සම්පූර්ණ දිග mRNA අනුක්‍රමණය -PacBio
සේවා වාසි
● පූර්ණ-දිග cDNA අණුව 3'- අන්තයේ සිට 5'- අවසානය දක්වා සෘජුව කියවීම
● අනුක්‍රමික ව්‍යුහයේ Iso-form මට්ටමේ විභේදනය
● ඉහළ නිරවද්‍යතාවයකින් සහ අඛණ්ඩතාවකින් යුත් පිටපත්
● විවිධ වර්ග වලට බෙහෙවින් අනුකූල වේ
● 4 PacBio Sequel II අනුක්‍රමික වේදිකා සහිත විශාල අනුක්‍රමික ධාරිතාව
● Pacbio මත පදනම් වූ RNA අනුක්‍රමික ව්‍යාපෘති 700කට අධික ප්‍රමාණයක් සමඟ ඉහළ පළපුරුද්දක් ඇත
● BMKCloud මත පදනම් වූ ප්රතිඵල බෙදා හැරීම: අභිරුචි කළ දත්ත කැණීම් වේදිකාවේ තිබේ.
● ව්‍යාපෘතිය අවසන් වූ පසු අලෙවියෙන් පසු සේවා මාස 3ක් සඳහා වලංගු වේ
සේවා පිරිවිතර
වේදිකාව: PacBio Sequel II
අනුක්‍රමික පුස්තකාලය: Poly A- පොහොසත් mRNA පුස්තකාලය
නිර්දේශිත දත්ත අස්වැන්න: 20 Gb/නියැදිය (විශේෂ අනුව)
FLNC (%): ≥75%
*FLNC: සම්පූර්ණ දිග-චිමරික් නොවන සම්ප්‍රේෂණ
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● අමු දත්ත සැකසීම
● පිටපත් හඳුනාගැනීම
● අනුපිළිවෙල ව්යුහය
● ප්‍රකාශන ප්‍රමාණකරණය
● කාර්යය විවරණ
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
නියුක්ලියෝටයිඩ:
| Conc.(ng/μl) | මුදල (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | පැල සඳහා: RIN≥7.5; සතුන් සඳහා: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැත |
පටක: බර (වියළි):≥1 ග්රෑම්
*5 mg ට වඩා කුඩා පටක සඳහා, ෆ්ලෑෂ් ශීත කළ (ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල) පටක සාම්පලයක් යැවීමට අපි නිර්දේශ කරමු.
සෛල අත්හිටුවීම:සෛල ගණන = 3×106- 1×107
* ශීත කළ සෛල ලයිසේට් නැව්ගත කිරීමට අපි නිර්දේශ කරමු.එම සෛලය 5×10ට වඩා කුඩා නම්5, ක්ෂුද්ර නිස්සාරණය සඳහා වඩාත් සුදුසු ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල ශීත කළ ෆ්ලෑෂ් නිර්දේශ කෙරේ.
රුධිර සාම්පල:පරිමාව≥1 මිලි
ක්ෂුද්ර ජීවීන්:ස්කන්ධය ≥ 1 g
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්:
2 ml කේන්ද්රාපසාරී නල (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සමූහ+ප්‍රතිනිර්මාණය උදා: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
නැව්ගත:
1. වියළි අයිස්: සාම්පල බෑග්වල අසුරා වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
2. RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයෙන් වියළා ගත හැකිය (උදා: RNAstable®) සහ කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
RNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1.FLNC දිග බෙදා හැරීම
සම්පූර්ණ දිග-චිමරික් නොවන කියවීමේ (FLNC) දිග පුස්තකාල ඉදිකිරීමේදී cDNA හි දිග පෙන්නුම් කරයි.පුස්තකාල ඉදිකිරීමේ ගුණාත්මකභාවය තක්සේරු කිරීමේදී FLNC දිග බෙදා හැරීම තීරණාත්මක දර්ශකයකි.
FLNC කියවීමේ දිග බෙදා හැරීම
2.සම්පූර්ණ ORF කලාපයේ දිග බෙදා හැරීම
සියලුම සාම්පලවල සම්පූර්ණ අනවශ්‍ය පිටපත් තොරතුරු අඩංගු යුනිජීන කට්ටල ජනනය කිරීම සඳහා ප්‍රෝටීන් කේතීකරණ කලාප සහ අනුරූප ඇමයිනෝ අම්ල අනුපිළිවෙල අනාවැකි කිරීමට අපි TransDecoder භාවිතා කරමු.
සම්පූර්ණ ORF කලාප දිග බෙදා හැරීම
3.KEGG මාර්ගය පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය
PacBio අනුක්‍රමික දත්ත මගින් ජනනය කරන ලද පූර්ණ-දිග පිටපත් කට්ටලවල NGS මත පදනම් වූ RNA අනුක්‍රමික දත්ත පෙළගැස්වීමෙන් වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශිත පිටපත් (DETs) හඳුනාගත හැකිය.මෙම DETs විවිධ ක්‍රියාකාරී විශ්ලේෂණයන් සඳහා තවදුරටත් සැකසිය හැක, උදා: KEGG මාර්ග සුපෝෂණය විශ්ලේෂණය.
DET KEGG මාර්ගය සුපෝෂණය - තිත් කුමන්ත්‍රණය
BMK නඩුව
Populus ස්ටම් ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ටෝම් හි සංවර්ධන ගතිකත්වය
ප්‍රකාශිත: ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව, 2019
අනුපිළිවෙල උපාය:
සාම්පල එකතුව:කඳ ප්‍රදේශ: අග්‍ර, පළමු අන්තරාලය(IN1), දෙවන අන්තරාලය(IN2), තෙවන අන්තරාලය(IN3), internode(IN4) සහ Nanlin895 වෙතින් internode(IN5)
NGS අනුපිළිවෙල:පුද්ගලයන් 15 දෙනෙකුගේ RNA එක් ජීව විද්‍යාත්මක සාම්පලයක් ලෙස එකතු කර ඇත.NGS අනුපිළිවෙල සඳහා එක් එක් ලක්ෂ්‍යයේ ජීව විද්‍යාත්මක අනුරූ තුනක් සකස් කරන ලදී
TGS අනුපිළිවෙල:කඳ ප්‍රදේශ කලාප තුනකට බෙදා ඇත, එනම් අග්‍රය, IN1-IN3 සහ IN4-IN5.සෑම කලාපයක්ම PacBio අනුපිළිවෙල සඳහා සකසන ලද පුස්තකාල වර්ග හතරක්: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb සහ 3-10 kb.
ප්රධාන ප්රතිඵල
1.සම්පූර්ණ-දිග පිටපත් 87150ක් හඳුනාගෙන ඇති අතර, එයින් නව සමස්ථානික 2081ක් සහ නව විකල්ප බෙදුණු සමස්ථානික 62058ක් හඳුනා ගන්නා ලදී.
2.1187 lncRNA සහ 356 විලයන ජාන හඳුනා ගන්නා ලදී.
3.ප්‍රාථමික වර්ධනයේ සිට ද්විතියික වර්ධනය දක්වා, අවකල්‍ය ලෙස ප්‍රකාශිත ජාන 995 කින් අවකලනය වූ ප්‍රකාශිත පිටපත් 15838 හඳුනා ගන්නා ලදී.සියලුම DEG වල, 1216 පිටපත් කිරීමේ සාධක වූ අතර, ඒවායින් බොහොමයක් තවමත් වාර්තා වී නොමැත.
4.GO සුපෝෂන විශ්ලේෂණය මගින් ප්‍රාථමික හා ද්විතියික වර්ධනයේ දී සෛල බෙදීමේ සහ ඔක්සිකරණ-අඩු කිරීමේ ක්‍රියාවලියේ වැදගත්කම අනාවරණය විය.
විකල්ප බෙදීම් සිදුවීම් සහ විවිධ සමස්ථානික
පිටපත් කිරීමේ සාධක පිළිබඳ WGCNA විශ්ලේෂණය
යොමුව
චාඕ Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Populus ස්ටම් ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ටෝම් හි සංවර්ධන ගතිකත්වය.ශාක Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
