Celovečerný sekvencing-nanopore
Funkcie
● Zachytenie poly-A mRNA, po ktorej nasleduje syntéza cDNA a príprava knižnice
● Sekvenovanie transkriptov v celej dĺžke
● Bioinformatická analýza založená na vyrovnaní s referenčným genómom
● Bioinformatická analýza zahŕňa nielen expresiu pri génovej a izoformnej úrovni, ale aj analýzy lncRNA, génových fúzií, poly-adelovania a génovej štruktúry
Výhody
●Kvantifikácia expresie na úrovni izoformy: Povolenie podrobnej a presnej analýzy expresie, odhalenie zmeny, ktorá môže byť maskovaná pri analýze celej génovej expresie
●Znížené požiadavky na údaje:V porovnaní so sekvenovaním novej generácie (NGS), sekvenovanie nanopórov vykazuje nižšie požiadavky na dáta, čo umožňuje ekvivalentné hladiny saturácie kvantifikácie génovej expresie s menšími údajmi.
●Vyššia presnosť kvantifikácie expresie: na úrovni génu aj izoformy
●Identifikácia ďalších transkriptomických informácií: Alternatívna polyadenylácia, fúzne gény a lcnRNA a ich cieľové gény
●Rozsiahla odbornosť: Náš tím prináša každému projektu množstvo skúseností, keď dokončil viac ako 850 nanoporových prepisových projektov v celej dĺžke a spracoval viac ako 8 000 vzoriek.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím po predaji. Počas tejto doby ponúkame následné opatrenia projektu, pomoc pri riešení problémov a relácie otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok týkajúcich sa výsledkov.
Požiadavky a dodanie vzorky
| Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Poly A obohatený | Illumina PE150 | 6/12 GB | Priemerné skóre kvality: Q10 |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| Conc. (Ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínu alebo DNA znázornená na géli. | Pre rastliny: RIN≥7,0; Pre zvieratá: RIN≥7,5; 5,0≥28s/18s≥1,0; obmedzené alebo žiadne základné vyvýšenie |
● Rastliny:
Koreň, kmeň alebo okvetné lístky: 450 mg
List alebo semeno: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● zviera:
Srdce alebo črevo: 300 mg
Viscera alebo mozog: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy alebo pokožka: 1g
● Činníky:
Hmyz: 6g
Crustacea: 300 mg
● Celá krv: 1 trubica
● Bunky: 106 bunky
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná trubica (cínová fólia sa neodporúča)
Vzorové označovanie: skupina+replikujte EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky musia byť zabalené do vreckov a zakorenené v suchom ľade.
2. RNASLABLE TRUE: Vzorky RNA sa môžu vysušiť v RNA stabilizačnej trubici (napr. RNASTABLE®) a dodávané v teplote miestnosti.
Pracovný tok služieb
Nukleotidy:
Dodanie vzorky
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Pracovný tok služieb
Tkanivo:
Experimentálny návrh
Dodanie vzorky
Extrakcia RNA
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
● Spracovanie nespracovaných údajov
● Identifikácia prepisu
● Alternatívne zostrih
● Kvantifikácia expresie v hladine génov a izoformy
● Analýza diferenciálnej expresie
● Anotácia a obohatenie funkcií (stupnice a deta)
Analýza alternatívnej zostrihu
Alternatívna analýza polyadenylácie (APA)
predpoveď lncRNA
Anotácia nových génov
Zoskupovanie Dets
Siete proteín-proteín v stupni
Preskúmajte pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGene's Nanopore Cele-Dĺžka mRNA sekvenčných služieb prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Gong, B. a kol. (2023) „Epigenetická a transkripčná aktivácia sekrečnej kinázy FAM20C ako onkogén v glióme“, Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), s. 422–433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
On, Z. a kol. (2023) „Sekvenovanie transkriptómov s úplným dĺžkou lymfocytov reaguje na IFN-y odhaľuje imunitnú reakciu th1 v platene (Paralichthys Olivaceus)“, Immunológia rýb a mäkkýšov, 134, s. 108636. Doi: 10,016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. a kol. (2023) „Porovnávacia analýza metód sekvencovania sekvencovania PACBIO a ONT RNA pre identifikáciu nemipuma nomurai Venom“, Genomics, 115 (6), s. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. a kol. (2023) „Analýza nano-seq odhaľuje odlišnú funkčnú tendenciu medzi exozómami a mikrokvizkami odvodenými z Humsc“, výskumu a terapii kmeňových buniek, 14 (1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/Tabuľky/6.
