sekvenovanie circRNA-Illumina
Vlastnosti
● Deplécia rRNA nasledovaná priamou prípravou knižnice, ktorá umožňuje sekvenovanie údajov, ktoré sú špecifické pre vlákno.
● Bioinformatický pracovný postup umožňuje predikciu circRNA a kvantifikáciu expresie
Výhody služby
●Komplexnejšie knižnice RNA:v našej predknižničnej príprave používame depléciu rRNA namiesto lineárnej deplécie RNA, čím zaisťujeme, že údaje o sekvenovaní zahŕňajú nielen circRNA, ale aj mRNA a lncRNA, čo umožňuje spoločnú analýzu týchto súborov údajov
●Voliteľná analýza sietí kompetitívnej endogénnej RNA (ceRNA).: poskytuje hlbší pohľad na bunkové regulačné mechanizmy
●Rozsiahla odbornosť: so záznamom spracovania viac ako 20 000 vzoriek v BMK, ktoré zahŕňajú rôzne typy vzoriek a projekty lncRNA, náš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti.
●Prísna kontrola kvality: implementujeme kľúčové kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice až po sekvenovanie a bioinformatiku.Toto starostlivé monitorovanie zaisťuje neustále vysokokvalitné výsledky.
● Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu.Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Vzorové požiadavky a doručenie
| Knižnica | Plošina | Odporúčané údaje | Dáta QC |
| Obohatené o Poly A | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30 ≥ 85 % |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množstvo (μg) | Čistota | bezúhonnosť |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli. | Pre rastliny: RIN≥6,5; Pre zvieratá: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; obmedzená alebo žiadna základná elevácia |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semená: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
Srdce alebo črevo: 450 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy alebo koža: 1,5 g
● Článkonožce:
Hmyz: 9 g
Kôrovce: 450 mg
● Plná krv:2 trubice
● Bunky: 106 bunky
● Sérum a plazma: 6 ml
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vrecúšok a zakopať do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA možno vysušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a odoslať pri izbovej teplote.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
Bioinformatika
Predikcia circRNA: chromozomálna distribúcia
Diferenciálne vyjadrené circRNA – graf sopky
Diferenciálne vyjadrené circRNA – hierarchické zhlukovanie
Funkčné obohatenie hostiteľských génov circRNA
Preskúmajte pokroky vo výskume, ktoré uľahčujú sekvenčné služby circRNA BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Wang, X. a kol.(2021) „CPSF4 reguluje tvorbu circRNA a umlčovanie génov sprostredkované mikroRNA pri hepatocelulárnom karcinóme“, Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. a kol.(2023) 'X oo-responzívny transkriptóm odhaľuje úlohu cirkulárnej RNA133 v rezistencii voči chorobám reguláciou expresie OsARAB v ryži', Phytopathology Research, 5(1), s. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. a kol.(2023) „CPSF3 moduluje rovnováhu cirkulárnych a lineárnych transkriptov pri hepatocelulárnom karcinóme“.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. a kol.(2023) „Komplexné hodnotenie cirRNA pri cirhotickej kardiomyopatii pred a po transplantácii pečene“, International Immunopharmacology, 114, s.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
