Dlhé nekódujúce sekvenovanie - Illumina
Výhody služby
●Spoločná analýza mRNA a lncRNAKombináciou kvantifikácie mRNA transkriptov so štúdiom lncRNA a ich cieľov je možné získať podrobný prehľad o regulačnom mechanizme, ktorý je základom bunkovej odpovede.
●Rozsiahle odborné znalostiSpracovali sme viac ako 230 000 vzoriek, ktoré pokrývali rôzne vzorky a ciele projektov. Do každého projektu prinášame bohaté odborné znalosti.
●Spoločná analýza mRNA a lncRNAKombinujeme kvantifikáciu mRNA transkriptov so štúdiom lncRNA a ich cieľov, čo umožňuje získať podrobný prehľad o regulačnom mechanizme, ktorý je základom bunkovej odpovede.
●Prísna kontrola kvalityZákladné kontrolné body implementujeme vo všetkých fázach, od prípravy vzoriek až po prípravu knižnice, sekvenovanie a bioinformatiku. Naše dôkladné monitorovanie zabezpečuje konzistentne vysoko kvalitné výsledky.
●Komplexná anotáciaNa funkčnú anotáciu diferencovane exprimovaných génov (DEG) a vykonávanie zodpovedajúcich analýz obohatenia používame viacero databáz. Tento komplexný prístup poskytuje prehľad o bunkových a molekulárnych procesoch, ktoré sú základom transkriptómovej odpovede, a zabezpečuje, že získate všetky možné informácie o údajoch z vášho experimentu.
●Popredajná podporaChápeme, aké dôležité je byť prítomný, a preto náš záväzok presahuje rámec dokončenia projektu a poskytujeme 3-mesačný popredajný servis. Počas tejto doby ponúkame sledovanie projektu, pomoc s riešením problémov a stretnutia s otázkami a odpoveďami, aby sme zodpovedali akékoľvek otázky týkajúce sa výsledkov.
Požiadavky na vzorky a dodanie
| Knižnica | Platforma | Odporúčané údaje | Kontrola kvality údajov |
| rRNA depletovaná smerová knižnica | Illumina PE150 | 10 – 16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | Množstvo (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na géli je viditeľná obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA. | RIN ≥ 6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; obmedzená alebo žiadna elevácia základnej čiary |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semeno: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
Srdce alebo črevo: 450 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy alebo koža: 1,5 g
● Článkonožce:
Hmyz: 9 g
Kôrovce: 450 mg
● Plná krv:2 skúmavky
● Bunky: 106 bunky
● Sérum a plazma6 ml
Odporúčané dodanie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzorky: Skupina + replikácia, napr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vriec a uložiť do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA sa môžu sušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a prepravovať pri izbovej teplote.
Pracovný postup služby
Návrh experimentu
Dodávka vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Bioinformatika
- Nespracované údaje
- Kontrola kvality údajov
- Zarovnanie genómu
- Štruktúra génu (alternatívne zostrihanie, optimalizácia štruktúry génu a predikcia nových génov)
- Kvantifikácia génovej expresie
- Analýza diferenciálnej expresie
- Anotácia a obohatenie DEG + Diferenciálne exprimované cieľové gény lncRNA
- Identifikácia prepisu
- Identifikácia lncRNA (konzervácia lncRNA a známa lncRNA)
- Predikcia cieľových génov lncRNA
- Kvantifikácia expresie lncRNA
- Spoločná analýza s údajmi mRNA
Analýza diferenciálnej génovej expresie (DEG)
Kvantifikácia expresie lncRNA – zhlukovanie
Obohatenie cieľových génov lncRNA
Analýza spoločnej polohy mRNA a lncRNA – Circos graf (stredný kruh je mRNA a vnútorný kruh je lncRNA)
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňujú sekvenčné služby lncRNA od spoločnosti BMKGene, prostredníctvom kurátorsky vybranej kolekcie publikácií.
Ji, H. a kol. (2020) „Identifikácia, funkčná predikcia a overenie kľúčovej lncRNA lncRNA súvisiacich so studeným stresom v pečeni potkanov“,Vedecké správy2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. a kol. (2021) „Integračná transkriptomická analýza odhaľuje imunitný mechanizmus kmeňa kapra obyčajného rezistentného voči CyHV-3“,Hranice imunológie, 12, str. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ a kol. (2022) „Prioritizácia konkurenčných endogénnych RNA regulačných sietí založená na integrácii viacerých omík pri malobunkovom karcinóme pľúc: Molekulárne charakteristiky a kandidáti na liečivá“,Hranice v onkológii, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. a kol. (2020) „Genetická disekcia siete génovej koexpresie, ktorá je základom fotosyntézy u Populus“,Časopis o rastlinnej biotechnológii, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. a kol. (2022) „Globálna regulačná sieť pre dysregulovanú génovú expresiu a abnormálnu metabolickú signalizáciu v imunitných bunkách v mikroprostredí Gravesovej choroby a Hashimotovej tyreoiditídy“,Hranice imunológie, 13, str. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
