-
Hi-C පාදක ක්රොමැටින් අන්තර්ක්රියා
Hi-C යනු සමීපත්වය මත පදනම් වූ අන්තර්ක්රියා සහ ඉහළ ප්රතිදාන අනුක්රමණය පරීක්ෂා කිරීම ඒකාබද්ධ කිරීමෙන් ජෙනෝමික වින්යාසය ග්රහණය කර ගැනීමට නිර්මාණය කර ඇති ක්රමයකි. මෙම ක්රමය පදනම් වී ඇත්තේ ෆෝමල්ඩිහයිඩ් සමඟ ක්රෝමැටින් හරස් සම්බන්ධ කිරීම මත වන අතර, පසුව ජීර්ණය සහ නැවත බන්ධනය කිරීම මත වන අතර එමඟින් සහසංයුජව සම්බන්ධ වී ඇති කොටස් පමණක් බන්ධන නිෂ්පාදන සාදනු ඇත. මෙම බන්ධන නිෂ්පාදන අනුපිළිවෙලින් අනුක්රමණය කිරීමෙන්, ජෙනෝමයේ ත්රිමාණ සංවිධානය අධ්යයනය කළ හැකිය. සැහැල්ලුවෙන් ඇසුරුම් කර ඇති (A මැදිරි, යුක්රොමැටින්) සහ පිටපත් කිරීමේ ක්රියාකාරී වීමට වැඩි ඉඩක් ඇති සහ වඩාත් තදින් ඇසුරුම් කර ඇති කලාප (B මැදිරි, හෙටෙරොක්රොමැටින්) ජෙනෝමයේ කොටස් බෙදා හැරීම අධ්යයනය කිරීමට Hi-C හැකියාව ලබා දෙයි. නැමුණු ව්යුහයන් ඇති සහ සමාන ප්රකාශන රටා ඇති ජෙනෝමයේ කලාප වන ස්ථල විද්යාත්මකව සම්බන්ධිත වසම් (TADs) හඳුනා ගැනීමට සහ ක්රෝමැටින් ලූප, ප්රෝටීන මගින් එකට නැංගුරම් ලා ඇති සහ බොහෝ විට නියාමන මූලද්රව්යවලින් පොහොසත් වන DNA කලාප හඳුනා ගැනීමට ද Hi-C භාවිතා කළ හැකිය. BMKGene හි Hi-C අනුක්රමික සේවාව පර්යේෂකයන්ට ජාන විද්යාවේ අවකාශීය මානයන් ගවේෂණය කිරීමට බලය ලබා දෙන අතර, සෞඛ්ය හා රෝග සඳහා ජෙනෝම නියාමනය සහ එහි ඇඟවුම් අවබෝධ කර ගැනීම සඳහා නව මංපෙත් විවර කරයි.
-
ක්රොමැටින් ප්රතිශක්තිකරණ අවක්ෂේපණ අනුපිළිවෙල (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) යනු DNA-බන්ධන ප්රෝටීන සහ ඒවායේ අනුරූප ජාන විද්යා ඉලක්ක තෝරා බේරා පොහොසත් කිරීම සඳහා ප්රතිදේහ භාවිතා කරන තාක්ෂණයකි. NGS සමඟ එහි ඒකාබද්ධතාවය හිස්ටෝන් වෙනස් කිරීම, පිටපත් කිරීමේ සාධක සහ අනෙකුත් DNA-බන්ධන ප්රෝටීන සමඟ සම්බන්ධ DNA ඉලක්කවල ජෙනෝමය-පුළුල් පැතිකඩ සක්රීය කරයි. මෙම ගතික ප්රවේශය විවිධ සෛල වර්ග, පටක හෝ තත්වයන් හරහා බන්ධන ස්ථාන සංසන්දනය කිරීමට හැකියාව ලබා දෙයි. ChIP-Seq හි යෙදුම් පිටපත් කිරීමේ නියාමනය සහ සංවර්ධන මාර්ග අධ්යයනය කිරීමේ සිට රෝග යාන්ත්රණයන් පැහැදිලි කිරීම දක්වා විහිදේ, එය ජානමය නියාමන භූ දර්ශන තේරුම් ගැනීමට සහ චිකිත්සක තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය දියුණු කිරීමට අත්යවශ්ය මෙවලමක් බවට පත් කරයි.
වේදිකාව: ඉලුමිනා නෝවාසෙක්
-
සම්පූර්ණ ජෙනෝම බයිසල්ෆයිට් අනුක්රමණය (WGBS)
මෙතිලේටඩ් නොකළ සයිටොසීන් යුරැසිල් (C සිට U දක්වා) බවට පරිවර්තනය කිරීම සඳහා DNA වල බයිසල්ෆයිට් ප්රතිකාරය මත පදනම් වූ මෙම තාක්ෂණය, මෙතිලේටඩ් සයිටොසීන් නොවෙනස්ව තබමින්, DNA මෙතිලේෂන් ගැඹුරින් ගවේෂණය කිරීම සඳහා රන්-සම්මත ක්රමවේදය ලෙස පවතී, විශේෂයෙන් ජාන ප්රකාශනයේ සහ සෛලීය ක්රියාකාරිත්වයේ ප්රධාන නියාමකයෙකු වන සයිටොසීන් (5-mC) හි පස්වන ස්ථානය.
මෙම තාක්ෂණය තනි-පාදක විභේදනයක් ලබා දෙන අතර, පර්යේෂකයන්ට මෙතිලෝම පුළුල් ලෙස විමර්ශනය කිරීමට සහ සාම්පල තුළ අසාමාන්ය මෙතිලේෂන් රටා අනාවරණය කර ගැනීමට ඉඩ සලසයි. WGBS භාවිතා කිරීමෙන්, විද්යාඥයින්ට ජෙනෝමය-පුළුල් මෙතිලේෂන් භූ දර්ශන පිළිබඳ අසමසම අවබෝධයක් ලබා ගත හැකි අතර, විවිධ ජීව විද්යාත්මක ක්රියාවලීන් සහ රෝගවලට යටින් පවතින එපිජෙනටික් යාන්ත්රණයන් පිළිබඳ සියුම් අවබෝධයක් ලබා දේ.
-
ඉහළ ප්රතිදාන අනුක්රමණය (ATAC-seq) සහිත ට්රාන්ස්පොසේස්-ප්රවේශ විය හැකි ක්රොමැටින් සඳහා තක්සේරුව
ATAC-seq යනු ජෙනෝමය පුරා ක්රෝමැටින් ප්රවේශ්යතා විශ්ලේෂණය සඳහා භාවිතා කරන ඉහළ-ප්රතිදාන අනුක්රමික තාක්ෂණයකි. එහි භාවිතය ජාන ප්රකාශනය මත ගෝලීය එපිජෙනටික් පාලනයේ සංකීර්ණ යාන්ත්රණයන් පිළිබඳ ගැඹුරු අවබෝධයක් ලබා දෙයි. මෙම ක්රමය අධි ක්රියාකාරී Tn5 ට්රාන්ස්පෝසේස් භාවිතා කරමින් අනුක්රමික ඇඩැප්ටර ඇතුළත් කිරීමෙන් ක්රෝමැටින් කලාප එකවර ඛණ්ඩනය කර ටැග් කරයි. පසුකාලීන PCR විස්තාරණයේ ප්රතිඵලයක් ලෙස අනුක්රමික පුස්තකාලයක් නිර්මාණය වන අතර එමඟින් නිශ්චිත අවකාශ-කාල තත්වයන් යටතේ විවෘත ක්රෝමැටින් කලාප පුළුල් ලෙස හඳුනා ගැනීමට ඉඩ සලසයි. පිටපත් කිරීමේ සාධක බන්ධන අඩවි හෝ නිශ්චිත හිස්ටෝන්-වෙනස් කළ කලාප කෙරෙහි පමණක් අවධානය යොමු කරන ක්රම මෙන් නොව, ප්රවේශ විය හැකි ක්රෝමැටින් භූ දර්ශන පිළිබඳ සමස්ත දර්ශනයක් ATAC-seq සපයයි. මෙම විවෘත ක්රෝමැටින් කලාප අනුක්රමණය කිරීමෙන්, ATAC-seq ක්රියාකාරී නියාමන අනුපිළිවෙලට සහ විභව පිටපත් කිරීමේ සාධක බන්ධන අඩවි වලට වැඩි ඉඩක් ඇති කලාප හෙළි කරයි, ජෙනෝමය හරහා ජාන ප්රකාශනයේ ගතික මොඩියුලේෂන් පිළිබඳ වටිනා අවබෝධයක් ලබා දෙයි.
-
අඩු කළ නියෝජන බයිසල්ෆයිට් අනුක්රමණය (RRBS)
අඩු කරන ලද නිරූපණ බයිසල්ෆයිට් අනුක්රමණය (RRBS) රඳා පවතින්නේ MspI බෙදීම මගින් CpG දූපත් බහුල කලාප පොහොසත් කිරීම සහ පසුව 200-500/600 bps කොටස්වල ප්රමාණය තෝරා ගැනීම මත ය. එහි ප්රතිඵලයක් ලෙස, CpG දූපත් වලට ආසන්න කලාප පමණක් අනුක්රමණය කරනු ලබන අතර, දුරස්ථ CpG දූපත් ඇති ඒවා විශ්ලේෂණයෙන් බැහැර කරනු ලැබේ. මෙම ක්රියාවලිය, බයිසල්ෆයිට් අනුක්රමණය සමඟ ඒකාබද්ධව, DNA මෙතිලේෂන් ඉහළ විභේදනයකින් හඳුනා ගැනීමට ඉඩ සලසයි, සහ අනුක්රමික ප්රවේශය, PE150, මැදට වඩා ඇතුළු කිරීම් වල කෙළවර කෙරෙහි විශේෂයෙන් අවධානය යොමු කරයි, මෙතිලේෂන් පැතිකඩෙහි කාර්යක්ෂමතාව වැඩි කරයි.
මෙම තාක්ෂණය DNA මෙතිලේෂන් පර්යේෂණයේ දී Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) සඳහා පිරිවැය-ඵලදායී සහ කාර්යක්ෂම විකල්පයක් ලෙස මතු වී ඇත. WGBS තනි පාදක විභේදනයකින් සම්පූර්ණ ජෙනෝමය පරීක්ෂා කිරීමෙන් පුළුල් අවබෝධයක් ලබා දෙන අතර, එහි ඉහළ පිරිවැය සීමාකාරී සාධකයක් විය හැකි අතර, RRBS උපායමාර්ගිකව ජෙනෝමයේ නියෝජිත කොටසක් තෝරා බේරා විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් මෙම අභියෝගය අවම කරයි. මෙම ක්රමවේදය යනු පිරිවැය-ඵලදායී DNA මෙතිලේෂන් පර්යේෂණ සක්රීය කරන සහ එපිජෙනටික් යාන්ත්රණ පිළිබඳ දැනුම දියුණු කරන අගනා මෙවලමකි.
