Vopred pripravené knižnice Illumina
Funkcie
●Platformy:Illumina NovaSeq 6000 a NovaSeq X Plus
●Režimy sekvencovania:PE150 a PE250
●Kontrola kvality knižníc pred sekvenovaním
●Kontrola kvality sekvenčných údajov a dodanie:doručenie správy o kontrole kvality a nespracovaných údajov vo formáte fastq po demultiplexovaní a filtrovaní čítaní Q30
Výhody služby
●Všestrannosť sekvenčných služieb:Zákazník si môže zvoliť sekvenciu podľa dráhy, prietokovej komory alebo podľa množstva požadovaných údajov (čiastočné sekvencovanie dráhy).
●Rozsiahle skúsenosti s platformou sekvenovania Illumina:s tisíckami uzavretých projektov s rôznymi druhmi.
●Dodanie správy o kontrole kvality sekvenovania:s metrikami kvality, presnosťou údajov a celkovým výkonom projektu sekvenovania.
●Proces sekvenovania v zrelých štádiách:s krátkou dobou obratu.
●Prísna kontrola kvalityZavádzame prísne požiadavky na kontrolu kvality, aby sme zaručili dosahovanie konzistentne vysokokvalitných výsledkov.
Vzorové platformy
| Platforma | Prietoková cela | Režim sekvencovania | Jednotka | Odhadovaný výstup |
| NovaSeq X | 10B (8 pruhov) | PE150 | Jeden jazdný pruh Čiastočný jazdný pruh | 375 GB / linka |
| 25B (8 jazdných pruhov) | PE150 | Jeden jazdný pruh Čiastočný jazdný pruh | 1000 Gb/linka | |
| NovaSeq 6000 | Prietoková cela SP (2 dráhy) | PE250 | Prietoková cela Jeden jazdný pruh Čiastočný jazdný pruh | 325 – 400 miliónov prečítaní / dráha |
| Prietoková kyveta S4 (4 dráhy) | PE150 | Prietoková cela Jeden jazdný pruh Čiastočný jazdný pruh | ~800 Gb/linka |
Požiadavky na vzorky
| Množstvo údajov (X) | Koncentrácia (qPCR/nM) | Objem | |
| Čiastočné radenie v jazdných pruhoch
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 GB < X ≤ 50 GB | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 GB < X ≤ 100 GB | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 GB | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Poradie jazdných pruhov | Per Lane | ≥ 1,5 nM / súbor knižnice | ≥ 25 μl / knižničný pool |
Okrem koncentrácie a celkového množstva je potrebný aj vhodný profil píkov.
Poznámka: Sekvenovanie dráh knižníc s nízkou diverzitou vyžaduje PhiX spike-in, aby sa zabezpečilo robustné volanie báz.
Odporúčame odoslať vopred zoskupené knižnice ako vzorky. Ak potrebujete, aby BMKGENE vykonal zoskupovanie knižníc, pozrite si
požiadavky knižnice na čiastočné zoradenie jazdných pruhov.
Veľkosť knižnice (mapa vrcholov)
Hlavný vrchol by mal byť v rozmedzí 300 – 450 bp.
Knižnice by mali mať jeden hlavný pík, žiadnu kontamináciu adaptérmi a žiadne diméry primerov.
Ak vaše vzorky nespĺňajú požiadavky na východiskový materiál, kontaktujte nás.
Pracovný postup služby
Kontrola kvality knižnice
Sekvenovanie
Kontrola kvality údajov
Dodanie projektu
Správa o kontrole kvality knižnice
Pred sekvenovaním, posúdením množstva knižnice a fragmentácie sa poskytuje správa o kvalite knižnice.
Správa o kontrole kvality sekvenovania
Tabuľka 1. Štatistiky o sekvenčných údajoch.
| ID vzorky | BMKID | Surové čítania | Nespracované údaje (bp) | Čisté čítania (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
Obrázok 1. Rozloženie kvality pozdĺž čítaní v každej vzorke
Obrázok 2. Rozloženie základného obsahu
Obrázok 3. Rozloženie obsahu čítania v sekvenčných dátach
