PacBio 2+3 සම්පූර්ණ දිග mRNA විසඳුම
විශේෂාංග
● අධ්යයන සැලසුම:
පිටපත් කිරීමේ සමස්ථානික හඳුනා ගැනීම සඳහා PacBio සමඟ අනුපිළිවෙලට එකතු කරන ලද සාම්පලයක්.
අනුපිළිවෙලින් අනුපිළිවෙලට සකස් කරන ලද සාම්පල (අනුපිටපත් සහ පරීක්ෂා කළ යුතු කොන්දේසි) වෙන් කරන්න.පිටපත් ප්රකාශනය ප්රමාණනය කිරීමට NGS
● CCS මාදිලියේ PacBio අනුක්රමණය, HiFi කියවීම් ජනනය කිරීම
● සම්පූර්ණ දිග පිටපත් අනුපිළිවෙලට සකස් කිරීම
● විශ්ලේෂණයට යොමු ජෙනෝමයක් අවශ්ය නොවේ; කෙසේ වෙතත්, එය භාවිතා කළ හැකිය
● ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණයට ජාන සහ සමස්ථානික මට්ටමේ ප්රකාශනය පමණක් නොව lncRNA, ජාන විලයන, බහු-ඇඩිනිලේෂන් සහ ජාන ව්යුහය විශ්ලේෂණය කිරීම ද ඇතුළත් වේ.
වාසි
● ඉහළ නිරවද්යතාවය: HiFi කියවීම් නිරවද්යතාවය >99.9% (Q30), NGS හා සැසඳිය හැකිය.
● විකල්ප ස්ප්ලයිසින් විශ්ලේෂණය: සියලුම පිටපත් අනුක්රමණය කිරීමෙන් සමස්ථානික හඳුනාගැනීම සහ චරිත නිරූපණය සක්රීය වේ.
● PacBio සහ NGS ශක්තීන්ගේ සංයෝජනය: එය සමස්ථානික මට්ටමින් ප්රකාශනය ප්රමාණනය කිරීමට හැකියාව ලබා දෙන අතර, සමස්ත ජාන ප්රකාශනය විශ්ලේෂණය කිරීමේදී සැඟවිය හැකි වෙනස්කම් හෙළිදරව් කරයි.
● පුළුල් විශේෂඥතාව: අපි සාම්පල 2300 කට වඩා සකස් කර ඇති අතර, අපගේ කණ්ඩායම සෑම ව්යාපෘතියකටම අත්දැකීම් සම්භාරයක් ගෙන එයි.
● අලෙවියෙන් පසු සහාය: අපගේ කැපවීම මාස 3ක අලෙවියෙන් පසු සේවා කාලයක් සමඟ ව්යාපෘති නිම කිරීමෙන් ඔබ්බට විහිදේ. මෙම කාලය තුළ, ප්රතිඵලවලට අදාළ ඕනෑම විමසීමක් විසඳීම සඳහා අපි ව්යාපෘති පසු විපරම්, දෝශ නිරාකරණ සහාය සහ ප්රශ්නෝත්තර සැසි පිරිනමන්නෙමු.
නියැදි අවශ්යතා සහ බෙදා හැරීම
| පුස්තකාලය | අනුක්රමික උපාය මාර්ගය | නිර්දේශිත දත්ත | තත්ත්ව පාලනය |
| PolyA පොහොසත් mRNA CCS පුස්තකාලය | පැක්බයෝ අනුප්රාප්තිකය II පැක්බයෝ රිවියෝ | 20/40 ගිගාබයිට් 5/10 එම් සීසීඑස් | Q30≥85% |
| Poly A පොහොසත් කරන ලදී | ඉලුමිනා PE150 | 6-10 ජීබී | Q30≥85% |
නියුක්ලියෝටයිඩ
|
| අනුපාත(ng/μl) | ප්රමාණය (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ඉලුමිනා පුස්තකාලය | ≥ 10 ≥ 10 | ≥ 0.2 | ඕඩී260/280=1.7-2.5 ඕඩී260/230=0.5-2.5 ජෙල් මත පෙන්වා ඇති සීමිත ප්රෝටීන් හෝ DNA දූෂණයක් හෝ නොමැති වීම. | ශාක සඳහා: RIN≥4.0; සතුන් සඳහා: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැති වීම |
| පැක්බයෝ පුස්තකාලය | ≥ 100 යි | ≥ 1.0 | ඕඩී260/280=1.7-2.5 ඕඩී260/230=0.5-2.5 ජෙල් මත පෙන්වා ඇති සීමිත ප්රෝටීන් හෝ DNA දූෂණයක් හෝ නොමැති වීම. | පැල: RIN≥7.5 සතුන්: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැති වීම |
නිර්දේශිත නියැදි බෙදාහැරීම
බහාලුම: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: කාණ්ඩ+අනුරුව උදා: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
නැව්ගත කිරීම:
1. වියළි අයිස්:සාම්පල බෑග්වල ඇසුරුම් කර වියළි අයිස්වල වළ දැමිය යුතුය.
2. RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයක (උදා: RNAstable®) වියළා කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
පහත විශ්ලේෂණයන් ඇතුළත් වේ:
- අමු දත්ත
- තත්ත්ව පාලනය
- විකල්ප පොලිඇඩිනිලේෂන් විශ්ලේෂණය (APA)
- විලයන පිටපත් විශ්ලේෂණය
- විකල්ප ස්ප්ලයිසින් විශ්ලේෂණය
- විශ්වීය තනි-පිටපත් ඕර්තොලොජිස්ට් (BUSCO) විශ්ලේෂණය මිණුම් සලකුණු කිරීම
- නව පිටපත් විශ්ලේෂණය: කේතීකරණ අනුපිළිවෙල (CDS) සහ ක්රියාකාරී විවරණ පුරෝකථනය
- lncRNA විශ්ලේෂණය: lncRNA සහ ඉලක්ක පිළිබඳ පුරෝකථනය
- ක්ෂුද්ර චන්ද්රිකා හඳුනාගැනීම (SSR)
- වෙනස් ලෙස ප්රකාශිත පිටපත් (DET) විශ්ලේෂණය
- වෙනස් ලෙස ප්රකාශිත ජාන (DEGs) විශ්ලේෂණය
- DEG සහ DET වල ක්රියාකාරී විවරණ
BUSCO විශ්ලේෂණය
විකල්ප ස්ප්ලයිසින් විශ්ලේෂණය
විකල්ප පොලිඇඩිනිලේෂන් විශ්ලේෂණය (APA)
වෙනස් ලෙස ප්රකාශිත ජාන (DEG) සහ පිටපත් (DETs9 විශ්ලේෂණය)
DET සහ DEG වල ප්රෝටීන්-ප්රෝටීන් අන්තර්ක්රියා ජාල
BMKGene හි PacBio 2+3 පූර්ණ-දිග mRNA අනුක්රමණය මගින් පහසුකම් සපයන ලද දියුණුව, තෝරාගත් ප්රකාශන එකතුවක් හරහා ගවේෂණය කරන්න.
චාඕ, කියු. සහ තවත් අය (2019) 'පොපියුලස් කඳ පිටපත් කිරීමේ සංවර්ධන ගතිකය',ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව, 17(1), පිටු. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ඩෙන්ග්, එච්. සහ තවත් අය (2022) 'ඇක්ටිනිඩියා ලැටිෆෝලියා (ඇස්කෝර්බේට්-පොහොසත් පලතුරු බෝගයක්) පලතුරු වර්ධනය සහ ඉදවීමේදී ඇස්කෝර්බික් අම්ල අන්තර්ගතයේ ගතික වෙනස්කම් සහ ඒ ආශ්රිත අණුක යාන්ත්රණ',ජාත්යන්තර අණුක විද්යා සඟරාව, 23(10), පි. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
හුවා, එක්ස්. සහ තවත් අය (2022) 'පැරිස් පොලිෆිල්ලා හි ජෛව ක්රියාකාරී පොලිෆිලින් වල ජෛව සංස්ලේෂණ මාර්ග ජානවල ඵලදායී පුරෝකථනය',සන්නිවේදන ජීව විද්යාව2022 5:1, 5(1), පිටු 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ලියු, එම්. සහ තවත් අය (2023) 'ටූටා නිරපේක්ෂ (මෙයිරික්) ට්රාන්ස්ක්රිප්ටෝම් සහ සයිටොක්රෝම් P450 ජානවල ඒකාබද්ධ පැක්බයෝ අයිසෝ-සීක් සහ ඉලුමිනා ආර්එන්ඒ-සීක් විශ්ලේෂණය',කෘමීන්, 14(4), පිටුව 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
වැන්ග්, ලිජුන් සහ තවත් අය (2019) 'රිසිනස් කොමියුනිස් හි රිසිනොලෙයික් අම්ල ජෛව සංස්ලේෂණය පිළිබඳ වඩා හොඳ අවබෝධයක් සඳහා ඉලුමිනා ආර්එන්ඒ අනුක්රමණය සමඟ ඒකාබද්ධව පැක්බයෝ තනි-අණු තත්ය කාලීන විශ්ලේෂණය භාවිතා කරමින් පිටපත් කිරීමේ සංකීර්ණතාව පිළිබඳ සමීක්ෂණයක්',BMC ජෙනොමික්ස්, 20(1), පිටු 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/රූප/7.
