-
Sekvenovanie amplikónov PacBio v plnej dĺžke 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinutá na základe dlhoročných skúseností v oblasti analýzy projektov mikrobiálnej diverzity a obsahuje štandardizovanú základnú analýzu a personalizovanú analýzu: základná analýza pokrýva hlavný obsah analýzy súčasného mikrobiálneho výskumu, obsah analýzy je bohatý a komplexný a výsledky analýzy sú prezentované vo forme projektových správ; obsah personalizovanej analýzy je rozmanitý. Vzorky je možné vyberať a parametre je možné flexibilne nastaviť podľa základnej analytickej správy a účelu výskumu, aby sa splnili personalizované požiadavky. Operačný systém Windows, jednoduchý a rýchly.
-
PacBio-Transkriptóm plnej dĺžky (nereferenčný)
Táto aplikácia dokáže na základe údajov zo sekvenovania izoforiem od spoločnosti Pacific Biosciences (PacBio) identifikovať transkriptové sekvencie v plnej dĺžke (bez zostavovania). Mapovaním sekvencií v plnej dĺžke oproti referenčnému genómu je možné transkripty optimalizovať pomocou známych génov, transkriptov, kódujúcich oblastí atď. V tomto prípade je možné dosiahnuť presnejšiu identifikáciu štruktúr mRNA, ako je alternatívny zostrih atď. Spoločná analýza s údajmi zo sekvenovania transkriptómu NGS umožňuje komplexnejšiu anotáciu a presnejšiu kvantifikáciu expresie na úrovni transkriptu, čo do značnej miery prospieva následnej diferenciálnej expresii a funkčnej analýze.
-
Sady nástrojov
BMKCloud je popredná bioinformatická platforma poskytujúca komplexné riešenie pre genomické programy, ktorej dôverujú výskumníci v rôznych oblastiach vrátane medicíny, poľnohospodárstva, životného prostredia atď. BMKCloud sa zaväzuje poskytovať integrované, spoľahlivé a efektívne služby vrátane platforiem a nástrojov pre bioinformatickú analýzu, výpočtových zdrojov, verejných databáz, online kurzov bioinformatiky atď. BMKCloud má rôzne často používané bioinformatické nástroje vrátane anotácie génov, evolučných genetických nástrojov, ncRNA, kontroly kvality údajov, zostavovania, zarovnávania, extrakcie údajov, mutácií, štatistík, generátora obrázkov, sekvenčnej analýzy atď.
-
Malá RNA
Malé RNA sú typom krátkych nekódujúcich RNA s priemernou dĺžkou 18 – 30 nt, vrátane miRNA, siRNA a piRNA. Bolo masívne hlásené, že tieto malé RNA sa podieľajú na rôznych biologických procesoch, ako je degradácia mRNA, inhibícia translácie, tvorba heterochromatínu atď. Analýza sekvenovania malých RNA sa široko používa v štúdiách vývoja zvierat/rastlín, chorôb, vírusov atď. Platforma pre analýzu sekvenovania malých RNA pozostáva zo štandardnej analýzy a pokročilého dolovania dát. Na základe údajov RNA-seq môže štandardná analýza dosiahnuť identifikáciu a predikciu miRNA, predikciu cieľových génov miRNA, anotáciu a analýzu expresie. Pokročilá analýza umožňuje prispôsobené vyhľadávanie a extrakciu miRNA, generovanie Vennovho diagramu, budovanie siete miRNA a cieľových génov.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma na analýzu celého genómu, ktorá je vyvinutá na základe bohatých skúseností v oblasti technológií biomarkerov. Táto ľahko použiteľná platforma umožňuje rýchle odoslanie integrovaného analytického pracovného postupu jednoduchým nastavením niekoľkých základných parametrov, ktoré sú vhodné pre dáta sekvenovania DNA generované z platformy Illumina aj sekvenčnej platformy BGI. Táto platforma je nasadená na vysokovýkonnom výpočtovom serveri, ktorý umožňuje vysoko efektívnu analýzu dát vo veľmi obmedzenom čase. Personalizovaná dolovanie dát je k dispozícii na základe štandardnej analýzy, vrátane dotazovania mutovaných génov, návrhu PCR primerov atď.
-
mRNA (referencia)
Transkriptóm je spojnicou medzi genomickou genetickou informáciou a proteómom biologickej funkcie. Regulácia na transkripčnej úrovni je najdôležitejším a najštudovanejším regulačným spôsobom organizmov. Sekvenovanie transkriptómu dokáže sekvenovať transkriptóm v ktoromkoľvek časovom okamihu alebo za akýchkoľvek podmienok s rozlíšením presným na jeden nukleotid. Dokáže dynamicky odrážať úroveň génovej transkripcie, súčasne identifikovať a kvantifikovať zriedkavé a normálne transkripty a poskytovať štrukturálne informácie o transkriptoch špecifických pre danú vzorku.
V súčasnosti sa technológia sekvenovania transkriptómov široko používa v agronómii, medicíne a iných oblastiach výskumu, vrátane regulácie vývoja živočíchov a rastlín, adaptácie na prostredie, imunitnej interakcie, lokalizácie génov, genetickej evolúcie druhov a detekcie nádorov a genetických ochorení.
-
Metagenomika (NGS)
Táto analytická platforma je navrhnutá pre analýzu metagenomických dát shotgun na základe dlhoročných skúseností. Pozostáva z integrovaného pracovného postupu, ktorý obsahuje rôzne bežne potrebné metagenomické analýzy vrátane spracovania dát, štúdií na úrovni druhov, štúdií na úrovni génových funkcií, metagenómového binningu atď. Okrem toho sú k dispozícii prispôsobené nástroje na dolovanie dát v rámci štandardného analytického pracovného postupu, vrátane dotazovania génov a druhov, nastavenia parametrov, generovania personalizovaných čísel atď.
-
LncRNA
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú typom transkriptov s dĺžkou dlhšou ako 200 nt, ktoré nie sú schopné kódovať proteíny. Kumulatívne dôkazy naznačujú, že väčšina lncRNA je s najväčšou pravdepodobnosťou funkčná. Vysokokapacitné sekvenčné technológie a bioinformatické analytické nástroje nám umožňujú efektívnejšie odhaľovať sekvencie lncRNA a informácie o polohe a vedú nás k objavovaniu lncRNA s kľúčovými regulačnými funkciami. BMKCloud s hrdosťou poskytuje svojim zákazníkom platformu na analýzu sekvenovania lncRNA, aby sa dosiahla rýchla, spoľahlivá a flexibilná analýza lncRNA.
-
GWAS
Celogenómová asociačná štúdia (GWAS) sa zameriava na identifikáciu genetických variantov (genotypov), ktoré sú spojené so špecifickými znakmi (fenotypmi). Štúdie GWA skúmajú genetické markery naprieč celým genómom veľkého počtu jedincov a predpovedajú asociácie genotyp-fenotyp pomocou štatistickej analýzy na úrovni populácie. Celogenómové resekvenovanie môže potenciálne odhaliť všetky genetické varianty. V spojení s fenotypovými údajmi je možné GWAS spracovať na identifikáciu SNP, QTL a kandidátskych génov súvisiacich s fenotypom, čo silne podporuje moderný šľachtenie zvierat/rastlín. SLAF je samostatne vyvinutá zjednodušená stratégia sekvenovania genómu, ktorá objavuje celogenómové distribuované markery, SNP. Tieto SNP, ako molekulárne genetické markery, je možné spracovať pre asociačné štúdie s cieľovými znakmi. Je to nákladovo efektívna stratégia pri identifikácii komplexných znakov spojených s genetickými variáciami.
-
Nanopore transkriptomika plnej dĺžky
Komplexné a variabilné alternatívne izoformy v organizmoch sú dôležitými genetickými mechanizmami pre reguláciu génovej expresie a diverzity proteínov. Presná identifikácia štruktúr transkriptov je základom pre hĺbkové štúdium vzorcov regulácie génovej expresie. Platforma sekvenovania Nanopore úspešne posunula transkriptomické štúdie na úroveň izoforiem. Táto analytická platforma je navrhnutá na analýzu údajov RNA-Seq generovaných na platforme Nanopore na základe referenčného genómu, čím sa dosahujú kvalitatívne aj kvantitatívne analýzy na úrovni génov aj transkriptov.
-
circ-RNA
Kruhová RNA (circRNA) je typ nekódujúcej RNA, o ktorej sa nedávno zistilo, že hrá dôležitú úlohu v regulačných sieťach zapojených do vývoja, odolnosti voči prostrediu atď. Na rozdiel od lineárnych molekúl RNA, napr. mRNA, lncRNA, sú 3' a 5' konce circRNA spojené a tvoria kruhovú štruktúru, ktorá ich chráni pred trávením exonukleázou a je stabilnejšia ako väčšina lineárnych RNA. Zistilo sa, že CircRNA má rôzne funkcie pri regulácii génovej expresie. CircRNA môže fungovať ako ceRNA, ktorá sa kompetitívne viaže na miRNA, známa ako miRNA špongia. Platforma pre sekvenčnú analýzu CircRNA umožňuje analýzu štruktúry a expresie circRNA, predikciu cieľov a spoločnú analýzu s inými typmi molekúl RNA.
-
BSA
Platforma pre hromadnú segregačnú analýzu pozostáva z jednokrokovej štandardnej analýzy a pokročilej analýzy s prispôsobeným nastavením parametrov. BSA je technika používaná na rýchlu identifikáciu genetických markerov asociovaných s fenotypom. Hlavný pracovný postup BSA zahŕňa: 1. výber dvoch skupín jedincov s extrémne odlišnými fenotypmi; 2. zlúčenie DNA, RNA alebo SLAF-seq (vyvinuté spoločnosťou Biomarker) všetkých jedincov za účelom vytvorenia dvoch skupín DNA; 3. identifikáciu diferenciálnych sekvencií oproti referenčnému genómu alebo medzi nimi, 4. predpovedanie kandidátskych prepojených oblastí pomocou algoritmu ED a SNP-index; 5. Funkčná analýza a obohatenie génov v kandidátskych oblastiach atď. K dispozícii je aj pokročilejšia dolovanie údajov vrátane skríningu genetických markerov a návrhu primerov.
-
Amplikón (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinutá na základe dlhoročných skúseností v oblasti analýzy projektov mikrobiálnej diverzity a obsahuje štandardizovanú základnú analýzu a personalizovanú analýzu: základná analýza pokrýva hlavný obsah analýzy súčasného mikrobiálneho výskumu, obsah analýzy je bohatý a komplexný a výsledky analýzy sú prezentované vo forme projektových správ; obsah personalizovanej analýzy je rozmanitý. Vzorky je možné vyberať a parametre je možné flexibilne nastaviť podľa základnej analytickej správy a účelu výskumu, aby sa splnili personalizované požiadavky. Operačný systém Windows, jednoduchý a rýchly.
