Illumina vopred pripravené knižnice
Vlastnosti
●Platformy:Illumina NovaSeq 6000 a NovaSeq X Plus
●Režimy sekvenovania:PE150 a PE250
●Kontrola kvality knižníc pred sekvenovaním
●Sekvenčné údaje QC a doručenie:doručenie správy o kontrole kvality a nespracovaných údajov vo formáte fastq po demultiplexovaní a filtrovaní čítaní Q30
Výhody služby
●Všestrannosť služieb sekvenovania:zákazník si môže zvoliť radenie podľa pruhu, prietokovej bunky alebo množstva požadovaných údajov (čiastočné radenie pruhov).
●Rozsiahle skúsenosti so sekvenčnou platformou Illumina:s tisíckami uzavretých projektov s rôznymi druhmi.
●Doručenie správy o sekvenčnej kontrole kvality:s metrikami kvality, presnosťou údajov a celkovým výkonom projektu sekvenovania.
●Vyspelý proces sekvenovania:s krátkou dobou obratu.
●Prísna kontrola kvality: Implementujeme prísne požiadavky na kontrolu kvality, aby sme zaručili poskytovanie trvalo vysokokvalitných výsledkov.
Vzorové platformy
| Platforma | Prietoková bunka | Režim sekvenovania | Jednotka | Odhadovaný výstup |
| NovaSeq X | 10B (8 pruhov) | PE150 | Single Lane Čiastočný jazdný pruh | 375 Gb/pruh |
| 25B (8 pruhov) | PE150 | Single Lane Čiastočný jazdný pruh | 1000 Gb/pruh | |
| NovaSeq 6000 | SP Flow bunka (2 pruhy) | PE250 | Prietoková bunka Single Lane Čiastočný jazdný pruh | 325-400 M čítaní / pruh |
| Prietoková bunka S4 (4 pruhy) | PE150 | Prietoková bunka Single Lane Čiastočný jazdný pruh | ~800 Gb/pruh |
Vzorové požiadavky
| Množstvo údajov (X) | Koncentrácia (qPCR/nM) | Objem | |
| Čiastočné radenie jazdných pruhov
| X ≤ 10 Gb | > 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | > 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | > 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | > 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Sekvenovanie jazdných pruhov | Per Lane | ≥ 1,5 nM / súbor knižnice | ≥ 25 μl / fond knižnice |
Okrem koncentrácie a celkového množstva je potrebný aj vhodný vzor vrcholu.
Poznámka: Sekvenovanie jazdných pruhov knižníc s nízkou diverzitou vyžaduje pripojenie PhiX, aby sa zabezpečilo robustné volanie základne.
Odporúčame odoslať vopred združené knižnice ako vzorky. Ak požadujete, aby BMKGENE vykonal združovanie knižníc, pozrite si prosím
požiadavky knižnice na čiastočné radenie jazdných pruhov.
Veľkosť knižnice (mapa vrcholu)
Hlavný vrchol by mal byť v rozmedzí 300-450 bp.
Knižnice by mali mať jeden hlavný vrchol, žiadnu kontamináciu adaptéra a žiadne diméry primerov.
Ak vaše vzorky nespĺňajú požiadavky na východiskový materiál, kontaktujte nás.
Pracovný postup služby
Kontrola kvality knižnice
Sekvenovanie
Kontrola kvality údajov
Dodanie projektu
Správa QC knižnice
Správa o kvalite knižnice sa poskytuje pred sekvenovaním, posúdením množstva knižnice a fragmentácie.
Správa o sekvenovaní kontroly kvality
Tabuľka 1. Štatistika údajov o sekvenovaní.
| ID vzorky | BMKID | Surové čítanie | Nespracované údaje (bp) | Čisté čítania (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Obrázok 1. Distribúcia kvality pozdĺž meraní v každej vzorke
Obrázok 2. Základná distribúcia obsahu
Obrázok 3. Distribúcia čítaného obsahu v sekvenčných dátach
