Sekvenovanie mRNA v plnej dĺžke - nanopór
Funkcie
● Zachytenie poly-A mRNA s následnou syntézou cDNA a prípravou knižnice
● Sekvenovanie transkriptov v plnej dĺžke
● Bioinformatická analýza založená na porovnaní s referenčným genómom
● Bioinformatická analýza zahŕňa nielen expresiu na úrovni génov a izoforiem, ale aj analýzu dlhých nenukleotidových RNA, génových fúzií, polyadenylácie a génovej štruktúry
Výhody služby
●Kvantifikácia expresie na úrovni izoforiem: umožňuje podrobnú a presnú analýzu expresie, odhaľuje zmeny, ktoré môžu byť maskované pri analýze celej génovej expresie
●Znížené nároky na dáta:V porovnaní so sekvenovaním novej generácie (NGS) vykazuje sekvenovanie nanopórov nižšie požiadavky na údaje, čo umožňuje dosiahnuť ekvivalentné úrovne saturácie kvantifikácie génovej expresie s menším množstvom údajov.
●Vyššia presnosť kvantifikácie expresiena úrovni génov aj izoforiem
●Identifikácia ďalších transkriptomických informáciíalternatívna polyadenylácia, fúzne gény a lcnRNA a ich cieľové gény
●Rozsiahle odborné znalostiNáš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti, keďže dokončil viac ako 850 projektov transkriptómov Nanopore v plnej dĺžke a spracoval viac ako 8 000 vzoriek.
●Popredajná podporaNáš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu a poskytuje 3-mesačný popredajný servis. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc s riešením problémov a stretnutia s otázkami a odpoveďami, na ktorých zodpovieme akékoľvek otázky týkajúce sa výsledkov.
Požiadavky na vzorky a dodanie
| Knižnica | Stratégia sekvencovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Obohatený poly A | Nanoporézny PromethION 48 | 6/12 GB | Priemerné skóre kvality: Q10 |
Požiadavky na vzorku:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na géli je viditeľná obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA. | Pre rastliny: RIN ≥ 7,0; Pre zvieratá: RIN ≥ 7,5; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; obmedzená alebo žiadna elevácia základnej čiary |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semeno: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
Srdce alebo črevo: 300 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy alebo koža: 1 g
● Článkonožce:
Hmyz: 6 g
Kôrovce: 300 mg
● Plná krv1 tuba
● Bunky: 106 bunky
Odporúčané dodanie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzorky: Skupina + replikácia, napr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vriec a uložiť do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA sa môžu sušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a prepravovať pri izbovej teplote.
Pracovný postup služby
Nukleotidy:
Dodávka vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Pracovný postup služby
Tkanivo:
Návrh experimentu
Dodávka vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
● Spracovanie surových údajov
● Identifikácia prepisu
● Alternatívne spájanie
● Kvantifikácia expresie na úrovni génov a izoforiem
● Analýza diferenciálnej expresie
● Anotácia a obohatenie funkcií (DEG a DET)
Analýza alternatívneho zostrihu
Alternatívna polyadenylačná analýza (APA)
Predikcia lncRNA
Anotácia nových génov
Zhlukovanie DET
Proteín-proteínové siete v DEG
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú služby sekvenovania mRNA v plnej dĺžke Nanopore od spoločnosti BMKGene, prostredníctvom kurátorsky vybranej kolekcie publikácií.
Gong, B. a kol. (2023) „Epigenetická a transkripčná aktivácia sekrečnej kinázy FAM20C ako onkogénu v glióme“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), str. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. a kol. (2023) „Sekvenovanie transkriptómu v plnej dĺžke lymfocytov reagujúcich na IFN-γ odhaľuje imunitnú odpoveď skreslenú Th1 u platesy (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. a kol. (2023) „Porovnávacia analýza metód sekvenovania RNA PacBio a ONT na identifikáciu jedu Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. a kol. (2023) „Nanosekvenčná analýza odhaľuje odlišnú funkčnú tendenciu medzi exozómami a mikrovezikulami odvodenými z hUMSC“, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), str. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
