16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
සේවා වාසි
● 16S/18S/ITS හි පූර්ණ-දිග අනුපිළිවෙල හෙළි කරන දිගු කියවීම්
● PacBio CCS මාදිලියේ අනුපිළිවෙල සමඟ ඉතා නිවැරදි මූලික ඇමතුම්
● OTU/ASV විවරණයේ විශේෂ මට්ටමේ විභේදනය
● නවතම QIIME2 දත්ත සමුදාය, විවරණ, OTU/ASV අනුව විවිධ විශ්ලේෂණ සමඟ ගලායන විශ්ලේෂණ ප්රවාහය.
● විවිධ ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රජා අධ්‍යයන සඳහා අදාළ වේ
● පස, ජලය, ගෑස්, රොන් මඩ, අසූචි, බඩවැල්, සම, පැසවීම සුප් හොද්ද, කෘමීන්, ශාක, ආදිය ආවරණය කරමින්, සාම්පල/වසර 100,000 කට වඩා වැඩි අත්දැකීම් සහිත BMK සතුව ඇත.
● පුද්ගලීකරණය කළ විශ්ලේෂණ මෙවලම් 45ක් අඩංගු දත්ත පරිවර්ථනය සඳහා BMKCloud පහසුකම් සලසා ඇත
සේවා පිරිවිතර
| අනුපිළිවෙලවේදිකාව | පුස්තකාලය | නිර්දේශිත දත්ත | සංසරන කාලය |
| PacBio අනුක්‍රමික II | SMRT-බෙල් | 5K/10K/20K ටැග් | වැඩ කරන දින 44 |
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
● OTU පොකුරු/De-noise(ASV)
● OTU විවරණ
● ඇල්ෆා විවිධත්වය
● බීටා විවිධත්වය
● අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
● පර්යේෂණාත්මක සාධකවලට එරෙහිව ආශ්‍රිත විශ්ලේෂණය
● ක්රියාකාරී ජාන අනාවැකි
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
සදහාDNA සාරය:
| නියැදි වර්ගය | ප්රමාණය | සමාධිය | පිරිසිදුකම |
| DNA සාරය | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
පාරිසරික සාම්පල සඳහා:
| නියැදි වර්ගය | නිර්දේශිත නියැදි පටිපාටිය |
| පාංශු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;ඉතිරි වියළන ලද ද්රව්ය මතුපිටින් ඉවත් කිරීම අවශ්ය වේ;විශාල කෑලි ඇඹරීම සහ 2 mm පෙරහන හරහා ගමන් කරන්න;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ සයිරෝ ටියුබ් තුළ Aliquot සාම්පල. |
| මුහුණු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් සාම්පල එකතු කරන්න. |
| බඩවැල් අන්තර්ගතය | සාම්පල aseptic තත්ත්වය යටතේ සැකසිය යුතුය.PBS සමඟ එකතු කරන ලද පටක සෝදන්න;PBS කේන්ද්‍රාපසාරී කර EP-ටියුබ්වල වර්ෂාපතනය එකතු කරන්න. |
| රොන් මඩ | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් රොන් මඩ සාම්පල එකතු කර ගන්න |
| ජල කඳ | නල ජලය, ළිං ජලය, වැනි සීමිත ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රමාණයක් සහිත නියැදිය සඳහා, අවම වශයෙන් ජලය ලීටර් 1 ක් එකතු කර පටලය මත ක්ෂුද්‍රජීවී පොහොසත් කිරීම සඳහා 0.22 μm පෙරහන හරහා යන්න.වඳ නලයක පටලය ගබඩා කරන්න. |
| සම | විෂබීජහරණය කළ කපු පුළුන් හෝ ශල්‍ය තලයකින් සම මතුපිට ප්‍රවේශමෙන් සීරීමට හා වඳ බටයක තබන්න. |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
සාම්පල ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල පැය 3-4ක් කැටි කර ද්‍රව නයිට්‍රජන් හෝ අංශක -80ක් දිගු කාලීනව වෙන්කර තබා ගන්න.වියළි අයිස් සහිත නියැදි නැව්ගත කිරීම අවශ්ය වේ.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1.V3+V4(Illumina) මත පදනම් වූ ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රජා පැතිකඩ එදිරිව සම්පූර්ණ දිග (PacBio) මත පදනම් වූ පැතිකඩකරණයේ විවරණ අනුපාතය.
(අහඹු ලෙස තෝරාගත් ව්‍යාපෘති 30 ක දත්ත සංඛ්‍යාලේඛන සඳහා යොදන ලදී)
2.විවිධ නියැදි වර්ගවල විශේෂ මට්ටමේ පූර්ණ-දිග ඇම්ප්ලිකන් අනුක්‍රමණයේ විවරණ අනුපාතය
3.විශේෂ බෙදා හැරීම
4.ෆයිලොජෙනටික් ගස
BMK නඩුව
ආසනික් නිරාවරණය මගින් බඩවැල් බාධක හානි ඇති කරන අතර එහි ප්‍රතිඵලයක් ලෙස බඩවැල්-අක්මා අක්ෂය සක්‍රීය වීම නිසා තාරාවන්ගේ අක්මාවේ දැවිල්ල හා පයිරොප්ටෝසිස් ඇති වේ.
ප්‍රකාශිත:සමස්ත පරිසරයේ විද්‍යාව,2021
අනුපිළිවෙල උපාය:
සාම්පල: පාලනය එදිරිව 8 mg/kg ATO නිරාවරණය වූ කණ්ඩායම
අනුක්‍රමික දත්ත අස්වැන්න: සම්පූර්ණ අමු CCS අනුක්‍රම 102,583
පාලනය: 54,518 ± 747 ඵලදායී CCS
ATO-exposed : 45,050 ± 1675 ඵලදායී CCS
ප්රධාන ප්රතිඵල
ඇල්ෆා විවිධත්වය:ATO නිරාවරණය තාරාවන්ගේ අන්ත්‍රයේ ක්ෂුද්‍රජීවී පොහොසත්කම සහ විවිධත්වය සැලකිය යුතු ලෙස වෙනස් කළේය.
Metastats විශ්ලේෂණය:
ෆයිලම් මට්ටමේ: බැක්ටීරියා ෆයිලා 2 ක් පාලන කණ්ඩායම් තුළ පමණක් අනාවරණය වේ
ගණ මට්ටමින්: සාපේක්ෂ බහුලතාවයෙන් ගණ 6ක් සැලකිය යුතු ලෙස වෙනස් වී ඇත
විශේෂ මට්ටමින්: සමස්තයක් වශයෙන් විශේෂ 36 ක් හඳුනාගෙන ඇති අතර, ඒවායින් 6 ක් සහජ බහුලතාවයෙන් සැලකිය යුතු ලෙස වෙනස් වේ.
යොමුව
Thingholm, LB, et al."දෙවන වර්ගයේ දියවැඩියාව ඇති සහ නැති තරබාරු පුද්ගලයින් විවිධ අන්ත්‍ර ක්ෂුද්‍ර ජීවී ක්රියාකාරී ධාරිතාව සහ සංයුතිය පෙන්වයි."සෛල සත්කාරක සහ ක්ෂුද්‍ර ජීවී26.2 (2019).
