නිශ්චිත-ස්ථාන විස්තාරිත කොටස් අනුක්රමය (SLAF-Seq)
කාර්ය ප්රවාහය
පුස්තකාලය සකස් කිරීමේදී ප්රශස්ත එන්සයිම තේරීම සහතික කිරීම සඳහා සිලිකෝ වලින් පූර්ව සැලසුම් කර ඇති සේවාවක් ඇත.
තාක්ෂණික යෝජනා ක්රමය
සේවා විශේෂාංග
● PE150 සමඟ NovaSeq හි අනුක්රමණය.
● ද්විත්ව තීරු කේතනය සහිත පුස්තකාල සකස් කිරීම, සාම්පල 1000 කට වඩා එකතු කිරීමට හැකියාව ලබා දීම.
● යොමු ජෙනෝමයෙන් ස්වාධීන:
යොමු ජෙනෝමය සමඟ: SNP සහ InDel සොයාගැනීම
යොමු ජෙනෝමයක් නොමැතිව: නියැදි පොකුරුකරණය සහ SNP සොයාගැනීම
● තුළසිලිකන්-තුළපූර්ව සැලසුම් අවධියේදී, ජෙනෝමය දිගේ SLAF ටැග් ඒකාකාර ව්යාප්තියක් ජනනය කරන ඒවා සොයා ගැනීම සඳහා බහු සීමා කිරීමේ එන්සයිම සංයෝජන පරීක්ෂා කරනු ලැබේ.
● පූර්ව අත්හදා බැලීම අතරතුර, SLAF පුස්තකාල 9 ක් ජනනය කිරීම සඳහා සාම්පල 3 ක එන්සයිම සංයෝජන තුනක් පරීක්ෂා කරනු ලබන අතර, මෙම තොරතුරු ව්යාපෘතිය සඳහා ප්රශස්ත සීමා කිරීමේ එන්සයිම සංයෝජනය තෝරා ගැනීමට භාවිතා කරයි.
සේවා වාසි
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයඉහළ ජාන සලකුණු සොයාගැනීම: අපි විශාල ජනගහනයන් එකවර අනුක්රමණය කිරීමට සහ ස්ථාන-විශේෂිත විස්තාරණය වැඩි දියුණු කිරීමේ කාර්යක්ෂමතාව සඳහා ඉඩ සලසන ඉහළ-ප්රතිදාන ද්විත්ව තීරු කේත පද්ධතියක් ඒකාබද්ධ කරමු, ටැග් අංක විවිධ පර්යේෂණ ප්රශ්නවල විවිධ අවශ්යතා සපුරාලන බව සහතික කරමු.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණය ජෙනෝමය මත අඩු යැපීම: එය යොමු ජෙනෝමයක් ඇති හෝ නැති විශේෂ සඳහා යෙදිය හැක.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයනම්යශීලී යෝජනා ක්රම නිර්මාණය: විවිධ පර්යේෂණ ඉලක්ක හෝ විශේෂයන් සපුරාලීම සඳහා තනි-එන්සයිම, ද්විත්ව-එන්සයිම, බහු-එන්සයිම ජීර්ණය සහ විවිධ වර්ගයේ එන්සයිම සියල්ලම තෝරා ගත හැකිය.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණය එන්සයිම ජීර්ණයේ ඉහළ කාර්යක්ෂමතාව: සන්නයනයසිලිකන්-තුළපූර්ව-නිර්මාණය සහ පූර්ව-අත්හදා බැලීමක් මඟින් වර්ණදේහයේ SLAF ටැග් ඒකාකාරව බෙදා හැරීම (1 SLAF ටැගය/4Kb) සහ අඩු කළ පුනරාවර්තන අනුපිළිවෙල (<5%) සමඟ ප්රශස්ත නිර්මාණය සහතික කෙරේ.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණයපුළුල් විශේෂඥතාව: ශාක, ක්ෂීරපායින්, පක්ෂීන්, කෘමීන් සහ ජලජ ජීවීන් ඇතුළු සිය ගණනක් විශේෂ පිළිබඳ SLAF-Seq ව්යාපෘති 5000 කට අධික සංඛ්යාවක් වසා දැමීමේ වාර්තාවක් සහිතව, අපි සෑම ව්යාපෘතියකටම අත්දැකීම් සම්භාරයක් ගෙන එන්නෙමු.
● ● ශ්රව්ය දෘශ්යකරණය ස්වයං-සංවර්ධිත ජෛව තොරතුරු කාර්ය ප්රවාහය: අවසාන ප්රතිදානයේ විශ්වසනීයත්වය සහ නිරවද්යතාවය සහතික කිරීම සඳහා අපි SLAF-Seq සඳහා ඒකාබද්ධ ජෛව තොරතුරු කාර්ය ප්රවාහයක් සකස් කළෙමු.
සේවා පිරිවිතර
| විශ්ලේෂණ වර්ගය | නිර්දේශිත ජනගහන පරිමාණය | අනුක්රමික උපාය මාර්ගය | |
| ටැග් අනුපිළිවෙලෙහි ගැඹුර | ටැග් අංකය | ||
| ජාන සිතියම් | දෙමාපියන් 2ක් සහ දරුවන් 150කට වඩා | දෙමාපියන්: 20x WGS ඕෆ්ස්පිං: 10x | ජෙනෝමයේ ප්රමාණය: <400 Mb: WGS නිර්දේශ කෙරේ <1Gb: ටැග් 100,000 1-2Gb:: ටැග් 200K >2Gb: ටැග් 300K උපරිම ටැග් 500k |
| ජෙනෝම්-පුළුල් සංගම් අධ්යයන (GWAS) | සාම්පල ≥200 | 10x | |
| ජානමය පරිණාමය | සාම්පල ≥30, එක් එක් උප කාණ්ඩයෙන් සාම්පල 10 ට වඩා වැඩිය | 10x | |
සේවා අවශ්යතා
සාන්ද්රණය ≥ 5 ng/µL
මුළු ප්රමාණය ≥ 80 ng
නැනෝඩ්රොප් OD260/280=1.6-2.5
ඇගරෝස් ජෙල්: කිසිදු හායනයක් හෝ දූෂණයක් හෝ නොමැති වීම හෝ සීමිත වීම.
නිර්දේශිත නියැදි බෙදාහැරීම
බහාලුම: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය
(බොහෝ සාම්පල එතනෝල් වල කල් තබා නොගැනීමට අපි නිර්දේශ කරමු)
නියැදි ලේබල් කිරීම: නියැදි පැහැදිලිව ලේබල් කළ යුතු අතර ඉදිරිපත් කරන ලද නියැදි තොරතුරු පෝරමයට සමාන විය යුතුය.
නැව්ගත කිරීම: වියළි අයිස්: සාම්පල පළමුව බෑග්වල ඇසුරුම් කර වියළි අයිස්වල වළ දැමිය යුතුය.
සේවා කාර්ය ප්රවාහය
නියැදි QC
නියමු අත්හදා බැලීම
SLAF-අත්හදා බැලීම
පුස්තකාල සකස් කිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
අපගේ ජෛව තොරතුරුමය විශ්ලේෂණයට ඇතුළත් වන්නේ:
N-සරු කියවීම්, ඇඩැප්ටර කියවීම් හෝ අඩු ගුණාත්මක කියවීම් ඉවත් කිරීම සඳහා දත්ත QC සහ දත්ත කප්පාදු කිරීම.
පාදක ව්යාප්තිය, අනුපිළිවෙලෙහි ගුණාත්මකභාවය සහ දත්ත තක්සේරුව පරීක්ෂා කිරීම සඳහා පිරිසිදු කියවීම්වල දෙවන තත්ත්ව පාලනයක් මෙන්ම ජීර්ණ කාර්යක්ෂමතාව සහ ලබාගත් ඇතුළත් කිරීම් පරීක්ෂා කිරීම ද සිදු කෙරේ.
කියවීම් පරීක්ෂා කළ පසු, විකල්ප දෙකක් තිබේ:
- යොමු ජෙනෝමයට සිතියම්ගත කිරීම
- යොමු ජෙනෝමයක් නොමැතිව: පොකුරුකරණය
ඊට පසු, SLAF ටැග් විශ්ලේෂණය භාවිතා කර සලකුණු සොයා ගැනීමට උපකාර කිරීම සඳහා යම් ප්රභේදන ඇමතුම් සිදු කරනු ලැබේ: SNP, InDel, SNV, CV ඇමතුම් සහ විවරණ.
වර්ණදේහ මත SLAF ටැග් බෙදා හැරීම:
වර්ණදේහ මත SNP වල ව්යාප්තිය:
SNP විවරණය
ජියැං එස්, ලී එස්, ලුඕ ජේ, වැන්ග් එක්ස් සහ ෂි සී (2023) පලතුරු ඉදවීමේදී සීනි අන්තර්ගතය පිළිබඳ QTL සිතියම්ගත කිරීම සහ පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණයපයිරස් පිරිෆෝලියාව.ඉදිරිපස. ශාක විද්යාව.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ලී, ජේ., ෂැං, වයි., මා, ආර්., හුවාං, ඩබ්ලිව්., හූ, ජේ., ෆැන්ග්, සී., සහ සන්, එල්. (2022). st1 හඳුනා ගැනීමෙන් හෙළි වන්නේ සෝයා බෝංචි ගෘහාශ්රිතකරණයේදී බීජ රූප විද්යාව සහ තෙල් අන්තර්ගතය හිච්හයික් කිරීම සම්බන්ධ තේරීමකි.ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.සහ තවත් අය.පොදු කාප් මාළුවාගේ ජෙනෝම අනුපිළිවෙල සහ ජාන විවිධත්වය,සයිප්රිනස් කාර්පියෝ.නැට් ජෙනට් 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.සහ තවත් අය.වගා කරන ලද රටකජු වල ජෙනෝමය රනිල කුලයට අයත් කාරියෝටයිප්, පොලිප්ලොයිඩ් පරිණාමය සහ බෝග ගෘහාශ්රිතකරණය පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දෙයි.නැට් ජෙනට් 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| වර්ෂය | සඟරාව | IF | ශීර්ෂය | අයදුම්පත් |
| 2022 | ස්වභාවධර්ම සන්නිවේදනය | 17.694 ආර්. | ගස් පියෝනි වල ගිගා-වර්ණදේහවල සහ ගිගා-ජෙනෝමයේ ජානමය පදනම පයෝනියා ඔස්ටි | ශ්රී ලංකා ගුවන් හමුදා-ගවස් |
| 2015 | නව ශාක විද්යාඥයා | 7.433 | ගෘහාශ්රිත පා සටහන් කෘෂි විද්යාත්මක වැදගත්කමක් ඇති ජානමය කලාප නැංගුරම් ලා ඇත. සෝයා බෝංචි | ශ්රී ලංකා ගුවන් හමුදා-ගවස් |
| 2022 | උසස් පර්යේෂණ සඟරාව | 12.822 යනු предекторования предекторов | G. hirsutum තුළට Gossypium barbadense හි ජෙනෝමය-පුළුල් කෘතිම ඇතුල්වීම්. කපු කෙඳි වල ගුණාත්මකභාවය සහ අස්වැන්න එකවර වැඩිදියුණු කිරීම සඳහා උසස් ස්ථාන හෙළි කිරීම. ගති ලක්ෂණ | SLAF-පරිණාමීය ජාන විද්යාව |
| 2019 | අණුක ශාකය | 10.81 (ඉංග්රීසි බසින්) | ජනගහන ජානමය විශ්ලේෂණය සහ ඩි නොවෝ එකලස් කිරීම වීඩි වල ආරම්භය හෙළි කරයි පරිණාමීය ක්රීඩාවක් ලෙස සහල් | SLAF-පරිණාමීය ජාන විද්යාව |
| 2019 | ස්වභාව ජාන විද්යාව | 31.616 ආර්. | පොදු කාප් මාළුවා වන සයිප්රිනස් කාර්පියෝ හි ජෙනෝම අනුපිළිවෙල සහ ජාන විවිධත්වය | SLAF-සම්බන්ධතා සිතියම |
| 2014 | ස්වභාව ජාන විද්යාව | 25.455 යනු මිල අධිකය. | වගා කරන ලද රටකජු වල ජෙනෝමය රනිල කුලයට අයත් කාරියොටයිප්, පොලිප්ලොයිඩ් පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දෙයි. පරිණාමය සහ බෝග ගෘහාශ්රිතකරණය. | SLAF-සම්බන්ධතා සිතියම |
| 2022 | ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව | 9.803 යනු ග්රැෆික්ස්, | ST1 හඳුනාගැනීමෙන් බීජ රූප විද්යාවේ හිච්හයිකින් කිරීම සම්බන්ධ තේරීමක් හෙළි වේ. සහ සෝයා බෝංචි ගෘහාශ්රිතකරණයේදී තෙල් ප්රමාණය | SLAF-Marker සංවර්ධනය |
| 2022 | ජාත්යන්තර අණුක විද්යා සඟරාව | 6.208 යනු කුමක්ද? | Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) සඳහා හඳුනාගැනීම සහ DNA සලකුණු සංවර්ධනය ඩිසොමික් වර්ණදේහ ආදේශනය | SLAF-Marker සංවර්ධනය |
| වර්ෂය | සඟරාව | IF | ශීර්ෂය | අයදුම්පත් |
| 2023 | ශාක විද්යාවේ මායිම් | 6.735 යනු ග්රැෆික්ස්, | පයිරස් පිරිෆෝලියාවේ පලතුරු ඉදවීමේදී සීනි අන්තර්ගතය පිළිබඳ QTL සිතියම්ගත කිරීම සහ පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය. | ජාන සිතියම |
| 2022 | ශාක ජෛව තාක්ෂණ සඟරාව | 8.154 යනු ග්රීක භාෂාවයි. | ST1 හඳුනාගැනීම මගින් සෝයා බෝංචි ගෘහාශ්රිතකරණයේදී බීජ රූප විද්යාව සහ තෙල් අන්තර්ගතය හිච්හයික් කිරීම සම්බන්ධ තේරීමක් හෙළි වේ.
| SNP ඇමතුම |
| 2022 | ශාක විද්යාවේ මායිම් | 6.623 යනු කුමක්ද? | නියඟ පරිසරයක හිස්, යන්තම් ෆීනෝටයිප් වල ජෙනෝම-පුළුල් සංගම් සිතියම්ගත කිරීම.
| ග්වස් |
