මෙටාජෙනොමික් අනුක්රමණය-TGS
මෙටාජෙනෝමයක් යනු පාරිසරික හා මානව මෙටාජෙනෝම වැනි මිශ්ර ජීවීන්ගේ ප්රජාවක ජානමය ද්රව්ය එකතුවකි. එහි වගා කළ හැකි සහ වගා කළ නොහැකි ක්ෂුද්ර ජීවීන් යන දෙකෙහිම ජෙනෝම අඩංගු වේ. මෙටාජෙනෝමික අනුක්රමණය මඟින් පාරිසරික සාම්පලවල ඇතුළත් කර ඇති මෙම සංකීර්ණ ජෙනෝමික භූ දර්ශන අධ්යයනය කිරීමට හැකියාව ලැබේ, වර්ගීකරණ පැතිකඩට වඩා වැඩි යමක් සපයයි. එය කේතනය කරන ලද ජාන සහ පාරිසරික ක්රියාවලීන්හි ඒවායේ උපකල්පිත භූමිකාවන් ගවේෂණය කිරීමෙන් ක්රියාකාරී ජෙනෝමික ඉදිරිදර්ශනයක් ද ලබා දෙයි. ඉලුමිනා අනුක්රමණය සමඟ සාම්ප්රදායික ෂොට්ගන් ප්රවේශයන් මෙටාජෙනෝමික අධ්යයනයන්හි බහුලව භාවිතා කර ඇති අතර, නැනෝපෝර් සහ පැක්බයෝ දිගු-කියවූ අනුක්රමණයේ පැමිණීම ක්ෂේත්රය වෙනස් කර ඇත. නැනෝපෝර් සහ පැක්බයෝ තාක්ෂණය පහළ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණ වැඩි දියුණු කරයි, විශේෂයෙන් මෙටාජෙනෝම එකලස් කිරීම, වඩාත් අඛණ්ඩ එකලස් කිරීම් සහතික කරයි. නැනෝපෝර්-පාදක සහ පැක්බයෝ-පාදක මෙටාජෙනෝමිකයන් සංකීර්ණ ක්ෂුද්රජීවීන්ගෙන් සම්පූර්ණ සහ සංවෘත බැක්ටීරියා ජෙනෝම සාර්ථකව ජනනය කර ඇති බව වාර්තා පෙන්වා දෙයි (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). නැනෝපෝර් කියවීම් ඉලුමිනා කියවීම් සමඟ ඒකාබද්ධ කිරීම දෝෂ නිවැරදි කිරීම සඳහා උපායමාර්ගික ප්රවේශයක් සපයයි, නැනෝපෝර් හි ආවේණික අඩු නිරවද්යතාවය අවම කරයි. මෙම සහයෝගී සංයෝජනය එක් එක් අනුක්රමික වේදිකාවේ ශක්තීන් උපයෝගී කරගනිමින්, විභව සීමාවන් ජය ගැනීමට සහ මෙටජෙනොමික් විශ්ලේෂණවල නිරවද්යතාවය සහ විශ්වසනීයත්වය ඉදිරියට ගෙන යාමට ශක්තිමත් විසඳුමක් ලබා දෙයි.
වේදිකාව: නැනෝපෝර් ප්රොමෙතියන් 48, ඉලුමියා සහ පැක්බයෝ රිවියෝ
සේවා විශේෂාංග
● නැනෝපෝර් P48 (10Kb පුස්තකාලය); පැක්බයෝ රෙවියෝ (8Kb පුස්තකාලය) මත දිගු කියවීම් අනුපිළිවෙල
● දෝෂ නිවැරදි කිරීම: ඉලුමිනා නෝවාසෙක් (PE150 පුස්තකාලය) මත අනුක්රමණය කිරීම
සේවා වාසි
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයඋසස් තත්ත්වයේ මෙටාජෙනෝම් එකලස් කිරීම:ඉහළ අඛණ්ඩතාවයක් ඇති කොන්ටිග් අඩුවෙන්.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයඉහළ නිරවද්යතාවය:විශේෂ හඳුනාගැනීම සහ ක්රියාකාරී ජාන පුරෝකථනය.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයවැඩිදියුණු කළ එකලස් කිරීම: බැක්ටීරියා ජෙනෝම හුදකලා කිරීම සහ සංසන්දනාත්මක මෙටාජෙනෝම විශ්ලේෂණය සඳහා පහසුකම් සැලසීම.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයවිස්තීර්ණ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය:අපගේ විශ්ලේෂණය වර්ගීකරණ විවිධත්වය කෙරෙහි පමණක් නොව ප්රජාවේ ක්රියාකාරී විවිධත්වය කෙරෙහි ද අවධානය යොමු කර ඇත.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයපුළුල් අත්දැකීම්: අපගේ කණ්ඩායම සෑම ව්යාපෘතියකටම අත්දැකීම් සම්භාරයක් ගෙන එයි, විවිධ පර්යේෂණ ක්ෂේත්රවල බහු මෙටාජෙනොමික්ස් ව්යාපෘති සාර්ථකව වසා දැමීමේ සහ සාම්පල 200,000 කට වඩා සැකසීමේ වාර්තාවක් සමඟින්, අපගේ කණ්ඩායම සෑම ව්යාපෘතියකටම අත්දැකීම් සම්භාරයක් ගෙන එයි.
සේවා පිරිවිතර
| අනුක්රමික වේදිකාව | අනුපිළිවෙල උපාය මාර්ගය | නිර්දේශිත දත්ත |
| ඉලුමිනා නෝවාසෙක් | PE150 යනු කුමක්ද? | 6 ජීබී |
| නැනෝපෝර් P48 | 10 කි.බ. | 6/10 ජීබී |
| පැක්බයෝ රිවියෝ | 8 කි.බ. | 10/20 ජීබී |
නියැදි අවශ්යතා
| සාන්ද්රණය (ng/µL) | මුළු ප්රමාණය (µg) | පරිමාව (µL) | |
| ඉලුමිනා PE150 පුස්තකාලය | ≥1 | ≥0.03 යනු | ≥20 |
| නැනෝපෝර් 10 kb පුස්තකාලය | ≥40 | ≥2 ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb පුස්තකාලය | ≥50 | 10 µg/සෛලයකට | ≥20 |
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
පහත විශ්ලේෂණයන් ඇතුළත් වේ:
● දත්ත තත්ත්ව පාලනය අනුක්රමණය කිරීම
● මෙටාජෙනෝම එකලස් කිරීම සහ ජාන පුරෝකථනය
● ජාන විවරණය
● වර්ගීකරණ ඇල්ෆා විවිධත්ව විශ්ලේෂණය
● ප්රජාවේ ක්රියාකාරී විශ්ලේෂණය: ජීව විද්යාත්මක ක්රියාකාරිත්වය, පරිවෘත්තීය, ප්රතිජීවක ප්රතිරෝධය
● ක්රියාකාරී සහ වර්ගීකරණ විවිධත්වය යන දෙකම පිළිබඳ විශ්ලේෂණය:
බීටා විවිධත්ව විශ්ලේෂණය
අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
සහසම්බන්ධතා විශ්ලේෂණය: පාරිසරික සාධක සහ OUT සංයුතිය සහ විවිධත්වය අතර
අතිරික්ත නොවන ජාන කට්ටල ව්යාප්තිය:
ජාන විවරණය: KEGG මාර්ගය
ජාන විවරණය: eggNOG
ජාන විවරණය: CAZY කාබෝහයිඩ්රේට්
විශේෂ සහසම්බන්ධතා ජාලය:
මෙම විශේෂාංගගත ප්රකාශනය සමඟ Nanopore + Illumina සමඟ BMKGene හි මෙටජෙනොමික්ස් අනුක්රමික සේවාව මගින් පහසුකම් සපයන ලද දියුණුව ගවේෂණය කරන්න:
ජින්, එච්. සහ තවත් අය (2023) 'අභ්යන්තර මොන්ගෝලියානුවන්ගේ මිනිස් බඩවැල් ක්ෂුද්රජීවයේ උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකතුවක්', නේචර් ක්ෂුද්රජීව විද්යාව 2023 8:1, 8(1), පිටු 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
