Plesňový genóm
Výhody služby
● Viacero sekvenčných stratégií dostupných pre rôzne výskumné ciele
● Skúsenosti so zostavovaním genómu húb s viac ako 10 000 zhromaždenými kompletnými genómami.
● Profesionálny tím technickej podpory po predaji, ktorý spĺňa špecifickejšie výskumné potreby.
Špecifikácie služby
| servis | Stratégia sekvenovania | Kvalita zaručená | Odhadovaný čas obratu |
| Hubová jemná mapa | Illumina 50X + Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 pracovných dní |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Plesňové pene-kompletná mapa | Illumina 50X + Nanopore 100X (Pacbio HiFi 30X) + Hi-C 100X | Pomer ukotvenia chromozómov > 90 % | 45 pracovných dní |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● Zostavenie genómu
● Analýza komponentov genómu
● Anotácia funkcie génu
● Porovnávacia genómová analýza
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
PreDNA extrakty:
| Typ vzorky | Suma | Koncentrácia | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 1,2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pre vzorky tkaniva:
| Typ vzorky | Odporúčaná úprava vzorky | Skladovanie a odoslanie vzorky |
| Jednobunková huba | Pozorujte kvasinky pod mikroskopom a zbierajte ich v exponenciálnej fáze Preneste kultúru (obsahujúcu približne 3-4,5e9 buniek) do 1,5 alebo 2 ml eppendorfky.(Nechajte na ľade) Odstreďujte skúmavku 1 minútu pri 14 000 g, aby ste zhromaždili baktérie a opatrne odstráňte supernatant Skúmavku uzavrite a baktérie zmrazte v tekutom dusíku aspoň na 1-3 hodiny.Skúmavku skladujte v chladničke -80 ℃. | Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v tekutom dusíku alebo -80 stupňov pre dlhodobú rezerváciu.Vyžaduje sa odoslanie vzorky so suchým ľadom. |
| Makro huba | Odporúča sa tkanivo vo fáze aktívneho rastu. Opláchnite tkanivo vodou bez endotoxínov, potom 70% etonalom. Uložte vzorku do kryoskúmaviek. |
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
1.Circos diagram na genómových komponentoch húb
2. Porovnávacia genomická analýza: Fylogenetický strom
