ٻوٽو/جانور ڊي نوو جينوم جي ترتيب
ڊي نووسيڪوئنسنگ جو مطلب آهي ڪنهن به قسم جي پوري جينوم جي تعمير کي جيڪو ريفرنس جينوم جي غير موجودگي ۾ سيڪوئنسنگ ٽيڪنالاجي استعمال ڪندي آهي. ٽئين نسل جي سيڪوئنسنگ جي تعارف ۽ وسيع اختيار، جنهن ۾ ڊگهي پڙهڻ جي خاصيت آهي، ريڊز جي وچ ۾ اوورليپ وڌائيندي جينوم اسيمبلي کي خاص طور تي وڌايو آهي. هي واڌارو خاص طور تي چئلينجنگ جينوم سان معاملو ڪرڻ وقت لاڳاپيل آهي، جهڙوڪ اهي جيڪي اعلي هيٽروزيگوسٽي، ورجائيندڙ علائقن جو هڪ اعلي تناسب، پولي پلائڊس، ۽ ورجائيندڙ عنصرن سان علائقا، غير معمولي GC مواد، يا اعلي پيچيدگي جيڪي عام طور تي صرف مختصر پڙهڻ جي ترتيب استعمال ڪندي خراب طور تي گڏ ڪيا ويندا آهن.
اسان جو ون اسٽاپ حل مربوط ترتيب جون خدمتون ۽ بايو انفارميٽڪ تجزيو فراهم ڪري ٿو جيڪو هڪ اعليٰ معيار جو ڊي نوو اسمبلڈ جينوم فراهم ڪري ٿو. ايلومينا سان هڪ ابتدائي جينوم سروي جينوم جي سائيز ۽ پيچيدگي جو اندازو مهيا ڪري ٿو، ۽ هي معلومات PacBio HiFi سان ڊگهي پڙهڻ واري ترتيب جي ايندڙ مرحلي جي رهنمائي لاءِ استعمال ڪئي ويندي آهي، جنهن کان پوءِنئونڪنٽيگس جي اسيمبلي. HiC اسيمبلي جو بعد ۾ استعمال ڪنٽيگس کي جينوم سان لنگر انداز ڪرڻ جي قابل بڻائي ٿو، هڪ ڪروموزوم-سطح اسيمبلي حاصل ڪري ٿو. آخرڪار، جينوم کي جين جي اڳڪٿي ۽ ظاهر ڪيل جين جي ترتيب سان تشريح ڪئي ويندي آهي، مختصر ۽ ڊگهي پڙهڻ سان ٽرانسڪرپٽومز جو سهارو وٺندي.
سروس جون خاصيتون
● هڪ اسٽاپ حل ۾ گھڻن ترتيبن ۽ بايو انفارميٽڪ خدمتن جو انضمام:
جينوم جي سائيز جو اندازو لڳائڻ ۽ ايندڙ قدمن جي رهنمائي ڪرڻ لاءِ ايلومينا سان جينوم سروي؛
ڊگهي پڙهڻ جي ترتيب لاءِنئونڪنٽيگس جي اسيمبلي؛
ڪروموزوم اينڪرنگ لاءِ هاءِ-سي سيڪوئنسنگ؛
جين جي تشريح لاءِ mRNA ترتيب؛
اسيمبلي جي تصديق.
● دلچسپي جي قسمن لاءِ ناول جينوم ٺاهڻ يا موجوده ريفرنس جينوم جي بهتري لاءِ مناسب خدمت.
خدمت جا فائدا
۾ ترتيب ڏيڻ واري پليٽ فارمن ۽ بايو انفارميٽڪس جي ترقينئونجينوم اسيمبلي
(امراسنگهي ايس ايل ۽ ٻيا،جينوم حياتيات(2020)
●وسيع ماهر ۽ اشاعت جو رڪارڊ: بي ايم ڪي جين کي مختلف قسمن جي اعليٰ معيار جي جينوم اسيمبليءَ ۾ وڏو تجربو حاصل ٿيو آهي، جنهن ۾ ڊپلائيڊ جينوم ۽ پوليپلائيڊ ۽ ايلوپوليپلائيڊ نسلن جا انتهائي پيچيده جينوم شامل آهن. 2018 کان وٺي، اسان وڌيڪ حصو ورتو آهي300 اعليٰ اثر واريون اشاعتون، ۽ انهن مان 20+ نيچر جينيٽڪس ۾ شايع ٿيل آهن..
● هڪ اسٽاپ حل: اسان جو مربوط طريقو ڪيترن ئي ترتيب واري ٽيڪنالاجي ۽ بايو انفارميٽڪ تجزين کي هڪ مربوط ورڪ فلو ۾ گڏ ڪري ٿو، هڪ اعليٰ معيار جو گڏ ڪيل جينوم فراهم ڪري ٿو.
●توهان جي ضرورتن مطابق ٺهيل: اسان جي سروس ورڪ فلو حسب ضرورت آهي، مختلف خاصيتن ۽ مخصوص تحقيق جي ضرورتن سان جينومز لاءِ موافقت جي اجازت ڏئي ٿي. ان ۾ شامل آهن وشال جينومز، پوليپلائيڊ جينومز، انتهائي هيٽروزيگس جينومز، ۽ وڌيڪ.
●انتهائي ماهر بايو انفارميٽڪس ۽ ليبارٽري ٽيم: پيچيده جينوم اسيمبلين جي تجرباتي ۽ بايو انفارميٽڪس ٻنهي ۾ بهترين تجربي سان ۽ پيٽنٽ ۽ سافٽ ويئر ڪاپي رائيٽ جي هڪ سلسلي سان.
●سيلز کان پوءِ سپورٽ:اسان جو عزم منصوبي جي مڪمل ٿيڻ کان اڳتي وڌي ٿو، 3 مهينن جي وڪري کان پوءِ جي خدمت جي مدت سان. هن وقت دوران، اسان نتيجن سان لاڳاپيل ڪنهن به سوال کي حل ڪرڻ لاءِ منصوبي جي پيروي، مسئلا حل ڪرڻ ۾ مدد، ۽ سوال ۽ جواب سيشن پيش ڪندا آهيون.
سروس جون وضاحتون
| جينوم سروي | جينوم اسيمبلي | ڪروموزوم جي سطح | جينوم تشريح |
| 50X ايلومينا نووا سيڪ PE150
| 30X PacBio CCS HiFi پڙهڻ | 100X هاءِ-سي | آر اين اي-سيڪ ايلومينا پي اي 150 10 جي بي + (اختياري) مڪمل ڊيگهه آر اين اي-سيڪ پيڪ بائيو 40 جي بي يا نانوپور 12 جي بي |
خدمت جون گهرجون
جينوم سروي، جينوم اسيمبلي ۽ هاءِ-سي اسيمبلي لاءِ:
| ٽشو يا ڪڍيل نيوڪلڪ ايسڊ | جينوم سروي | پيڪ بائيو سان جينوم اسيمبلي | هاءِ-سي اسيمبلي |
| جانورن جو ويسڪيرا | 0.5-1 گرام
| ≥ 3.5 گرام | ≥2 گرام |
| جانورن جي عضون | ≥ 5 گرام | ||
| مماليا جو رت | 1.5 ايم ايل
| ≥ 5 ايم ايل | ≥2 ايم ايل |
| ڪڪڙين/مڇين جو رت | ≥ 0.5 ايم ايل | ||
| ٻوٽو- تازو پن | 1-2 گرام | ≥ 5 گرام | ≥ 4 گرام |
| ڪلچرڊ سيلز |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| جيت | 0.5-1 گرام | ≥ 3 گرام | ≥ 2 گرام |
| ڪڍيل ڊي اين اي | ڪنسنٽريشن: ≥1 ng/ µL مقدار ≥ 30 نانو محدود يا ڪابه گهٽتائي يا آلودگي نه | ڪنسنٽريشن: ≥ 50 ng/ µL مقدار: 10 µg/فلوو سيل/نمونو او ڊي 260/280=1.7-2.2 او ڊي 260/230=1.8-2.5 محدود يا ڪابه گهٽتائي يا آلودگي نه |
-
|
ٽرانسڪرپٽومڪس سان جينوم تشريح لاءِ:
| ٽشو يا ڪڍيل نيوڪلڪ ايسڊ | ايلومينا ٽرانسڪرپٽومي | پيڪ بايو ٽرانسڪرپٽومي | نانوپور ٽرانسڪرپٽومي |
| ٻوٽو- جڙ/ ٿڙ/ پنکڙي | 450 ايم جي | 600 ايم جي | |
| ٻوٽو - پن/ ٻج | 300 ملي گرام | 300 ملي گرام | |
| ٻوٽو - ميوو | 1.2 گرام | 1.2 گرام | |
| جانورن جي دل/ آنت | 300 ملي گرام | 300 ملي گرام | |
| جانورن جو ويسرا/ دماغ | 240 ملي گرام | 240 ملي گرام | |
| جانورن جي عضون | 450 ايم جي | 450 ايم جي | |
| جانورن جا هڏا/وار/چمڙي | 1 گرام | 1 گرام | |
| آرٿروپوڊ - جيت | 6 | 6 | |
| آرٿروپوڊ - ڪرسٽيشيا | 300 ملي گرام | 300 ملي گرام | |
| سڄو رت | 1 ٽيوب | 1 ٽيوب | |
| ڪڍيل آر اين اي | ڪنسنٽريشن: ≥ 20 ng/ µL مقدار ≥ 0.3 µg او ڊي 260/280=1.7-2.5 او ڊي 260/230=0.5-2.5 آر آءِ اين≥ 6 5≥28 ايس/18 ايس≥1 | ڪنسنٽريشن: ≥ 100 ng/ µL مقدار ≥ 0.75 µg او ڊي 260/280=1.7-2.5 او ڊي 260/230=0.5-2.5 آر آءِ اين≥ 8 5≥28 ايس/18 ايس≥1 | ڪنسنٽريشن: ≥ 100 ng/ µL مقدار ≥ 0.75 µg او ڊي 260/280=1.7-2.5 او ڊي 260/230=0.5-2.5 آر آءِ اين≥ 7.5 5≥28 ايس/18 ايس≥1 |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ايم ايل سينٽريفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
(گهڻا نمونن لاءِ، اسان سفارش ڪريون ٿا ته ايٿانول ۾ محفوظ نه ڪيو وڃي.)
نموني جي ليبلنگ: نمونن تي واضح طور تي ليبل لڳل هجڻ گهرجن ۽ جمع ڪرايل نموني جي معلوماتي فارم سان هڪجهڙائي هجڻ گهرجي.
پهچائڻ: خشڪ برف: نمونن کي پهريان ٿيلهين ۾ پيڪ ڪرڻ ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
ڪم جو وهڪرو
سروس ڪم جو وهڪرو
تجرباتي ڊيزائن
نموني پهچائڻ
ڊي اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوءِ جون خدمتون
مڪمل بايو انفارميٽڪ تجزيو، 4 مرحلن ۾ ورهايل:
1) جينوم سروي، اين جي ايس سان ڪي-مير تجزيي تي ٻڌل آهي:
جينوم جي سائيز جو اندازو
هيٽروزيگوسٽي جو اندازو
ورجائيندڙ علائقن جو اندازو
2) پيڪ بائيو هائي فائي سان جينوم اسيمبلي:
نئوناسيمبلي
اسيمبلي جو جائزو: جينوم جي مڪمل ٿيڻ لاءِ BUSCO تجزيو ۽ NGS ۽ PacBio HiFi پڙهڻ جي نقشي جي واپسي سميت
3) هاءِ-سي اسيمبلي:
هاءِ-سي لائبريري QC: صحيح هاءِ-سي رابطي جو اندازو
هاءِ-سي اسيمبلي: گروپن ۾ ڪانٽيگ جو ڪلسٽرنگ، جنهن کان پوءِ هر گروپ اندر ڪانٽيگ آرڊرنگ ۽ ڪانٽيگ اورينٽيشن مقرر ڪرڻ.
هاءِ-سي تشخيص
4) جينوم تشريح:
غير ڪوڊنگ آر اين اي جي اڳڪٿي
ورجائيندڙ تسلسل جي سڃاڻپ (ٽرانسپوزون ۽ ٽينڊم ورجائي)
جين جي اڳڪٿي
§نئون: شروعاتي الگورتھم
§ هم جنس پرستي جي بنياد تي
§ ٽرانسڪرپٽومي جي بنياد تي، ڊگهي ۽ مختصر پڙهڻ سان: پڙهڻ آهننئونمسودي جينوم سان گڏ ڪيل يا نقشو ڪيل
§ ڪيترن ئي ڊيٽابيس سان اڳڪٿي ڪيل جين جي تشريح
1) جينوم سروي- ڪي-مير تجزيو
2) جينوم اسيمبلي
2) جينوم اسيمبلي - پيڪ بائيو هائي فائي اسيمبلي کي ڊرافٽ ڪرڻ لاءِ ميپنگ پڙهي ٿو.
2) هاءِ-سي اسيمبلي - هاءِ-سي صحيح رابطي جي جوڙن جو اندازو
3) هاءِ-سي پوسٽ-اسمبلي تشخيص
4) جينوم تشريح - اڳڪٿي ڪيل جين جو انضمام
4) جينوم تشريح - اڳڪٿي ڪيل جين تشريح
بي ايم ڪي جين جي ڊي نوو جينوم اسيمبلي سروسز پاران اشاعتن جي هڪ ترتيب ڏنل مجموعي ذريعي سهولت فراهم ڪيل ترقي کي ڳولهيو:
لي، سي. وغيره (2021) 'جينوم تسلسل عالمي منتشر رستن کي ظاهر ڪن ٿا ۽ سامونڊي گھوڙن جي ارتقا ۾ ڪنورجنٽ جينياتي موافقت جو مشورو ڏين ٿا'، نيچر ڪميونيڪيشن، 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
لي، وائي ۽ ٻيا (2023) 'وڏي پيماني تي ڪروموسومل تبديليون جينوم-سطح جي اظهار ۾ تبديلين، ماحولياتي موافقت، ۽ گيل ۾ اسپيسيشن (بوس فرنٽاليس) جو سبب بڻجن ٿيون'، ماليڪيولر بائيولاجي ۽ ارتقا، 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
تيان، ٽي. وغيره (2023) 'هڪ نمايان خشڪي مزاحمتي مڪئي جي جراثيم جي جينياتي اسيمبلي ۽ جينياتي ڪٽڻ'، نيچر جينيٽڪس 2023 55:3، 55(3)، صفحا 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ژانگ، ايف. وغيره (2023) 'سولاناسي خاندان ۾ ٻن جينوم جي تجزيي ذريعي ٽروپين الڪلائيڊ بايو سنٿيسس جي ارتقا کي ظاهر ڪرڻ'، نيچر ڪميونيڪيشن 2023 14:1، 14(1)، صفحا 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
مشڪل ڪيس اسٽڊيز:
ٽيلومير کان ٽيلومير اسيمبلي:فو، اي. وغيره (2023) 'ٽيلومير کان ٽيلومير جينوم اسيمبلي آف ڪرير خربوزہ (مومورڊيڪا چارانٽيا ايل. ور. مخفف سر.) ميوي جي ترقي، ساخت ۽ پکڻ جينياتي خاصيتن کي ظاهر ڪري ٿي'، باغباني ريسرچ، 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
هيپلوٽائپ اسيمبلي:هو، ڊبليو ۽ ٻيا (2021) 'ايللي-ڊيفائنڊ جينوم ڪاساوا ارتقا دوران بائيليلڪ فرق کي ظاهر ڪري ٿو'، ماليڪيولر پلانٽ، 14(6)، صفحا 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
وڏي جينوم اسيمبلي:يوان، جي. وغيره (2022) 'وڻ پيوني پائيونيا اوسٽي جي گيگا-ڪروموسومز ۽ گيگا-جينوم جو جينومڪ بنياد'، نيچر ڪميونيڪيشن 2022 13:1، 13(1)، صفحا 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
پوليپلائيڊ جينوم اسيمبلي:ژانگ، ڪيو. وغيره (2022) 'آٽوپولائيپلائيڊ کنڊ جي تازي ڪروموزوم جي گھٽتائي ۾ جينومڪ بصيرت سيچارم اسپونٽينيم'، نيچر جينيٽڪس 2022 54:6، 54(6)، صفحا 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
