ٻوٽو/جانور ڊي نوو جينوم جي ترتيب
سروس فائدا
۾ ترتيب ڏيڻ واري پليٽ فارم ۽ بايو انفارميٽڪس جي ترقينئونجينوم اسيمبلي
(Amarasinghe SL et al.جينوم حياتيات، 2020)
● نون جينومس جي تعمير ۽ دلچسپي جي نسلن لاء موجوده حوالن جينوم کي بهتر ڪرڻ.
● اعلي درستگي، تسلسل ۽ اسيمبلي ۾ مڪمل
● ترتيب پوليمورفيزم، QTLs، جين ايڊيٽنگ، نسل وڌائڻ، وغيره ۾ تحقيق لاءِ بنيادي وسيلا ٺاهڻ.
● ٽئين نسل جي ترتيب واري پليٽ فارم جي مڪمل اسپيڪٽرم سان ليس: ون-اسٽاپ جينوم اسيمبلي حل
● لچڪدار ترتيب ۽ گڏ ڪرڻ واريون حڪمت عمليون مختلف جينوم کي مختلف خاصيتن سان پورو ڪندي
● اعليٰ ماهر بايو انفارميٽڪ ٽيم جنهن کي پيچيده جينوم اسيمبلين ۾ وڏو تجربو آهي، جنهن ۾ پوليپلائيڊس، وشال جينوم وغيره.
● 100 کان وڌيڪ ڪامياب ڪيس، 900 کان وڌيڪ جي مجموعي طور تي شايع ٿيل اثر واري عنصر سان
● ڪروموزوم-سطح جي جينوم اسيمبليءَ لاءِ 3 مهينن جيتري تيزيءَ سان ٽرن-ارائونڊ ٽائيم.
● ٻنهي تجرباتي پاسي ۽ بايو انفارميٽڪس ۾ پيٽرن ۽ سافٽ ويئر ڪاپي رائيٽ جي هڪ سيريز سان مضبوط ٽيڪنيڪل سپورٽ.
خدمت جي وضاحت
|
مواد
|
پليٽ فارم
|
پڙهو ڊگھائي
|
ڪوريج
|
| جينوم سروي
| Illumina NovaSeq
| پي 150
| ≥ 50X
|
| جينوم جي ترتيب
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi پڙھندو آھي
| ≥ 30X
|
| هاءِ-سي
| Illumina NovaSeq
| پي 150
| ≥100X
|
ڪم جي وهڪري
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
| نسل | ٽشو | PacBio لاءِ | نانوپور لاء |
| جانور | ويسرل عضون (جگر، اسپين، وغيره) | ≥ 1.0 جي | ≥ 3.5 گ |
| عضلات | ≥ 1.5 گ | ≥ 5.0 جي | |
| ٿلهي جانورن جو رت | ≥ 1.5 ملي | ≥ 5.0 ايم ايل | |
| مڇيءَ يا پکيءَ جو رت | ≥ 0.2 ايم ايل | ≥ 0.5 ملي | |
| ٻوٽا | تازو پنن | ≥ 1.5 گ | ≥ 5.0 جي |
| پَنَلُ يا ٿلهو | ≥ 3.5 گ | ≥ 10.0 گ | |
| جڙ يا ٻج | ≥ 7.0 جي | ≥ 20.0 گ | |
| سيلون | سيل ڪلچر | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
اڪثر نموني لاءِ، اسان سفارش ڪريون ٿا ته ايٿانول ۾ محفوظ نه ڪريو.
نموني ليبلنگ: نمونن کي واضح طور تي ليبل ٿيل هجڻ جي ضرورت آهي ۽ جمع ٿيل نموني معلومات فارم جي هڪجهڙائي.
ترسيل: خشڪ برف: نمونن کي پهرين ٿانو ۾ ڀريو وڃي ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪيو وڃي.
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
ڊي اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
*ڊيمو جا نتيجا هتي ڏيکاريا ويا آهن سڀئي جينومس مان شايع ٿيل آهن Biomarker Technologies سان
1. ڪروموزوم جي سطح جي جينوم اسيمبليء تي سرڪوسجي روٽينڊيفوليمنانوپور جي ترتيب واري پليٽ فارم طرفان
وانگ ايم وغيره.ماليڪيولر حياتيات ۽ ارتقا، 2021
2. Weining رائي جينوم اسيمبلي ۽ تشريح جا انگ اکر
لي جي وغيره.فطرت جينياتي، 2021
3. جين جي اڳڪٿيسيچيم ايڊولجينوم، ٽن پيش گوئي طريقن مان نڪتل آهي:نئوناڳڪٿي، Homology تي ٻڌل اڳڪٿي ۽ RNA-Seq ڊيٽا تي ٻڌل اڳڪٿي
فو اي وغيره.باغباني جي تحقيق، 2021
4. ٽن ڪپهه جي جينوم ۾ برقرار رکڻ واري ڊگهي ٽرمينل جي سڃاڻپ
وانگ ايم وغيره.ماليڪيولر حياتيات ۽ ارتقا، 2021
5.Hi-C گرمي جو نقشوسي. ايڪومينتاجينوم ڏيکاري ٿو جينوم-وڏين سڀني-سڀني ڳالهين.هاء-سي رابطي جي شدت ڪنٽيگ جي وچ ۾ لڪير جي فاصلي جي تناسب آهي.هن گرمي جي نقشي تي هڪ صاف سڌي لڪير ڪروموزوم تي ڪنٽيگس جي انتهائي صحيح لنگر جي نشاندهي ڪري ٿي.(ڪنٽيگ اينڪرنگ تناسب: 96.03٪)
ڪانگ ايم وغيره.فطرت مواصلات،2021
BMK ڪيس
هڪ اعلي معيار جي جينوم اسيمبلي رائي جينوميڪ خاصيتن ۽ زرعي طور تي اهم جين کي نمايان ڪري ٿو
شايع ٿيل: فطرت جينياتي، 2021
حڪمت عملي جي ترتيب:
جينوم اسيمبلي: PacBio CLR موڊ 20 kb لائبريري سان (497 Gb، تقريبن 63×)
تسلسل جي اصلاح: NGS 270 bp DNA لائبريري سان (430 Gb، تقريبن 54×) Illumina پليٽ فارم تي
Contigs اينڪرنگ: هاءِ-سي لائبريري (560 Gb، لڳ ڀڳ 71×) Illumina پليٽ فارم تي
بصري نقشو: (779.55 Gb، لڳ ڀڳ 99×) Bionano Irys تي
اهم نتيجا
1. ويننگ رائي جينوم جي هڪ اسيمبلي شايع ڪئي وئي 7.74 Gb جي ڪل جينوم سائيز سان (98.74٪ اندازي مطابق جينوم سائيز جو فلو سائٽوميٽري ذريعي).هن اسمبلي جو اسڪوفڊ N50 حاصل ڪيو 1.04 Gb.93.67٪ contigs ڪاميابيءَ سان 7 pseudo-chromosomes تي لنگر انداز ٿيا.ھن اسيمبليءَ جو جائزو ورتو ويو لنڪج ميپ، LAI ۽ BUSCO، جنھن جي نتيجي ۾ سڀني جائزن ۾ اعليٰ اسڪور مليا.
2. تقابلي جينومڪس تي وڌيڪ اڀياس، جينياتي رابطي جو نقشو، ٽرانسڪرٽوميڪس اڀياس هن جينوم جي بنياد تي ڪيا ويا.جينوميڪ خاصيتن سان لاڳاپيل خاصيتن جو هڪ سلسلو ظاهر ڪيو ويو جنهن ۾ جينوم-وائيڊ جين نقل ۽ انهن جو اثر نشاستي جي بايو سنٿيسس جين تي؛پيچيده پروليمن لوسي جي جسماني تنظيم، جين جي اظهار جي خاصيتن کي بنيادي طور تي ابتدائي عنوان جي خاصيت ۽ پوٽيٽيو ڊوميسائيليشن سان لاڳاپيل ڪروموزومل علائقا ۽ رائي ۾ لوسي.
 ويننگ رائي جينوم جي جينومڪ خاصيتن تي سرڪوس ڊراگرام |  رائي جينوم جي ارتقائي ۽ ڪروموزوم synteny جو تجزيو |
لي، جي، وانگ، ايل، يانگ، جي.۽ ٻيا.هڪ اعليٰ معيار جي جينوم اسيمبلي رائي جينوميڪ خاصيتن ۽ زرعي لحاظ کان اهم جينز کي نمايان ڪري ٿي.نيٽ جينيٽ 53،574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
