Analýza asociácie v celom genóme
Pracovný postup
Výhody služby
●Rozsiahle odborné znalosti a publikačné záznamyVďaka nahromadeným skúsenostiam v oblasti GWAS spoločnosť BMKGene dokončila stovky druhových projektov v oblasti výskumu populačných GWAS, pomohla výskumníkom publikovať viac ako 100 článkov a kumulatívny impakt faktor dosiahol 500.
● Komplexná bioinformatická analýzaPracovný postup zahŕňa analýzu asociácie SNP-znakov, poskytovanie súboru kandidátskych génov a ich zodpovedajúcej funkčnej anotácie.
●Vysoko kvalifikovaný bioinformatický tím a krátky analytický cyklusVďaka rozsiahlym skúsenostiam v oblasti pokročilej genomickej analýzy poskytuje tím BMKGene komplexné analýzy s rýchlou dobou spracovania.
●Popredajná podpora:Náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu a poskytujeme 3-mesačný popredajný servis. Počas tohto obdobia ponúkame následnú podporu projektu, pomoc s riešením problémov a stretnutia s otázkami a odpoveďami, na ktorých zodpovieme všetky otázky týkajúce sa výsledkov.
Špecifikácie a požiadavky na služby
| Typ sekvenovania | Odporúčaná mierka populácie | Stratégia sekvencovania | Požiadavky na nukleotidy |
| Sekvenovanie celého genómu | 200 vzoriek | 10x | Koncentrácia: ≥ 1 ng/µl Celkové množstvo ≥ 30 ng Obmedzená alebo žiadna degradácia alebo kontaminácia |
| Špecificky lokusový amplifikovaný fragment (SLAF) | Hĺbka značky: 10x Počet značiek: < 400 Mb: Odporúča sa WGS < 1 GB: 100 000 značiek 1 GB > 2 GB: 300 000 značiek Maximálne 500 tisíc značiek | Koncentrácia ≥ 5 ng/µl Celkové množstvo ≥ 80 ng Nanokvapka OD260/280=1,6-2,5 Agarózový gél: žiadna alebo obmedzená degradácia alebo kontaminácia
|
Výber materiálu
Rôzne odrody, poddruhy, pôvodné odrody/génové banky/zmiešané čeľade/divokšie zdroje
Rôzne odrody, poddruhy, krajové odrody
Polovičná rodina/rodina plnohodnotných súrodencov/divoké zdroje
Pracovný postup služby
Návrh experimentu
Dodávka vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
- Analýza celogenómovej asociácie: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Funkčná anotácia kandidátskych génov
Analýza asociácie SNP-znakov – Manhattanov graf
Analýza asociácie SNP-znaku – QQ graf
Preskúmajte pokroky, ktoré umožnili služby de GWAS spoločnosti BMKGene, prostredníctvom kurátorsky vybranej kolekcie publikácií:
Lv, L. a kol. (2023) „Pozri genetický základ tolerancie na amoniak u ostnatca Sinonovacula constricta prostredníctvom celogenómovej asociačnej štúdie“,Akvakultúra, 569, s. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. a kol. (2022) „Multi-omické analýzy 398 exemplárov prosa líščeho chvosta odhaľujú genomické oblasti spojené s domestikáciou, metabolitovými vlastnosťami a protizápalovými účinkami“,Molekulárna rastlina, 15(8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. a kol. (2022) „Mapovanie celogenómových asociácií fenotypov Hulless Barely v prostredí sucha“,Hranice v rastlinnej vede, 13, s. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. a kol. (2021) „GmST1, ktorý kóduje sulfotransferázu, prepožičiava rezistenciu kmeňom G2 a G3 vírusu mozaiky sóje“,Rastlina, bunka a životné prostredie, 44(8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
