16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie-NGS
Výhody služby
● Rýchla identifikácia mikrobiálneho zloženia v environmentálnych vzorkách bez izolácie
● Vysoké rozlíšenie v málo zastúpených zložkách v environmentálnych vzorkách
● Najnovší tok analýzy QIIME2 s rôznymi analýzami z hľadiska databázy, anotácií, OTU/ASV.
● Vysoká priepustnosť, vyššia presnosť
● Aplikovateľné na štúdie rôznych mikrobiálnych spoločenstiev
● BMK má rozsiahle skúsenosti s viac ako 100 000 vzorkami/rok, pokrývajúcimi pôdu, vodu, plyn, kal, výkaly, črevá, kožu, fermentačný vývar, hmyz, rastliny atď.
● BMKCloud uľahčil interpretáciu údajov obsahujúci 45 personalizovaných analytických nástrojov
Špecifikácie služby
| SekvenovaniePlošina | Knižnica | Odporúčaná výťažnosť údajov | Odhadovaný čas obratu |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Tagy | 30 dní |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● Klastrovanie OTU/Znižovanie šumu (ASV)
● Anotácia OTU
● Alfa rozmanitosť
● Rozmanitosť beta
● Medziskupinová analýza
● Asociačná analýza voči experimentálnym faktorom
● Predikcia funkčných génov
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
PreDNA extrakty:
| Typ vzorky | Suma | Koncentrácia | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pre environmentálne vzorky:
| Typ vzorky | Odporúčaný postup odberu vzoriek |
| Pôda | Množstvo vzorky: cca.5 g;Zvyšnú uschnutú hmotu je potrebné z povrchu odstrániť;Rozdrvte veľké kusy a prefiltrujte cez 2 mm filter;Alikvótne vzorky v sterilnej EP-skúmavke alebo cyrotrubici na rezerváciu. |
| Výkaly | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvótne vzorky do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu. |
| Črevný obsah | Vzorky je potrebné spracovať za aseptických podmienok.Odobraté tkanivo premyte PBS;Odstreďte PBS a zozbierajte precipitant do EP skúmaviek. |
| Kal | Množstvo vzorky: cca.5 g;Odoberte a alikvotne rozdeľte vzorku kalu do sterilnej EP-skúmavky alebo kryoskúmavky na rezerváciu |
| Vodný útvar | V prípade vzorky s obmedzeným množstvom mikroorganizmov, ako je voda z vodovodu, voda zo studne atď., Odoberte aspoň 1 l vody a nechajte prejsť cez 0,22 μm filter, aby sa obohatili mikrobiálne látky na membráne.Membránu uchovávajte v sterilnej skúmavke. |
| Koža | Opatrne zoškrabte povrch pokožky sterilným vatovým tampónom alebo chirurgickou čepeľou a vložte ju do sterilnej skúmavky. |
Odporúčané doručenie vzorky
Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom.
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1. Distribúcia druhov
2. Tepelná mapa: Zhlukovanie druhovej bohatosti
3. Krivka zriedkavej frakcie
4. Analýza NMDS
5.Lefse analýza
Prípad BMK
Obézni jedinci s diabetom 2. typu a bez neho vykazujú rozdielnu funkčnú kapacitu a zloženie črevných mikroorganizmov
Publikovaný:Bunkový hostiteľ a mikrób, 2019
Stratégia sekvenovania:
štíhle nediabetičky (n=633);Obézni nediabetici (n=494);obézny diabetes typu 2 (n=153);
Cieľová oblasť: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (sekvenovanie amplikónov na báze NGS)
Podskupina extraktov DNA bola podrobená metagenomickému sekvenovaniu na Illumina Hiseq
Kľúčové výsledky
Mikrobiálne profily týchto metabolických ochorení boli úspešne diferencované.
Porovnaním mikrobiálnych znakov generovaných sekvenovaním 16S sa zistilo, že obezita súvisí so zmenami v mikrobiálnom zložení, individuálnymi znakmi, najmä významným poklesom Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes atď. Okrem toho sa zistilo, že T2D súvisí so zvýšením Escherichia/shigella .
Odkaz
Thingholm, LB, a kol."Obézni jedinci s diabetom 2. typu a bez neho vykazujú rozdielnu funkčnú kapacitu a zloženie črevných mikróbov."Bunkový hostiteľ a mikrób26.2 (2019).
