-
Rastlinné/živočíšne de novo sekvenovanie genómu
De novosekvenovanie sa týka konštrukcie celého genómu druhu pomocou sekvenčných technológií, napr. PacBio, Nanopore, NGS, atď., v neprítomnosti referenčného genómu.Pozoruhodné zlepšenie dĺžky čítania sekvenčných technológií tretej generácie prinieslo nové možnosti v zostavovaní zložitých genómov, ako sú genómy s vysokou heterozygotnosťou, vysokým pomerom repetitívnych oblastí, polyploidov atď. S dĺžkou čítania na úrovni desiatok kilobáz tieto sekvenčné čítania umožňujú rozlíšenie opakujúcich sa prvkov, oblastí s abnormálnym obsahom GC a iných vysoko komplexných oblastí.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Genome Assembly na báze Hi-C
Hi-C je metóda navrhnutá na zachytenie konfigurácie chromozómov kombináciou sondovania interakcií založených na blízkosti a vysoko výkonného sekvenovania.Predpokladá sa, že intenzita týchto interakcií negatívne koreluje s fyzickou vzdialenosťou na chromozómoch.Údaje Hi-C by preto mohli viesť klastrovanie, usporiadanie a orientáciu zostavených sekvencií v návrhu genómu a ich ukotvenie na určitý počet chromozómov.Táto technológia umožňuje zostavenie genómu na úrovni chromozómov pri absencii genetickej mapy založenej na populácii.Každý jeden genóm potrebuje Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolučná genetika
Evolučná genetika je komplexná sekvenčná služba určená na poskytovanie komplexnej interpretácie evolučných informácií daných materiálov na základe genetických variácií, vrátane SNP, InDels, SV a CNV.Poskytuje všetky základné analýzy potrebné na popis evolučných zmien a genetických vlastností populácií, ako je štruktúra populácie, genetická diverzita, fylogenézne vzťahy atď. Obsahuje tiež štúdie o toku génov, čo umožňuje odhad efektívnej veľkosti populácie, čas divergencie.
-
Porovnávacia genomika
Porovnávacia genomika doslova znamená porovnávanie kompletných genómových sekvencií a štruktúr rôznych druhov.Táto disciplína sa zameriava na odhalenie evolúcie druhov, génovej funkcie, génového regulačného mechanizmu na úrovni genómu identifikáciou sekvenčných štruktúr a prvkov, ktoré sa zachovali alebo sa diferencovali medzi rôznymi druhmi.Typická komparatívna genomická štúdia zahŕňa analýzy v génovej rodine, evolučnom vývoji, duplikácii celého genómu, selektívnom tlaku atď.
-
Hromadná segregačná analýza
Hromadná segregantná analýza (BSA) je technika používaná na rýchlu identifikáciu genetických markerov spojených s fenotypom.Hlavný pracovný postup BSA zahŕňa výber dvoch skupín jednotlivcov s extrémne protichodnými fenotypmi, spojenie DNA všetkých jednotlivcov, aby vytvorili dve veľké časti DNA, identifikovanie rozdielnych sekvencií medzi dvoma skupinami.Táto technika sa vo veľkej miere využíva pri identifikácii genetických markerov silne spojených s cielenými génmi v genómoch rastlín/zvierat.
