو تعين، مڪمل تسلسل جو ڪم ۽ جزوي بايو انفارميٽڪ خدمتون مهيا ڪيون ويون بائيو مارڪر ٽيڪنالاجيز پاران.

خلاصو

"سيڊراگن جي مشهور فينو ٽائپ ۾ شامل آهن پتي جهڙو اپنڊجز، هڪ دانت کان سواءِ ٽيوبلر وات، ۽ نر حمل جنهن ۾ هڪ کليل ”بروڊ پيچ“ تي فرٽيل ٿيل انڊن جو انڪيوبيشن شامل آهي.اسان عام سيڊراگون (Phyllopteryx taeniolatus) ۽ ان جي ويجهن لاڳاپيل نسلن جي نر ۽ مادي جينومس کي ترتيب ڏيون ٿا، ايلگيٽر پائپ فش (Syngnathoides biaculeatus).ٽرانسڪرپشن پروفائلز هڪ ارتقائي نواڻ مان، پتي جهڙو ضميمو، ڏيکاري ٿو ته جين جو هڪ سيٽ خاص طور تي فن جي ترقي ۾ شامل ڪيو ويو آهي ۽ گڏوگڏ امڪاني ٽشو جي مرمت ۽ مدافعتي دفاعي جين لاء ٽران اسڪرپٽ جي افزودگي سان گڏ.zebrafish mutants for scpp5، جيڪي سڀني syngnathids ۾ گم ٿي وڃن ٿا، ڏٺا ويا آهن يا انهن ۾ pharyngeal دانت خراب ٿي ويا آهن، ان مفروضي جي حمايت ڪن ٿا ته scpp5 جي نقصان Syngnathids ۾ ڏندن جي نقصان ۾ مدد ڪئي آهي.هڪ مرد جي مخصوص amhr2y جين کي عام سيڊراگن ۽ ايليگيٽر پائپ فش پاران ورهائڻ واري جڳهن کي انڪوڊنگ ڪرڻ واري جنس جي نشاندهي ڪئي وئي. 

مواد ۽ طريقا:

مواد

Fاسان جو عام سيڊراگون (پي ٽينيولاٽس) ۽ ٻه آليگيٽر پائپ فش (ايس biaculeatus) نموني.ٻه عام سيڊراگن (هڪ مرد ۽ هڪ عورت) ۽ ٻه ايلگيٽر پائپ فش (هڪ نر ۽ هڪ عورت) فردن کي پوري جينوم جي ترتيب لاءِ استعمال ڪيو ويو، ۽ ٻه ٻيا مرد عام سيڊراگن فردن کي جينوم جي ترتيب ڏيڻ لاءِ استعمال ڪيو ويو.

جينوم ترتيب ڏيڻ واري حڪمت عملي

270/350 bp لائبريري (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) يا Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .sequencing، ۽ ٻه ٻيا مرد عام seadragon فردن کي جينوم جي ڳولا لاءِ استعمال ڪيو ويو.

ترجمي جي ترتيب

Fيا عام سيڊراگون، دماغ، اک، گل، جگر، دل، گردو، mesentery، آنت، عضلات، پن، چمڙي، پتي وانگر ضميمه، ٽيسٽس ۽ اووري گڏ ڪيا ويا.

جينووم ڊي نوو اسيمبلي جي حڪمت عملي

Canu (اصلاح) + WTDBG2 (اسمبلي) + پائلون (پولش) + ليچيسس (هاءِ سي).

مکيه نتيجا

تصوير.-1.-اهم-خصوصيت-جي-ڪمن-سيڊراگون-P.-ٽينيولاٽس-۽-ملي-پائپ فش-S

تصوير 1. عام سيڊراگون (P. taeniolatus) ۽ ايليگيٽر پائيپ فش (S. biaculeatus) جون اهم خاصيتون ۽ انهن جي phylogenetic پوزيشن.

تصوير.-2.-مورفولوجي-۽-جينياتي-بنائڻ-جي-پتن-جهڙو-ضميمه-ان-دي-عام-سيڊراگون-P

تصوير 2. عام سيڊراگون (P. taeniolatus) ۾ پتي جھڙي ضميمن جي مورفولوجي ۽ جينياتي ٺاھڻ.

تصوير.-3.-Putative-جنس-تعمير-جين-ان-دي-ڪمن-سيڊراگون-P.-Taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S-biaculeatus-S.

تصوير 3. عام سيڊراگون (P. taeniolatus) ۽ ايليگيٽر پائپ فش (S. biaculeatus) ۾ پوٽيوٽو جنس ڊيٽرمنيشن جين.

تصوير.-4

تصوير 4. زيبرا فش scpp5 homozygous mutants ۾ Pharyngeal Tooth phenotypes.


پوسٽ ٽائيم: جنوري-08-2022

اسان ڏانهن پنهنجو پيغام موڪليو: