ශාක/සත්ව ද නොවෝ ජෙනෝම් අනුක්රමණය
ඩි නොවෝඅනුක්රමණය යනු යොමු ජෙනෝමයක් නොමැති විට අනුක්රමික තාක්ෂණයන් භාවිතා කරමින් විශේෂයක සම්පූර්ණ ජෙනෝමය ගොඩනැගීමයි. දිගු කියවීම් සහිත තුන්වන පරම්පරාවේ අනුක්රමණය හඳුන්වාදීම සහ පුළුල් ලෙස භාවිතා කිරීම, කියවීම් අතර අතිච්ඡාදනය වැඩි කිරීමෙන් ජෙනෝම එකලස් කිරීම සැලකිය යුතු ලෙස වැඩිදියුණු කර ඇත. ඉහළ විෂමජාතීයතාව, පුනරාවර්තන කලාපවල ඉහළ අනුපාතයක්, පොලිප්ලොයිඩ් සහ පුනරාවර්තන මූලද්රව්ය සහිත කලාප, අසාමාන්ය GC අන්තර්ගතයන් හෝ කෙටි කියවීම් අනුක්රමණය පමණක් භාවිතා කර සාමාන්යයෙන් දුර්වල ලෙස එකලස් කරන ලද ඉහළ සංකීර්ණතාවක් පෙන්නුම් කරන අභියෝගාත්මක ජෙනෝම සමඟ කටයුතු කිරීමේදී මෙම වැඩිදියුණු කිරීම විශේෂයෙන් අදාළ වේ.
අපගේ එක්-නැවතුම් විසඳුම මඟින් උසස් තත්ත්වයේ නවෝ එකලස් කරන ලද ජෙනෝමයක් ලබා දෙන ඒකාබද්ධ අනුක්රමික සේවා සහ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණයන් සපයයි. ඉලුමිනා සමඟ මූලික ජෙනෝම සමීක්ෂණයක් ජෙනෝම ප්රමාණය සහ සංකීර්ණත්වය පිළිබඳ ඇස්තමේන්තු සපයන අතර, මෙම තොරතුරු PacBio HiFi සමඟ දිගු-කියවූ අනුක්රමණයේ ඊළඟ පියවර මඟ පෙන්වීමට භාවිතා කරයි, ඉන්පසුඩි නෝවෝකොන්ටිග් එකලස් කිරීම. HiC එකලස් කිරීමේ පසුකාලීන භාවිතය මඟින් කොන්ටිග් ජෙනෝමයට නැංගුරම් ලා ගැනීමට හැකි වන අතර, වර්ණදේහ මට්ටමේ එකලස් කිරීමක් ලබා ගනී. අවසාන වශයෙන්, ජාන පුරෝකථනය සහ ප්රකාශිත ජාන අනුක්රමණය කිරීම මගින් ජෙනෝමය සටහන් කරනු ලැබේ, කෙටි හා දිගු කියවීම් සහිත පිටපත් කිරීමේ ක්රම වෙත යොමු වේ.
සේවා විශේෂාංග
● බහු අනුක්රමික සහ ජෛව තොරතුරු සේවා එක්-නැවතුම් විසඳුමක් තුළ ඒකාබද්ධ කිරීම:
ජෙනෝම ප්රමාණය ඇස්තමේන්තු කිරීමට සහ පසුකාලීන පියවරයන්ට මග පෙන්වීමට ඉලුමිනා සමඟ ජෙනෝම සමීක්ෂණය;
දිගු කියවීම් අනුපිළිවෙලඩි නෝවෝකොන්ටිග් එකලස් කිරීම;
වර්ණදේහ නැංගුරම් දැමීම සඳහා Hi-C අනුක්රමණය;
ජාන සටහන් සඳහා mRNA අනුක්රමණය;
රැස්වීම වලංගු කිරීම.
● උනන්දුවක් දක්වන විශේෂ සඳහා නව ජෙනෝම ගොඩනැගීමට හෝ පවතින යොමු ජෙනෝම වැඩිදියුණු කිරීමට සුදුසු සේවාව.
සේවා වාසි
අනුක්රමික වේදිකා සහ ජෛව තොරතුරු විද්යාව සංවර්ධනය කිරීමඩි නෝවෝජෙනෝම එකලස් කිරීම
(අමරසිංහ එස්එල් සහ තවත් අය,ජෙනෝම ජීව විද්යාව, 2020)
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයපුළුල් විශේෂඥතාව සහ ප්රකාශන වාර්තාව: ඩිප්ලොයිඩ් ජෙනෝම සහ පොලිප්ලොයිඩ් සහ ඇලෝපොලිප්ලොයිඩ් විශේෂවල ඉතා සංකීර්ණ ජෙනෝම ඇතුළු විවිධ විශේෂවල උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකලස් කිරීමේදී BMKGene දැවැන්ත අත්දැකීම් රැස් කරගෙන ඇත. 2018 සිට, අපිඉහළ බලපෑමක් ඇති ප්රකාශන 300 ක් සහ ඉන් 20+ ක් නේචර් ජෙනටික්ස් හි ප්රකාශයට පත් කර ඇත..
● එක්-නැවතුම් විසඳුම: අපගේ ඒකාබද්ධ ප්රවේශය බහු අනුක්රමික තාක්ෂණයන් සහ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණ ඒකාබද්ධ වැඩ ප්රවාහයකට ඒකාබද්ධ කර උසස් තත්ත්වයේ එකලස් කරන ලද ජෙනෝමයක් ලබා දෙයි.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයඔබේ අවශ්යතාවලට ගැලපෙන පරිදි: අපගේ සේවා කාර්ය ප්රවාහය අභිරුචිකරණය කළ හැකි අතර, විවිධ ලක්ෂණ සහ නිශ්චිත පර්යේෂණ අවශ්යතා සහිත ජෙනෝම සඳහා අනුවර්තනය වීමට ඉඩ සලසයි. මෙයට යෝධ ජෙනෝම, පොලිප්ලොයිඩ් ජෙනෝම, අධික විෂමජාතීය ජෙනෝම සහ තවත් දේ ඇතුළත් වේ.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයඉහළ කුසලතා ඇති ජෛව තොරතුරු විද්යාව සහ රසායනාගාර කණ්ඩායම: සංකීර්ණ ජෙනෝම එකලස් කිරීම් සහ පේටන්ට් බලපත්ර සහ මෘදුකාංග ප්රකාශන හිමිකම් මාලාවක පර්යේෂණාත්මක සහ ජෛව තොරතුරු විද්යාව යන දෙකෙහිම විශිෂ්ට අත්දැකීම් සහිතව.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයඅලෙවියෙන් පසු සහාය:අපගේ කැපවීම ව්යාපෘති නිම කිරීමෙන් ඔබ්බට විහිදෙන අතර අලෙවියෙන් පසු සේවා කාලය මාස 3 කි. මෙම කාලය තුළ, ප්රතිඵලවලට අදාළ ඕනෑම ප්රශ්නයක් විසඳීම සඳහා අපි ව්යාපෘති පසු විපරම්, දෝශ නිරාකරණ සහාය සහ ප්රශ්නෝත්තර සැසි පිරිනමන්නෙමු.
සේවා පිරිවිතර
| ජෙනෝම් සමීක්ෂණය | ජෙනෝම එකලස් කිරීම | වර්ණදේහ මට්ටම | ජෙනෝම විවරණය |
| 50X ඉලුමිනා නෝවාසෙක් PE150
| 30X PacBio CCS HiFi කියවීම් | 100X හයි-සී | RNA-seq ඉලුමිනා PE150 10 Gb + (විකල්ප) සම්පූර්ණ දිග RNA-seq PacBio 40 Gb හෝ නැනෝපෝර් 12 Gb |
සේවා අවශ්යතා
ජෙනෝම සමීක්ෂණය, ජෙනෝම එකලස් කිරීම සහ Hi-C එකලස් කිරීම සඳහා:
| පටක හෝ නිස්සාරණය කරන ලද න්යෂ්ටික අම්ල | ජෙනෝම් සමීක්ෂණය | පැක්බයෝ සමඟ ජෙනෝම එකලස් කිරීම | හයි-සී එකලස් කිරීම |
| සත්ව විස්සෙරා | 0.5-1 ග්රෑම්
| ≥ 3.5 ග්රෑම් | ≥2 ග්රෑම් |
| සත්ව මාංශ පේශි | ≥ 5 ග්රෑම් | ||
| ක්ෂීරපායී රුධිරය | 1.5 මිලි
| ≥ 5 මිලි | ≥2 මිලි |
| කුකුළු මස්/මාළු ලේ | ≥ 0.5 මිලි | ||
| ශාකය- නැවුම් කොළ | 1-2 ග්රෑම් | ≥ 5 ග්රෑම් | ≥ 4 ග්රෑම් |
| සංස්කෘතික සෛල |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| කෘමියා | 0.5-1 ග්රෑම් | ≥ 3 ග්රෑම් | ≥ 2 ග්රෑම් |
| උපුටා ගත් DNA | සාන්ද්රණය: ≥1 ng/ µL ප්රමාණය ≥ 30 ng සීමිත හෝ පිරිහීම හෝ දූෂණය නොමැති වීම | සාන්ද්රණය: ≥ 50 ng/ µL ප්රමාණය: 10 µg/ප්රවාහ කෝෂය/නියැදිය ඕඩී260/280=1.7-2.2 ඕඩී260/230=1.8-2.5 සීමිත හෝ පිරිහීම හෝ දූෂණය නොමැති වීම |
-
|
පිටපත් කිරීමේ විද්යාව සමඟ ජෙනෝම විවරණය සඳහා:
| පටක හෝ නිස්සාරණය කරන ලද න්යෂ්ටික අම්ල | ඉලුමිනා ට්රාන්ස්ක්රිප්ටෝම් | පැක්බයෝ ට්රාන්ස්ක්රිප්ටෝම් | නැනෝපෝර් ට්රාන්ස්ක්රිප්ටෝම් |
| ශාකය- මුල්/කඳ/පෙති | 450 මිලිග්රෑම් | 600 මිලිග්රෑම් | |
| ශාකය - කොළ/බීජ | 300 මිලිග්රෑම් | 300 මිලිග්රෑම් | |
| ශාකය - පලතුරු | 1.2 ග්රෑම් | 1.2 ග්රෑම් | |
| සත්ව හදවත/බඩවැල් | 300 මිලිග්රෑම් | 300 මිලිග්රෑම් | |
| සත්ව අභ්යන්තර අවයව/මොළය | 240 මිලිග්රෑම් | 240 මිලිග්රෑම් | |
| සත්ව මාංශ පේශි | 450 මිලිග්රෑම් | 450 මිලිග්රෑම් | |
| සත්ව අස්ථි/කෙස්/සම | 1 ග්රෑම් | 1 ග්රෑම් | |
| ආත්රපෝඩාව - කෘමියා | 6 | 6 | |
| ආත්රපෝඩාව - ක්රස්ටේෂියා | 300 මිලිග්රෑම් | 300 මිලිග්රෑම් | |
| සම්පූර්ණ රුධිරය | 1 නළය | 1 නළය | |
| නිස්සාරණය කරන ලද RNA | සාන්ද්රණය: ≥ 20 ng/ µL ප්රමාණය ≥ 0.3 µg ඕඩී260/280=1.7-2.5 ඕඩී260/230=0.5-2.5 RIN (රින්)≥ 6 5≥28S/18S≥1 | සාන්ද්රණය: ≥ 100 ng/ µL ප්රමාණය ≥ 0.75 µg ඕඩී260/280=1.7-2.5 ඕඩී260/230=0.5-2.5 RIN (රින්)≥ 8 5≥28S/18S≥1 | සාන්ද්රණය: ≥ 100 ng/ µL ප්රමාණය ≥ 0.75 µg ඕඩී260/280=1.7-2.5 ඕඩී260/230=0.5-2.5 RIN (රින්)≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
නිර්දේශිත නියැදි බෙදාහැරීම
බහාලුම: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
(බොහෝ සාම්පල සඳහා, එතනෝල් වල කල් තබා නොගැනීමට අපි නිර්දේශ කරමු.)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සාම්පල පැහැදිලිව ලේබල් කළ යුතු අතර ඉදිරිපත් කරන ලද නියැදි තොරතුරු පෝරමයට සමාන විය යුතුය.
නැව්ගත කිරීම: වියළි අයිස්: සාම්පල පළමුව බෑග්වල ඇසුරුම් කර වියළි අයිස්වල වළ දැමිය යුතුය.
කාර්ය ප්රවාහය
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
DNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
සම්පූර්ණ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය, පියවර 4කට වෙන් කර ඇත:
1) NGS සමඟ k-mer විශ්ලේෂණය මත පදනම් වූ ජෙනෝම සමීක්ෂණය මෙසේ කියයි:
ජෙනෝම ප්රමාණය ඇස්තමේන්තු කිරීම
විෂමජාතීයතාවය තක්සේරු කිරීම
පුනරාවර්තන කලාප ඇස්තමේන්තු කිරීම
2) PacBio HiFi සමඟ ජෙනෝම එකලස් කිරීම:
ඩි නවඑකලස් කිරීම
එකලස් කිරීමේ තක්සේරුව: ජෙනෝම සම්පූර්ණත්වය සඳහා BUSCO විශ්ලේෂණය සහ NGS සහ PacBio HiFi කියවීම් සිතියම්ගත කිරීම ඇතුළුව.
3) Hi-C එකලස් කිරීම:
Hi-C පුස්තකාල QC: වලංගු Hi-C අන්තර්ක්රියා ඇස්තමේන්තු කිරීම
Hi-C එකලස් කිරීම: කණ්ඩායම් වශයෙන් කොන්ටිග් පොකුරු කිරීම, ඉන්පසු එක් එක් කණ්ඩායම තුළ කොන්ටිග් අනුපිළිවෙල සහ කොන්ටිග් දිශානතිය පැවරීම.
Hi-C ඇගයීම
4) ජෙනෝම විවරණය:
කේතනය නොකළ RNA පුරෝකථනය
පුනරාවර්තන අනුපිළිවෙල හඳුනාගැනීම (ට්රාන්ස්පෝසන් සහ ටැන්ඩම් පුනරාවර්තන)
ජාන අනාවැකිය
§ඩි නව: ආරම්භක ඇල්ගොරිතම
§ සමලිංගිකත්වය මත පදනම්ව
§ දිගු සහ කෙටි කියවීම් සහිත, පිටපත් කිරීම මත පදනම්ව: කියවීම් යනුඩි නෝවෝකෙටුම්පත් ජෙනෝමයට එකලස් කර හෝ සිතියම්ගත කර ඇත
§ බහු දත්ත සමුදායන් සහිත පුරෝකථනය කරන ලද ජානවල විවරණය
1) ජෙනෝම් සමීක්ෂණය- k-mer විශ්ලේෂණය
2) ජෙනෝම එකලස් කිරීම
2) ජෙනෝම් එකලස් කිරීම - පැක්බයෝ හයිෆයි කෙටුම්පත් එකලස් කිරීමට සිතියම්ගත කිරීම කියවයි
2) Hi-C එකලස් කිරීම - Hi-C වලංගු අන්තර්ක්රියා යුගල ඇස්තමේන්තු කිරීම
3) Hi-C පසු-එකලස් කිරීමේ ඇගයීම
4) ජෙනෝම විවරණය - පුරෝකථනය කරන ලද ජාන ඒකාබද්ධ කිරීම
4) ජෙනෝම විවරණය - පුරෝකථනය කරන ලද ජාන විවරණය
BMKGene හි de novo genome එකලස් කිරීමේ සේවාවන් මගින් පහසුකම් සපයන ලද දියුණුව, තෝරාගත් ප්රකාශන එකතුවක් හරහා ගවේෂණය කරන්න:
Li, C. et al. (2021) 'ජෙනෝම අනුපිළිවෙල ගෝලීය විසරණ මාර්ග හෙළි කරන අතර මුහුදු අශ්ව පරිණාමයේ අභිසාරී ජානමය අනුවර්තනයන් යෝජනා කරයි', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ලී, වයි. සහ තවත් අය (2023) 'විශාල පරිමාණයේ වර්ණදේහ වෙනස්කම් ගයාල් (බොස් ෆ්රන්ටලිස්) හි ජෙනෝම මට්ටමේ ප්රකාශන වෙනස්කම්, පාරිසරික අනුවර්තනය සහ විශේෂණයට මග පාදයි', අණුක ජීව විද්යාව සහ පරිණාමය, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ටියැන්, ටී. සහ තවත් අය (2023) 'ප්රමුඛ නියඟයට ඔරොත්තු දෙන බඩ ඉරිඟු විෂබීජ ප්ලාස්මයක ජෙනෝම එකලස් කිරීම සහ ජානමය විච්ඡේදනය', නේචර් ජෙනටික්ස් 2023 55:3, 55(3), පිටු. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ෂැං, එෆ්. සහ තවත් අය (2023) 'සොලනේසී පවුලේ ජෙනෝම දෙකක් විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් ට්රොපේන් ඇල්කලෝයිඩ් ජෛව සංස්ලේෂණයේ පරිණාමය හෙළිදරව් කිරීම', නේචර් කොමියුනිකේෂන්ස් 2023 14:1, 14(1), පිටු 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
අභියෝගාත්මක නඩු අධ්යයන:
ටෙලමියර් සිට ටෙලමියර් එකලස් කිරීම:Fu, A. et al. (2023) 'කටුක කොමඩු වල ටෙලෝමියර්-ටු-ටෙලෝමියර් ජෙනෝම එකලස් කිරීම (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) පලතුරු වර්ධනය, සංයුතිය සහ ඉදීමේ ජානමය ලක්ෂණ හෙළි කරයි', උද්යාන විද්යා පර්යේෂණ, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
හැප්ලොටයිප් එකලස් කිරීම:හූ, ඩබ්ලිව්. සහ තවත් අය (2021) 'ඇලීල්-නිර්වචනය කරන ලද ජෙනෝමය මඤ්ඤොක්කා පරිණාමය අතරතුර ද්වි-ඇලෙලික් අවකලනය හෙළි කරයි', අණුක ශාකය, 14(6), පිටු. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
යෝධ ජෙනෝම එකලස් කිරීම:යුවාන්, ජේ. සහ තවත් අය (2022) 'ගස් පියෝනියා ඔස්ටි හි ගිගා-වර්ණදේහ සහ ගිගා-ජෙනෝමයේ ජානමය පදනම', නේචර් කොමියුනිකේෂන්ස් 2022 13:1, 13(1), පිටු 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
පොලිප්ලොයිඩ් ජෙනෝම එකලස් කිරීම:ෂැං, කියු. සහ තවත් අය (2022) 'ඔටොපොලිප්ලොයිඩ් උක් සැචරම් ස්පොන්ටේනියම් හි මෑත කාලීන වර්ණදේහ අඩු කිරීම පිළිබඳ ජානමය අවබෝධය', නේචර් ජෙනටික්ස් 2022 54:6, 54(6), පිටු. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
