Rastlinné/zvieracie De Novo genómové sekvenovanie
Výhody služby
Vývoj sekvenačných platforiem a bioinformatiky v rde novozostavenie genómu
(Amarasinghe SL a kol.,biológia genómu, 2020)
● Konštrukcia nových genómov a zlepšenie existujúcich referenčných genómov pre záujmové druhy.
● Vyššia presnosť, nadväznosť a kompletnosť montáže
● Vytvorenie základného zdroja pre výskum sekvenčného polymorfizmu, QTL, génovej úpravy, šľachtenia atď.
● Vybavené celým spektrom sekvenčných platforiem tretej generácie: riešenie zostavovania genómu na jednom mieste
● Flexibilné stratégie sekvenovania a zostavovania, ktoré spĺňajú rôzne genómy s rôznymi vlastnosťami
● Vysoko kvalifikovaný bioinformatický tím s veľkými skúsenosťami s komplexnými genómovými zostavami, vrátane polyploidov, obrovských genómov atď.
● Viac ako 100 úspešných prípadov s kumulatívnym publikovaným faktorom dopadu nad 900
● Doba obratu už za 3 mesiace na zostavenie genómu na úrovni chromozómov.
● Solídna technická podpora s radom patentov a autorských práv na softvér v experimentálnej aj bioinformatike.
Špecifikácie služby
|
Obsah
|
Plošina
|
Prečítajte si Dĺžka
|
Pokrytie
|
| Prieskum genómu
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Sekvenovanie genómu
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi čítanie
| ≥ 30X
|
| Ahoj-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Pracovný tok
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
| Druhy | Tkanivo | Pre PacBio | Pre Nanopore |
| Zvieratá | Viscerálne orgány (pečeň, slezina atď.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Svalovina | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Krv cicavcov | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Krv rýb alebo vtákov | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Rastliny | Čerstvé listy | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Okvetný lístok alebo stonka | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Korene alebo semená | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Bunky | Bunková kultúra | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Pri väčšine vzoriek odporúčame nekonzervovať v etanole.
Označenie vzoriek: Vzorky musia byť jasne označené a identické s odoslaným formulárom informácií o vzorke.
Zásielka: Suchý ľad: Vzorky je potrebné najskôr zabaliť do vriec a pochovať v suchom ľade.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia DNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
* Tu zobrazené ukážkové výsledky sú všetky z genómov publikovaných spoločnosťou Biomarker Technologies
1.Circos na chromozómovej úrovni zostavy genómuG. rotundifoliumsekvenčnou platformou Nanopore
Wang M a kol.,Molekulárna biológia a evolúcia, 2021
2. Štatistika zostavenia genómu raže Weining a anotácia
Li G a kol.,Prírodná genetika, 2021
3. Predikcia génovSechium edulegenóm, odvodený z troch predikčných metód:De novopredikcia, predikcia založená na homologii a predikcia založená na údajoch RNA-Seq
Fu A a kol.,Záhradnícky výskum, 2021
4. Identifikácia neporušených dlhých terminálnych opakovaní v troch genómoch bavlny
Wang M a kol.,Molekulárna biológia a evolúcia, 2021
5.Hi-C tepelná mapaC. acuminatagenómu vykazujúceho interakcie všetkých od všetkých v rámci celého genómu.Intenzita Hi-C interakcií je úmerná lineárnej vzdialenosti medzi kontigmi.Čistá priamka na tejto tepelnej mape naznačuje vysoko presné ukotvenie kontigov na chromozómoch.(Pomer ukotvenia Contig: 96,03 %)
kang M a spol.,Nature Communications,2021
Prípad BMK
Vysokokvalitná zostava genómu zvýrazňuje genómové vlastnosti raže a agronomicky dôležité gény
Publikovaný: Prírodná genetika, 2021
Stratégia sekvenovania:
Zostava genómu: režim PacBio CLR s 20 kb knižnicou (497 Gb, približne 63×)
Korekcia sekvencie: NGS s 270 bp DNA knižnicou (430 Gb, približne 54×) na platforme Illumina
Ukotvenie Contigs: Hi-C knižnica (560 Gb, približne 71×) na platforme Illumina
Optická mapa: (779,55 Gb, približne 99×) na Bionano Irys
Kľúčové výsledky
1. Bol publikovaný súbor genómu raže Weining s celkovou veľkosťou genómu 7,74 Gb (98,74 % odhadnutej veľkosti genómu prietokovou cytometriou).Lešenie N50 tejto zostavy dosiahlo 1,04 Gb.93,67 % kontigov bolo úspešne ukotvených na 7 pseudo-chromozómoch.Táto zostava bola hodnotená väzbovou mapou, LAI a BUSCO, čo prinieslo vysoké skóre vo všetkých hodnoteniach.
2. Na základe tohto genómu sa uskutočnili ďalšie štúdie o komparatívnej genomike, mape genetických väzieb a transkriptomických štúdiách.Bola odhalená séria genómových vlastností súvisiacich so znakmi, vrátane génových duplikácií v celom genóme a ich vplyvu na gény biosyntézy škrobu;fyzická organizácia komplexných lokusov prolamínu, znaky génovej expresie, ktoré sú základom skorej hlavovej črty a predpokladané chromozomálne oblasti a lokusy v raži spojené s domestikáciou.
 Circos diagram o genómových vlastnostiach genómu raže Weining |  Evolučné analýzy a analýzy chromozómovej syntézy genómu raže |
Li, G., Wang, L., Yang, J.a kol.Vysokokvalitná zostava genómu zvýrazňuje genómové vlastnosti raže a agronomicky dôležité gény.Nat Genet 53,574 – 584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
