Long Non-coding Sequencing-Illumina
Výhody služby
●Spoločná analýza mRNA a lncRNA: kombináciou kvantifikácie transkriptov mRNA so štúdiom lncRNA a ich cieľov je možné získať hĺbkový prehľad o regulačnom mechanizme, ktorý je základom bunkovej odpovede.
●Rozsiahla odbornosť: Náš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti so záznamom spracovania viac ako 23 000 vzoriek v BMK zahŕňajúcich rôzne typy vzoriek a projekty lncRNA.
●Prísna kontrola kvality: Implementujeme základné kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice až po sekvenovanie a bioinformatiku. Toto starostlivé monitorovanie zaisťuje neustále vysokokvalitné výsledky.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu. Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami.
Vzorové požiadavky a doručenie
| Knižnica | Platforma | Odporúčané údaje | Dáta QC |
| smerová knižnica s vyčerpanou rRNA | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30 ≥ 85 % |
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množstvo (μg) | Čistota | bezúhonnosť |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli. | RIN > 6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; obmedzená alebo žiadna základná elevácia |
● Rastliny:
Koreň, stonka alebo okvetný lístok: 450 mg
List alebo semená: 300 mg
Ovocie: 1,2 g
● Zviera:
Srdce alebo črevo: 450 mg
Vnútornosti alebo mozog: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy alebo koža: 1,5 g
● Článkonožce:
Hmyz: 9 g
Kôrovce: 450 mg
● Plná krv:2 trubice
● Bunky: 106 bunky
● Sérum a plazma: 6 ml
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásielka:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vrecúšok a zakopať do suchého ľadu.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA možno vysušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a odoslať pri izbovej teplote.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Bioinformatika
Analýza diferenciálnej génovej expresie (DEGs).
Kvantifikácia expresie lncRNA – zhlukovanie
Obohatenie cieľových génov lncRNA
Analýza polohy spoločnej mRNA a lncRNA – graf Circos (stredný kruh je mRNA a vnútorný kruh je lncRNA)
Preskúmajte pokroky, ktoré uľahčujú sekvenčné služby lncRNA BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Ji, H. a kol. (2020) „Identifikácia, funkčná predikcia a kľúčové overenie lncRNA lncRNA súvisiacich so studeným stresom v pečeni potkanov“, Vedecké správy 2020 10: 1, 10 (1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. a kol. (2021) „Integratívna transkriptomická analýza odhaľuje imunitný mechanizmus pre CyHV-3-rezistentný kmeň kapra obyčajného“, Frontiers in Immunology, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ a kol. (2022) „Uprednostňovanie konkurenčných endogénnych regulačných sietí endogénnej RNA pri malobunkovom karcinóme pľúc na základe integrácie multiomiksov: Molekulárne charakteristiky a kandidáti na lieky“, Frontiers in Oncology, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. a kol. (2020) 'Genetická disekcia siete génovej koexpresie, ktorá je základom fotosyntézy v Populus', Plant Biotechnology Journal, 18 (4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. a kol. (2022) „Globálna regulačná sieť pre dysregulovanú génovú expresiu a abnormálnu metabolickú signalizáciu v imunitných bunkách v mikroprostredí Gravesovej choroby a Hashimotovej tyroiditídy“, Frontiers in Immunology, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
