Produkty

Sekvenovanie prokaryotickej RNA

Odporúčaný obrázok sekvenovania prokaryotickej RNA

Sekvenovanie prokaryotickej RNA využíva sekvenovanie novej generácie (NGS) na odhalenie prítomnosti a množstva RNA v danom momente analýzou meniaceho sa bunkového transkriptómu.Sekvenovanie prokaryotickej RNA našej spoločnosti sa špecificky zameriava na prokaryoty s referenčnými genómami, poskytuje vám profilovanie transkriptómov, analýzu štruktúry génov atď. Široko sa používa v základnom vedeckom výskume, výskume a vývoji liekov a podobne.

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq

Kontaktuj nás

Podrobnosti o službe

Špecifikácie služby

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq, PE150

Typ knižnice: 350bp inzert cDNA knižnica (závisí od distribúcie vrcholov)

Stratégia sekvenovania: Paired-End 150 bp

Odporúčané množstvo dát: 2 Gb nespracované dáta/vzorka

Bioinformatika

(1) Kontrola kvality sekvenčných údajov: distribúcia nukleotidov, distribúcia základnej kvality, hodnotenie pomeru rRNA;

(2) Analýza zoradenia sekvencií: štatistika výsledkov zoradenia, saturácia sekvenovania, pokrytie sekvenovania;

(3) anotácia referenčného genómu (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analýza expresie: Distribúcia expresie (s dvoma alebo viacerými vzorkami), analýza expresie medzi vzorkami (Vennova analýza, korelačná analýza, PCA analýza);

(5) Analýza diferenciálnej expresie (s dvoma alebo viacerými vzorkami);

(6) Analýza súboru génov: Vennova analýza, klastrová analýza, analýza anotácie funkcií (COG, GO, KEGG), analýza obohatenia funkcie (GO, KEGG), chordálny graf obohatenia funkcie, analýza Ipath;

(7) analýza sRNA: predikcia sRNA, anotácia sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predikcia sekundárnej štruktúry sRNA, predikcia cieľového génu sRNA;

(8) Analýza štruktúry transkriptu: Operónová analýza, predikcia miesta začiatku a konca transkripcie, anotácia a analýza UTR, predikcia sekvencie promótora, analýza SNP/InDel (anotácia SNP/InDel, regionálna distribúcia SNP/InDel, štatistika SNP).