Hi-C පදනම් වූ Genome එකලස් කිරීම
සේවා වාසි
Hi-C හි දළ විශ්ලේෂණය
(Lieberman-Aiden E et al.,විද්යාව, 2009)
● කොන්ටිග් නැංගුරම් දැමීම සඳහා ප්‍රවේණික ජනගහනයක් ගොඩනැගීම අවශ්‍ය නොවේ;
● ඉහළ සලකුණු ඝනත්වය 90% ට වඩා ඉහළ කොන්ටිග්ස් නැංගුරම් අනුපාතයට මග පාදයි;
● පවතින ජෙනෝම එකලස් කිරීම් මත ඇගයීම සහ නිවැරදි කිරීම් සක්‍රීය කරයි;
● ජෙනෝම එකලස් කිරීමේදී වැඩි නිරවද්‍යතාවයක් සහිත කෙටි හැරවුම් කාලය;
● විශේෂ 500කට වැඩි ප්‍රමාණයක් සඳහා ඉදිකරන ලද Hi-C පුස්තකාල 1000කට අධික සංඛ්‍යාවක අත්දැකීම් බහුල වීම;
● 760 ට වැඩි සමුච්චිත ප්‍රකාශිත බලපෑම් සාධකය සහිත සාර්ථක අවස්ථා 100 කට වඩා;
● පොලිප්ලොයිඩ් ජෙනෝමය සඳහා Hi-C පදනම් වූ ජෙනෝම එකලස් කිරීම, පෙර ව්‍යාපෘතියේ දී 100% නැංගුරම් අනුපාතය ලබා ගන්නා ලදී;
● Hi-C අත්හදා බැලීම් සහ දත්ත විශ්ලේෂණය සඳහා ගෘහස්ථ පේටන්ට් බලපත්‍ර සහ මෘදුකාංග ප්‍රකාශන හිමිකම්;
● ස්වයං-සංවර්ධිත දෘශ්‍ය දත්ත සුසර කිරීමේ මෘදුකාංගය, අතින් බ්ලොක් චලනය, ආපසු හැරවීම, අවලංගු කිරීම සහ නැවත කිරීම සක්‍රීය කරයි.
සේවා පිරිවිතර
|
පුස්තකාල වර්ගය
|
වේදිකාව | දිග කියවන්න | උපාය මාර්ගය නිර්දේශ කරන්න |
| හයි-සී | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
● Hi-C පුස්තකාල තත්ත්ව පාලනය
● Hi-C පදනම් වූ ජෙනෝම එකලස් කිරීම
● පශ්චාත් එකලස්කිරීම් ඇගයීම
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
| සත්ව | දිලීර | පැල
|
| ශීත කළ පටක: පුස්තකාලයකට 1-2g සෛල: පුස්තකාලයකට සෛල 1x 10^7 | ශීත කළ පටක: පුස්තකාලයකට 1g | ශීත කළ පටක: පුස්තකාලයකට 1-2g
|
| *Hi-C අත්හදා බැලීම සඳහා අවම වශයෙන් ඇල්කොට් 2ක් (ග්‍රෑම් 1 බැගින්) යැවීමට අපි තරයේ නිර්දේශ කරමු. | ||
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
බොහෝ සාම්පල සඳහා, එතනෝල් වල සංරක්ෂණය නොකිරීමට අපි නිර්දේශ කරමු.
නියැදි ලේබල් කිරීම: නියැදි පැහැදිලිව ලේබල් කළ යුතු අතර ඉදිරිපත් කළ නියැදි තොරතුරු පෝරමයට සමාන විය යුතුය.
නැව්ගත කිරීම: වියළි-අයිස්: සාම්පල මුලින්ම බෑග්වල ඇසුරුම් කර වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
DNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
*මෙහි පෙන්වා ඇති ආදර්ශන ප්රතිඵල සියල්ල Biomarker Technologies සමඟ ප්‍රකාශිත ජෙනෝම වලින් වේ
1.Hi-C අන්තර්ක්‍රියා තාප සිතියමCamptotheca acuminataජෙනෝමය.සිතියමේ පෙන්වා ඇති පරිදි, අන්තර්ක්‍රියා වල තීව්‍රතාවය රේඛීය දුර සමඟ සෘණාත්මකව සහසම්බන්ධ වේ, එය ඉතා නිවැරදි වර්ණදේහ මට්ටමේ එකලස් කිරීමක් පෙන්නුම් කරයි.(නැංගුරම් අනුපාතය: 96.03%)
Kang M et al.,ස්වභාවික සන්නිවේදනය, 2021
2.Hi-C අතර ප්‍රතිලෝම වලංගු කිරීමට පහසුකම් සලසා ඇතGossypium hirsutumL. TM-1 A06 සහG. arboriumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3. මඤ්ඤොක්කා ජෙනෝමය SC205 හි එකලස් කිරීම සහ ද්විමය අවකලනය.Hi-C තාප සිතියම සමජාතීය වර්ණදේහවල පැහැදිලි බෙදීමක් පෙන්නුම් කරයි.
Hu W et al.,අණුක ශාකය, 2021
4. Ficus විශේෂ දෙකක ජෙනෝම එකලස් කිරීම මත Hi-C තාප සිතියම:F.microcarpa(නැංගුරම් අනුපාතය: 99.3%) සහF.hispida (නැංගුරම් අනුපාතය: 99.7%)
Zhang X et al.,සෛලය, 2020
BMK නඩුව
නුග ගසේ සහ පරාග වාහක බඹරුන්ගේ ජාන මගින් අත්තික්කා බඹර සහජීවනය පිළිබඳ තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය සපයයි.
ප්‍රකාශිත: සෛලය, 2020
අනුපිළිවෙල උපාය:
F. microcarpa ජෙනෝමය: දළ වශයෙන්.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
එෆ්. හිස්පිඩාජෙනෝමය: දළ වශයෙන්.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataජෙනෝමය: දළ වශයෙන්.170 X PacBio RSII (65 Gb)
ප්රධාන ප්රතිඵල
1. PacBio අනුපිළිවෙල, Hi-C සහ සම්බන්ධක සිතියම භාවිතයෙන් නුග ගස් ජෙනෝම දෙකක් සහ පරාග වාහක බඹර ජෙනෝමයක් ඉදිකර ඇත.
(1)F. microcarpaජෙනෝමය: 426 Mb (ඇස්තමේන්තුගත ජෙනෝම ප්‍රමාණයෙන් 97.7%) එකලස් කිරීමක් 908 Kb හි contig N50, BUSCO ලකුණු 95.6% සමඟ ස්ථාපිත කරන ලදී.423 Mb අනුපිළිවෙලක් Hi-C මගින් වර්ණදේහ 13කට නැංගුරම් ලා ඇත.Genome annotation මගින් ප්‍රෝටීන් කේතීකරණ ජාන 29,416ක් ලබා දෙන ලදී.
(2)එෆ්. හිස්පිඩාජෙනෝමය: 360 Mb එකලස් කිරීමක් (ඇස්තමේන්තුගත ජෙනෝම ප්‍රමාණයෙන් 97.3%) 492 Kb ක contig N50 සහ BUSCO ලකුණු 97.4% සමඟ අස්වැන්න විය.Hi-C මගින් වර්ණදේහ 14ක් මත 359 Mb අනුපිළිවෙලක් නැංගුරම් ලා ඇති අතර අධි-ඝනත්ව සම්බන්ධක සිතියමට බෙහෙවින් සමාන වේ.
(3)Eupristina verticillatagenome: 387 Mb (ඇස්තමේන්තුගත ජෙනෝම ප්‍රමාණය: 382 Mb) එකලස් කිරීමක් 3.1 Mb හි contig N50 සහ 97.7% BUSCO ලකුණු සමඟ ස්ථාපිත කරන ලදී.
2. සංසන්දනාත්මක ප්‍රවේණි විද්‍යා විශ්ලේෂණයෙන් දෙකක් අතර ව්‍යුහ විචලනයන් විශාල සංඛ්‍යාවක් අනාවරණය වියෆිකස්අනුවර්තන පරිණාම අධ්‍යයනයන් සඳහා අගනා ප්‍රවේණික සම්පතක් සපයන ලද ජෙනෝම.මෙම අධ්‍යයනය, ප්‍රථම වතාවට, ප්‍රවේණික මට්ටමින් Fig-basp coevolution පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දුන්නේය.
 දෙදෙනෙකුගේ ජානමය ලක්ෂණ පිළිබඳ සර්කෝස් රූප සටහනෆිකස්වර්ණදේහ, ඛණ්ඩ අනුපිටපත් (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), ජාන ප්‍රකාශනය සහ සංස්ලේෂණය ඇතුළු ප්‍රවේණි |  Y වර්ණදේහ සහ ලිංගික නිර්ණය අපේක්ෂක ජානය හඳුනා ගැනීම |
Zhang, X., et al."බැනියන් ගසේ සහ පරාග වාහක බඹරුන්ගේ ජෙනෝමයන් අත්තික්කා-බඹරු සහජීවනය පිළිබඳ තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය සපයයි."කොටුව 183.4(2020).
