Prihlásenie do BMKCloudu

Produkty

Sekvenovanie DNA/RNA – Nanoporézny sekvenátor

Sekvenovanie DNA/RNA – Nanoporový sekvenátor (obrázok)

ONT sekvenovanie je technológia sekvenovania elektrických signálov jednotlivých molekúl v reálnom čase založená na nanopóroch, pričom princíp sekvenovania každej platformy je rovnaký. Dvojvláknová DNA/RNA sa viaže na nanoporézny proteín vložený do biofilmu a odvíja sa pod vplyvom motorického proteínu. Pod vplyvom rozdielu napätia na oboch stranách biofilmu prechádzajú vlákna DNA/RNA cez kanálový proteín nanopóru určitou rýchlosťou. Vzhľadom na rozdielne chemické vlastnosti rôznych báz vo vlákne DNA/RNA, keď jedna báza alebo molekula DNA prechádza cez kanál nanopóru, spôsobí to zmenu rôznych elektrických signálov. Detekciou a zodpovedajúcou reakciou na tieto signály je možné vypočítať zodpovedajúce typy báz a dokončiť detekciu sekvencie v reálnom čase.

Kontaktujte nás

Podrobnosti o službe

Výsledok ukážky

Funkcie podrobností o službe

Platforma	Veľkosť knižnice	Teoretický výťažok údajov (na bunku)	Presnosť jednej základne	Aplikácie
Nanopóry	8 kB, 10 kB, 20 kB, ultradlhá, cDNA-PCR	70 – 90 Gb/bunka	85 – 92 %	SV volanie, De novo, sekvenovanie v plnej dĺžke, Iso-Seq, anotácia génov, detekcia metylácie DNA

Výhody služby

● Viac ako 5 rokov skúseností s platformou sekvenovania PacBio s tisíckami ukončených projektov s rôznymi druhmi.
● BMKGENE je oficiálnym partnerom spoločnosti Oxford Nanopore s dvojplatformovou certifikáciou RNA/DNA.
● Existujú bežné modely sekvenátorov s kompletným vybavením a dostatočnou sekvenčnou priepustnosťou.
● Na základe platformy Nanopore bolo v medzinárodne uznávaných časopisoch publikovaných viac ako 10 výskumov Denovo zameraných na zvieratá a rastliny.

Požiadavky na vzorky

Typ vzorky

Suma

Koncentrácia (Qubit ®)

Objem

Čistota

Iní

Genomická DNA

Závisí od požiadaviek na údaje

≥20 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7 – 2,2;

OD260/230 ≥ 1,5;

Jasný vrchol pri 260 nm, žiadne kontaminácie

Koncentráciu je potrebné merať pomocou Qubitu a Qubit/Nanopore ≤ 2

Celková RNA

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7 – 2,5;

OD260/230 = 0,5 – 2,5 ； žiadne kontaminácie

Hodnota RIN ≥7,5

Pracovný postup služby

Príprava vzorky

Výstavba knižnice

Sekvenovanie

Analýza údajov

Dodanie projektu

Predchádzajúce: Vopred pripravené knižnice Illumina

Ďalej: Sekvenovanie amplifikovaných fragmentov so špecifickým lokusom (SLAF-Seq)

Hodnotenie kvality údajov vzorky DNA

Tabuľka 1. Štatistiky o čistých údajoch.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	čistéPoradieČíslo	čistáSumBase	čistýN50Len	čistýN90Len	čistýMeanLen	cleanMaxLen	čistýPriemernýKval
DNA_BMK01	1 218 239	26,37	1 121 736	25,90	28 014	15 764	23 090	143 181	9

Hodnotenie kvality údajov vzorky RNA

Tabuľka 1. Štatistiky o čistých údajoch.

Názov súboru	ID klienta	Číslo čítania	ZákladnéČíslo	N50	Stredná dĺžka	Maximálna dĺžka	PriemernéQ skóre
RNA_BMK001	C2	8 947 708	4 047 230 083	398	452	129 227	Otázka 12