BMKCloud Log in
条形 banner-03

Produkty

10x priestorový transkriptóm Genomics Visium

Priestorová transkriptomika je špičková technológia, ktorá umožňuje výskumníkom skúmať vzory génovej expresie v tkanivách pri zachovaní ich priestorového kontextu.Jedna výkonná platforma v tejto doméne je 10x Genomics Visium spojená so sekvenovaním Illumina.Princíp 10X Visium spočíva na špecializovanom čipe s určenou záchytnou oblasťou, kde sa umiestňujú tkanivové rezy.Táto oblasť zachytávania obsahuje body s čiarovým kódom, z ktorých každý zodpovedá jedinečnému priestorovému umiestneniu v tkanive.Zachytené molekuly RNA z tkaniva sú potom počas procesu reverznej transkripcie označené jedinečnými molekulárnymi identifikátormi (UMI).Tieto čiarové kódy a UMI umožňujú presné priestorové mapovanie a kvantifikáciu génovej expresie v jednobunkovom rozlíšení.Kombinácia priestorovo kódovaných vzoriek a UMI zaisťuje presnosť a špecifickosť generovaných údajov.Pomocou tejto technológie priestorovej transkriptomiky môžu výskumníci získať hlbšie pochopenie priestorovej organizácie buniek a zložitých molekulárnych interakcií vyskytujúcich sa v tkanivách, čo ponúka neoceniteľný pohľad na mechanizmy, ktoré sú základom biologických procesov vo viacerých oblastiach, vrátane onkológie, neurovedy, vývojovej biológie, imunológie. a botanické štúdie.

Platforma: 10X Genomics Visium a Illumina NovaSeq


  • FOB Cena:0,5 – 9 999 USD / kus
  • Minimálne množstvo objednávky:100 kusov/kusov
  • Schopnosť zásobovania:10 000 kusov/kusov za mesiac
  • Podrobnosti o službe

    Bioinformatika

    Demo výsledky

    Odporúčané publikácie

    Vlastnosti

    ● Rozlíšenie: 100 uM

    ● Priemer bodu: 55 uM

    ● Počet spotov: 4992

    ● Oblasť snímania: 6,5 x 6,5 mm

    ● Každé miesto s čiarovým kódom je nabité základnými nátermi zloženými zo 4 častí:

    - poly(dT) koniec na aktiváciu mRNA a syntézu cDNA

    - Jedinečný molekulárny identifikátor (UMI) na opravu skreslenia zosilnenia

    - Priestorový čiarový kód

    - Väzbová sekvencia čiastočného čítania 1 sekvenačného priméru

    ● H&E farbenie rezov

    Výhody

    Jednorazová služba: integruje všetky kroky založené na skúsenostiach a zručnostiach, vrátane kryorezov, farbenia, optimalizácie tkaniva, priestorového čiarového kódovania, prípravy knižnice, sekvenovania a bioinformatiky.

    ● Vysoko kvalifikovaný technický tím: so skúsenosťami s viac ako 250 typmi tkanív a 100+ druhmi vrátane ľudí, myší, cicavcov, rýb a rastlín.

    Aktualizácia celého projektu v reálnom čase: s plnou kontrolou priebehu experimentu.

    Komplexná štandardná bioinformatika:Balenie obsahuje 29 analýz a viac ako 100 kvalitných figúrok.

    Analýza a vizualizácia dát na mieru: k dispozícii pre rôzne žiadosti o výskum.

    Voliteľná spoločná analýza s jednobunkovým sekvenovaním mRNA

    technické údaje

    Vzorové požiadavky

    Knižnica

    Stratégia sekvenovania

    Odporúčané údaje

    Kontrola kvality

    OCT vložené kryo vzorky, FFPE vzorky

    (Optimálny priemer: cca 6x6x6 mm3)

    3 bloky na vzorku

    10X Visium cDNA knižnica

    Illumina PE150

    50 000 prečítaní PE na spot

    (60 Gb)

    RIN>7

    Ak chcete získať viac podrobností o návode na prípravu vzoriek a pracovnom postupe služieb, neváhajte a porozprávajte sa s a

    Pracovný postup služby

    Vo fáze prípravy vzorky sa vykoná počiatočná skúška hromadnej extrakcie RNA, aby sa zabezpečilo získanie vysokokvalitnej RNA.V štádiu optimalizácie tkaniva sú rezy zafarbené a vizualizované a podmienky permeabilizácie pre uvoľňovanie mRNA z tkaniva sú optimalizované.Optimalizovaný protokol sa potom aplikuje počas konštrukcie knižnice, po ktorej nasleduje sekvenovanie a analýza údajov.

    Kompletný pracovný postup služieb zahŕňa aktualizácie v reálnom čase a potvrdenia klientov, aby sa zachovala spätná väzba s odozvou a zabezpečila sa hladká realizácia projektu.

    图片4

  • Predchádzajúce:
  • Ďalšie:

  • 10x (9)

     

    Zahŕňa nasledujúcu analýzu:

     Kontrola kvality údajov:

    o Výstup údajov a rozdelenie skóre kvality

    o Detekcia génov na mieste

    o Pokrytie tkanivami

     Analýza vnútornej vzorky:

    o Génové bohatstvo

    o Spot clustering, vrátane redukovanej dimenzionálnej analýzy

    o Diferenciálna analýza expresie medzi klastrami: identifikácia markerových génov

    o Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov

     Medziskupinová analýza

    o Rekombinácia škvŕn z oboch vzoriek (napr. chorých a kontrolných) a opätovného zoskupenia

    o Identifikácia markerových génov pre každý klaster

    o Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov

    o Diferenciálne vyjadrenie rovnakého zhluku medzi skupinami

    Analýza vnútornej vzorky

    Zhlukovanie škvŕn

    10x (10)

     

    Identifikácia a priestorová distribúcia markerových génov

     

    10x (12)

    10x (11)

     

    Medziskupinová analýza

    Kombinácia údajov z oboch skupín a opätovného zoskupenia

    10x (13)

     

     

    Markerové gény nových klastrov

    图片5

    Preskúmajte pokroky, ktoré umožňuje služba priestorovej transkriptomiky BMKGene od 10X Visium V týchto odporúčaných publikáciách:

    Chen, D. a kol.(2023) „mthl1, potenciálny homológ Drosophila adhéznych GPCR cicavcov, sa podieľa na protinádorových reakciách na injikované onkogénne bunky u múch“, Zborník Národnej akadémie vied Spojených štátov amerických, 120(30), s.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120

    Chen, Y. a kol.(2023) „STEEL umožňuje vymedzenie časopriestorových transkriptomických údajov s vysokým rozlíšením“, Briefings in Bioinformatics, 24(2), s. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.

    Liu, C. a kol.(2022) „Priestorový atlas organogenézy vo vývoji kvetov orchideí“, Nucleic Acids Research, 50 (17), s. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.

    Wang, J. a kol.(2023) „Integrácia priestorovej transkriptomiky a jednojadrového sekvenovania RNA odhaľuje potenciálne terapeutické stratégie pre leiomyóm maternice“, International Journal of Biological Sciences, 19 (8), s.doi: 10.7150/IJBS.83510.

    dostat ponuku

    Tu napíšte svoju správu a pošlite nám ju

    Pošlite nám svoju správu: