Produkty

Nereferenčné sekvenovanie mRNA-Illumina

Nereferenčný obrázok sekvenovania mRNA - Illumina

Sekvenovanie mRNA využíva techniku sekvenovania novej generácie (NGS) na zachytenie messengerovej RNA (mRNA) z eukaryota v špecifickom období, ktoré aktivujú niektoré špeciálne funkcie.Najdlhší zostrihaný transkript sa nazval „Unigene“ a použil sa ako referenčná sekvencia pre následnú analýzu, čo je účinný prostriedok na štúdium molekulárneho mechanizmu a regulačnej siete druhu bez referencie.

Po zostavení transkriptómových údajov a unigénnej funkčnej anotácii

(1) Vykoná sa analýza SSR, predikcia CDS a génová štruktúra.

(2) Vykoná sa kvantifikácia unigénovej expresie v každej vzorke.

(3) Rozdielne exprimované unigény medzi vzorkami (alebo skupinami) budú objavené na základe unigénovej expresie

(4)Uskutoční sa klastrovanie, funkčná anotácia a analýza obohatenia rozdielne exprimovaných unigénov

Kontaktuj nás

Podrobnosti o službe

Bioinformatika

Demo výsledky

Prípadová štúdia

Vlastnosti

● Nezávislé od akéhokoľvek referenčného genómu,

● Údaje by sa mohli použiť na analýzu štruktúry a vyjadrenia prepisov

● Identifikujte rôzne miesta orezania

Výhody služby

● Doručovanie výsledkov na báze BMKCloud: Výsledky sú dodávané ako dátový súbor a interaktívna správa prostredníctvom platformy BMKCloud, ktorá umožňuje užívateľsky príjemné čítanie výstupov komplexnej analýzy a prispôsobené dolovanie údajov na základe štandardnej bioinformatickej analýzy.

● Popredajné služby: Popredajné služby platné 3 mesiace po dokončení projektu, vrátane sledovania projektu, odstraňovania problémov, otázok a odpovedí na výsledky atď.

Vzorové požiadavky a doručenie

Vzorové požiadavky:

Nukleotidy:

Konc. (ng/μl)

množstvo (μg)

Čistota

bezúhonnosť

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli.

Pre rastliny: RIN≥6,5;

Pre zvieratá: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

obmedzená alebo žiadna základná elevácia

Tkanivo: Hmotnosť (suché): ≥1 g
*Pre tkanivo menšie ako 5 mg odporúčame zaslať bleskovo zmrazenú (v tekutom dusíku) vzorku tkaniva.

Bunková suspenzia: Počet buniek = 3 x 10⁷
*Odporúčame zaslať zmrazený bunkový lyzát.V prípade, že počet buniek je menší ako 5×10⁵, odporúča sa rýchle zmrazenie v tekutom dusíku.

Vzorky krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzolu a 2 ml krvi (TRIzol: Krv = 3:1)

Odporúčané doručenie vzorky

Nádoba:
2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Náklad:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vriec a pochovať v suchom ľade.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA možno vysušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a odoslať pri izbovej teplote.

Tok servisných prác

Dizajn experimentu

Doručenie vzorky

Extrakcia RNA

Výstavba knižnice

Sekvenovanie

Analýza dát

Popredajné služby

Predchádzajúce: Dlhé nekódujúce sekvenovanie - Illumina

Ďalšie: Sekvenovanie eukaryotickej mRNA - Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Princíp zostavovania

Podľa Trinity sú čítania rozdelené na menšie kúsky, známe ako K-mer.Tieto K-méry sa potom použijú ako zárodky, ktoré sa rozšíria na kontigy a potom na zložky na základe prekrývania kontigov.Nakoniec sa tu použil De Bruijn na rozpoznanie prepisov v komponentoch.

mRNA-(De-novo)-Prehľad-of-Trinity

mRNA (De novo) Prehľad Trinity

2. mRNA (De novo) Distribúcia úrovne génovej expresie

RNA-Seq je schopný dosiahnuť vysoko citlivý odhad génovej expresie.Normálne sa detegovateľný rozsah expresie transkriptov FPKM pohybuje od 10^-2 do 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribúcia-FPKM-hustoty-v-každej-vzorke

mRNA (De novo) Distribúcia hustoty FPKM v každej vzorke

3. mRNA (de novo) GO analýza obohatenia stupňov

Databáza GO (Gene Ontology) je štruktúrovaný biologický anotačný systém obsahujúci štandardný slovník funkcií génov a génových produktov.Obsahuje viacero úrovní, pričom čím je úroveň nižšia, tým sú funkcie špecifickejšie.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-na-second-level

mRNA (De novo) GO klasifikácia DEG na druhej úrovni

Prípad BMK

Transkriptómová analýza metabolizmu sacharózy počas opuchu a vývoja cibule (Allium cepa L.)

Publikovaný: hranice vo vede o rastlinách，2016

Stratégia sekvenovania

Illumina HiSeq2500

Zbierka vzoriek

V tejto štúdii bol použitý kultivar Utah Yellow Sweet Spain „Y1351“.Počet odobratých vzoriek bol
15. deň po opuchnutí (DAS) bulbu (priemer 2 cm a hmotnosť 3–4 g), 30. deň po napučaní (priemer 5 cm a hmotnosť 100–110 g) a ~3 deň po 40. dni (priemer 7 cm a 260 – 300 gramov).

Kľúčové výsledky

1. vo Vennovom diagrame bolo detekovaných celkovo 146 stupňov vo všetkých troch pároch vývojových štádií
2.„Prenos a metabolizmus uhľohydrátov“ predstavovalo iba 585 unigénov (tj 7% anotovaných COG).
3. Unigenes úspešne anotované do databázy GO boli rozdelené do troch hlavných kategórií pre tri rôzne štádiá vývoja žiaroviek.Najviac zastúpené v hlavnej kategórii „biologický proces“ boli „metabolický proces“, po ktorom nasledoval „bunkový proces“.V hlavnej kategórii „molekulárna funkcia“ boli najviac zastúpené dve kategórie „väzba“ a „katalytická aktivita“.

PB-celá dĺžka-RNA-sekvenovanie-prípadová štúdia

Histogram klasifikácie zhlukov ortologických skupín (COG).

Histogram klasifikácie génovej ontológie (GO) pre unigény odvodené z cibúľ v troch vývojových štádiách

Vennov diagram znázorňujúci gény odlišne exprimované v akýchkoľvek dvoch štádiách vývoja cibule

Odkaz

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, a kol.Transkriptómová analýza metabolizmu sacharózy počas napučiavania a vývoja cibule (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425