Analýza asociácie celého genómu
Pracovný postup
Výhody služby
●Rozsiahle odborné a publikačné záznamy: s nahromadenými skúsenosťami v GWAS, BMKGene dokončila stovky druhov projektov v populačnom GWAS výskume, pomohla výskumníkom publikovať viac ako 100 článkov a kumulatívny dopadový faktor dosiahol 500.
● Komplexná bioinformatická analýza: pracovný postup zahŕňa analýzu asociácie znakov SNP, ktorá poskytuje súbor kandidátskych génov a ich zodpovedajúcu funkčnú anotáciu.
●Vysoko kvalifikovaný tím bioinformatiky a krátky cyklus analýzy: s veľkými skúsenosťami s pokročilou genomickou analýzou poskytuje tím BMKGene komplexné analýzy s rýchlym obratom.
●Podpora po predaji:Náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Špecifikácie a požiadavky služby
| Typ sekvenovania | Odporúčaná populačná škála | Stratégia sekvenovania | Požiadavky na nukleotidy |
| Sekvenovanie celého genómu | 200 vzoriek | 10x | Koncentrácia: ≥ 1 ng/ul Celkové množstvo ≥ 30 ng Obmedzená alebo žiadna degradácia alebo kontaminácia |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Hĺbka štítku: 10x Počet značiek: < 400 Mb: Odporúča sa WGS < 1 Gb: 100 000 značiek 1 Gb > 2 Gb: 300 000 značiek Maximálne 500 000 značiek | Koncentrácia ≥ 5 ng/µl Celkové množstvo ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarózový gél: žiadna alebo obmedzená degradácia alebo kontaminácia
|
Výber materiálu
Rôzne odrody, poddruhy, krajové rasy / génové banky / zmiešané rodiny / divoké zdroje
Rôzne odrody, poddruhy, krajinné rasy
Rodina polovičného súrodenca/rodina úplného súrodenca/divoké zdroje
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
- Analýza asociácie celého genómu: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Funkčná anotácia kandidátskych génov
Analýza asociácie vlastností SNP – graf Manhattan
Analýza asociácie vlastností SNP – graf QQ
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú služby BMKGene de GWAS prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií:
Lv, L. a kol. (2023) „Pohľad do genetického základu tolerancie k amoniaku u škeble Sinonovacula constricta prostredníctvom celogenómovej asociačnej štúdie“,Akvakultúra, 569, s. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. a kol. (2022) „Multiomické analýzy 398 prírastkov prosa líškového odhaľujú genómové oblasti spojené s domestikáciou, vlastnosťami metabolitov a protizápalovými účinkami“,Molekulárna rastlina, 15(8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. a kol. (2022) „Genome-Wide Association mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drough Environment“,Hranice vo vede o rastlinách, 13, str. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. a kol. (2021) 'GmST1, ktorý kóduje sulfotransferázu, prepožičiava odolnosť voči kmeňom vírusu sójovej mozaiky G2 a G3',Rastlina, bunka a prostredie, 44(8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
