mRNA-sekvenovanie (NGS) – De novo

Sekvenovanie mRNA umožňuje profilovanie všetkých transkriptov mRNA v bunkách za špecifických podmienok a je široko používanou technológiou v rôznych oblastiach výskumu. Proces BMKCloud De novo mRNA-seq je navrhnutý na analýzu sekvenčných knižníc obohatených poly-A, keď nie je k dispozícii žiadny referenčný genóm. Proces začína kontrolou kvality, po ktorej nasledujede novozostavenie transkriptu a výber sady unigénov. Analýza štruktúry unigénov predpovedá kódujúcu sekvenciu (CDS) a jednoduché sekvenčné opakovania (SSR). Následne analýza diferenciálnej expresie nájde diferencovane exprimované gény (DEG) medzi testovanými podmienkami, po čom nasleduje funkčná anotácia a obohatenie DEG s cieľom získať biologické poznatky.