Hromadná segregačná analýza
Výhody služby
Takagi a kol., časopis o rastlinách, 2013
● Presná lokalizácia: Miešanie hromadných kusov s 30+30 až 200+200 jednotlivcami, aby sa minimalizoval hluk pozadia;predikcia kandidátskej oblasti na základe nesynonymných mutantov.
● Komplexná analýza: Hĺbková anotácia funkcie kandidátskeho génu, vrátane NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG atď.
● Rýchlejší čas obratu: Rýchla lokalizácia génu do 45 pracovných dní.
● Rozsiahle skúsenosti: BMK prispela k lokalizácii tisícov znakov, pokrývajúc rôzne druhy, ako sú plodiny, vodné produkty, les, kvety, ovocie atď.
Špecifikácie služby
Populácia:
Segregácia potomstva rodičov s opačnými fenotypmi.
napr. potomstvo F2, spätné kríženie (BC), rekombinantná inbredná línia (RIL)
Miešací bazén
Pre kvalitatívne znaky: 30 až 50 jedincov (minimálne 20)/množstvo
Pre kvantitatívne trate: 5 % až 10 % jedincov s jedným z extrémnych fenotypov v celej populácii (minimálne 30+30).
Odporúčaná hĺbka sekvenovania
Minimálne 20X/rodič a 1X/potomstvo (napr. pre zmiešanú skupinu potomkov s 30+30 jednotlivcami, hĺbka sekvenovania bude 30X na hromadný súbor)
Bioinformatické analýzy
● Resekvenovanie celého genómu
● Spracovanie údajov
● Volanie SNP/Indel
● Skríning kandidátskeho regiónu
● Anotácia funkcie kandidátskeho génu
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| vzorka gDNA | Vzorka tkaniva |
| Koncentrácia: ≥30 ng/μl | Rastliny: 1-2 g |
| Množstvo: ≥2 μg (objem ≥15 μl) | Zvieratá: 0,5-1 g |
| Čistota: OD260/280= 1,6-2,5 | Plná krv: 1,5 ml |
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1. Asociačná analýza založená na euklidovskej vzdialenosti (ED) na identifikáciu kandidátskeho regiónu.Na nasledujúcom obrázku
Os X: počet chromozómov;Každá bodka predstavuje hodnotu ED SNP.Čierna čiara zodpovedá prispôsobenej hodnote ED.Vyššia hodnota ED indikuje významnejšiu asociáciu medzi miestom a fenotypom.Červená prerušovaná čiara predstavuje prah významnej asociácie.
2.Asociačná analýza založená bez SNP-indexu
Os X: počet chromozómov;Každá bodka predstavuje hodnotu SNP-indexu.Čierna čiara predstavuje prispôsobenú hodnotu indexu SNP.Čím väčšia je hodnota, tým významnejšia je asociácia.
Prípad BMK
Hlavný kvantitatívny znakový lokus Fnl7.1 s hlavným účinkom kóduje bohatý proteín neskorej embryogenézy spojený s dĺžkou ovocného krku v uhorke
Publikovaný: Plant Biotechnology Journal, 2020
Stratégia sekvenovania:
Rodičia (Jin5-508, YN): Resekvenovanie celého genómu pre 34× a 20×.
Súbory DNA (50 s dlhým hrdlom a 50 s krátkym hrdlom): opätovné sekvenovanie pre 61× a 52×
Kľúčové výsledky
V tejto štúdii sa segregujúca populácia (F2 a F2:3) vytvorila krížením línie uhoriek s dlhým krkom Jin5-508 a YN s krátkym krkom.Dva DNA pooly skonštruovalo 50 jedincov s extrémnym dlhým krkom a 50 jedincov s extrémnym krátkym krkom.QTL s hlavným účinkom bol identifikovaný na Chr07 analýzou BSA a tradičným mapovaním QTL.Kandidátna oblasť bola ďalej zúžená jemným mapovaním, kvantifikáciou génovej expresie a transgénnymi experimentmi, ktoré odhalili kľúčový gén v kontrole dĺžky krku, CsFnl7.1.Okrem toho sa zistilo, že polymorfizmus v oblasti promótora CsFnl7.1 je spojený so zodpovedajúcou expresiou.Ďalšia fylogenetická analýza naznačila, že lokus Fnl7.1 veľmi pravdepodobne pochádza z Indie.
 QTL-mapovanie v analýze BSA na identifikáciu kandidátskej oblasti spojenej s dĺžkou krku uhorky |  LOD profily QTL s dĺžkou krku uhorky identifikované na Chr07 |
Xu, X. a kol."Kvantitatívny lokus Fnl7.1 s hlavným účinkom kóduje bohatý proteín neskorej embryogenézy spojený s dĺžkou ovocného krku v uhorke."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
