-
Imunoprecipitačné sekvenovanie chromatínu (ChIP-seq)
ChIP-Seq poskytuje profilovanie DNA cieľov v celom genóme pre modifikáciu histónov, transkripčné faktory a ďalšie proteíny spojené s DNA.Spája selektivitu chromatínovej imunoprecipitácie (ChIP) na získanie špecifických komplexov proteín-DNA so silou sekvenovania novej generácie (NGS) pre vysokovýkonné sekvenovanie získanej DNA.Okrem toho, pretože komplexy proteín-DNA sa získavajú zo živých buniek, väzbové miesta možno porovnávať v rôznych typoch buniek a tkanív alebo za rôznych podmienok.Aplikácie siahajú od regulácie transkripcie cez vývojové dráhy až po mechanizmy chorôb a ďalej.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Bisulfitové sekvenovanie celého genómu
Metylácia DNA na piatej pozícii v cytozíne (5-mC) má zásadný vplyv na génovú expresiu a bunkovú aktivitu.Abnormálne metylačné vzorce boli spojené s niekoľkými stavmi a chorobami, ako je rakovina.WGBS sa stal zlatým štandardom pre štúdium metylácie v celom genóme pri rozlíšení jednej bázy.
Platforma: Illumina NovaSeq6000
-
Test na chromatín prístupný transpozázou s vysokovýkonným sekvenovaním (ATAC-seq)
ATAC-seq je vysokovýkonná sekvenčná metóda na analýzu dostupnosti chromatínu v celom genóme, ktorá je dôležitá pre globálnu epigenetickú kontrolu génovej expresie.Sekvenčné adaptéry sú vložené do otvorených chromatínových oblastí hyperaktívnou Tn5 transpozázou.Po PCR amplifikácii sa vytvorí sekvenačná knižnica.Všetky otvorené chromatínové oblasti možno získať za špecifických časopriestorových podmienok, nielen obmedzených na väzbové miesta transkripčného faktora alebo určitú oblasť modifikovanú histónom.
-
Redukované zastúpenie bisulfitového sekvenovania (RRBS)
Výskum metylácie DNA bol vždy horúcou témou vo výskume chorôb a úzko súvisí s génovou expresiou a fenotypickými znakmi.RRBS je presná, efektívna a ekonomická metóda pre výskum metylácie DNA.Obohatenie oblastí promótora a CpG ostrovčekov enzymatickým štiepením (Msp I), v kombinácii s bisulfitovým sekvenovaním, poskytuje detekciu metylácie DNA s vysokým rozlíšením.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
