තොග වෙන් කරන ලද විශ්ලේෂණය
සේවා වාසි
Takagi et al., ශාක සඟරාව, 2013
● නිවැරදි ප්‍රාදේශීයකරණය: පසුබිම් ශබ්දය අවම කිරීම සඳහා 30+30 සිට 200+200 දක්වා පුද්ගලයන් සමඟ තොග මිශ්ර කිරීම;සමාන නොවන විකෘති මත පදනම් වූ අපේක්ෂක කලාප අනාවැකි.
● විස්තීර්ණ විශ්ලේෂණය: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG , යනාදිය ඇතුළුව ගැඹුරු අපේක්ෂක ජාන ක්‍රියාකාරී විවරණය.
● වේගවත් හැරවුම් කාලය: වැඩ කරන දින 45ක් ඇතුළත වේගවත් ජාන දේශීයකරණය.
● විස්තීර්ණ අත්දැකීම්: භෝග, ජලජ නිෂ්පාදන, වනාන්තර, මල්, පලතුරු යනාදී විවිධ විශේෂයන් ආවරණය කරමින් BMK ලක්ෂණ දහස් ගණනකට දේශීයකරණයට දායක වී ඇත.
සේවා පිරිවිතර
ජනගහන:
විරුද්ධ ෆීනෝටයිප් සමඟ දෙමාපියන්ගේ පරම්පරාව වෙන් කිරීම.
උදා F2 පරම්පරාව, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line(RIL)
මිශ්ර කිරීමේ තටාකය
ගුණාත්මක ලක්ෂණ සඳහා: පුද්ගලයන් 30 සිට 50 දක්වා (අවම වශයෙන් 20)/තොග
ප්‍රමාණාත්මක ට්‍රැටිස් සඳහා: මුළු ජනගහනයෙන් (අවම 30+30) ආන්තික ෆීනෝටයිප් ඇති ඉහළම 5% සිට 10% දක්වා පුද්ගලයින්.
නිර්දේශිත අනුපිළිවෙල ගැඹුර
අවම වශයෙන් 20X/දෙමව්පියන් සහ 1X/පැටවුන් තනි තනිව (උදා: 30+30 පුද්ගලයින්ගේ දරුවන් මිශ්ර කිරීමේ තටාකය සඳහා, අනුක්‍රමික ගැඹුර තොගයකට 30X වේ)
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● සම්පූර්ණ ජෙනෝම අනුපිළිවෙල
● දත්ත සැකසීම
● SNP/Indel ඇමතීම
● අපේක්ෂක කලාප පරීක්ෂාව
● අපේක්ෂක ජාන ක්‍රියාකාරී විවරණ
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
නියුක්ලියෝටයිඩ:
| gDNA නියැදිය | පටක සාම්පල |
| සාන්ද්රණය: ≥30 ng/μl | පැල: 1-2 ග්රෑම් |
| මුදල: ≥2 μg (වෙළුම ≥15 μl) | සතුන්: 0.5-1 ග්රෑම් |
| සංශුද්ධතාවය: OD260/280= 1.6-2.5 | සම්පූර්ණ රුධිරය: 1.5 ml |
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
RNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1. අපේක්ෂක කලාපය හඳුනා ගැනීම සඳහා යුක්ලීඩීය දුර (ED) මත ආශ්‍රිත විශ්ලේෂණ පදනම.පහත රූපයේ
X-අක්ෂය: වර්ණදේහ අංකය;සෑම තිතක්ම SNP එකක ED අගයක් නියෝජනය කරයි.කළු රේඛාව සවි කර ඇති ED අගයට අනුරූප වේ.ඉහළ ED අගයක් පෙන්නුම් කරන්නේ අඩවිය සහ ෆීනෝටයිප් අතර වඩා වැදගත් සම්බන්ධයක්.රතු ඉරි රේඛාව සැලකිය යුතු සම්බන්ධතාවයක එළිපත්ත නියෝජනය කරයි.
2.ඇසෝසියේෂන් විශ්ලේෂණය පදනම් වූ SNP-දර්ශකයක් නොමැත
X-අක්ෂය: වර්ණදේහ අංකය;සෑම තිතක්ම SNP-දර්ශක අගය නියෝජනය කරයි.කළු රේඛාව සවි කර ඇති SNP-දර්ශක අගයයි.වටිනාකම විශාල වන තරමට, සංගමය වඩාත් වැදගත් වේ.
BMK නඩුව
ප්රධාන-ඵල ප්‍රමාණාත්මක ලක්ෂණ ලොකස් Fnl7.1 පිපිඤ්ඤා වල ගෙඩි බෙල්ලේ දිග හා සම්බන්ධ ප්‍රමාද කළල බහුල ප්‍රෝටීනයක් සංකේත කරයි.
ප්‍රකාශිත: ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව, 2020
අනුපිළිවෙල උපාය:
දෙමාපියන් (Jin5-508, YN): 34× සහ 20× සඳහා සම්පූර්ණ ජෙනෝම අනුපිළිවෙල.
DNA තටාක (දිගු ගෙල 50 සහ කෙටි ගෙල 50): 61× සහ 52× සඳහා අනුපිළිවෙල
ප්රධාන ප්රතිඵල
මෙම අධ්‍යයනයේ දී, දිගු ගෙල පිපිඤ්ඤා රේඛාව Jin5-508 සහ කෙටි ගෙල YN තරණය කිරීම මගින් ජනගහනය වෙන් කිරීම (F2 සහ F2:3) ජනනය කරන ලදී.ඩීඑන්ඒ සංචිත දෙකක් ඉදිකරන ලද්දේ ආන්තික දිගු බෙල්ලක් සහිත පුද්ගලයින් 50 ක් සහ ආන්තික කෙටි බෙල්ලක් ඇති පුද්ගලයින් 50 දෙනෙකු විසිනි.BSA විශ්ලේෂණය සහ සාම්ප්‍රදායික QTL සිතියම්ගත කිරීම මගින් Chr07 හි ප්රධාන බලපෑම QTL හඳුනා ගන්නා ලදී.සියුම් සිතියම්ගත කිරීම, ජාන ප්‍රකාශන ප්‍රමාණකරණය සහ ජාන ප්‍රජනන අත්හදා බැලීම් මගින් අපේක්ෂක කලාපය තවදුරටත් පටු කරන ලද අතර එමඟින් බෙල්ලේ දිග පාලනය කිරීමේ ප්රධාන ජානය අනාවරණය විය, CsFnl7.1.මීට අමතරව, CsFnl7.1 ප්‍රවර්ධක කලාපයේ බහුරූපතාව අනුරූප ප්‍රකාශනය සමඟ සම්බන්ධ වී ඇති බව සොයා ගන්නා ලදී.වැඩිදුර phylogenetic විශ්ලේෂණයන් යෝජනා කළේ Fnl7.1 ලොකස් බොහෝ විට ඉන්දියාවෙන් බිහි වූවක් විය හැකි බවයි.
 පිපිඤ්ඤා බෙල්ලේ දිග හා සම්බන්ධ අපේක්ෂක කලාපය හඳුනා ගැනීමට BSA විශ්ලේෂණයේ QTL-සිතියම් කිරීම |  Chr07 හි හඳුනා ගත් පිපිඤ්ඤා බෙල්ලේ දිග QTL හි LOD පැතිකඩ |
Xu, X., et al."ප්රධාන-ඵල ප්‍රමාණාත්මක ලක්ෂණය ලොකස් Fnl7.1 පිපිඤ්ඤා වල ගෙඩි බෙල්ලේ දිග හා සම්බන්ධ ප්‍රමාද කළල බහුල ප්‍රෝටීනයක් කේතනය කරයි."ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව 18.7(2020).
