-
Sekvenovanie mRNA plnej dĺžky - Nanopore
Sekvenovanie RNA bolo neoceniteľným nástrojom pre komplexnú analýzu transkriptómov.Tradičné sekvenovanie krátkeho čítania tu nepochybne dosiahlo početný dôležitý vývoj.Napriek tomu sa často stretáva s obmedzeniami v identifikácii izoforiem v plnej dĺžke, kvantifikácii, skreslení PCR.
Sekvenovanie nanoporov sa odlišuje od iných sekvenčných platforiem tým, že nukleotidy sa čítajú priamo bez syntézy DNA a generujú dlhé čítanie v desiatkach kilobáz.To umožňuje priame čítanie krížením prepisov v plnej dĺžke a riešenie problémov v štúdiách na úrovni izoforiem.
Plošina：Nanopore PromethION
Knižnica:cDNA-PCR
-
De novo Sekvenovanie transkriptómu v plnej dĺžke - PacBio
De novosekvenovanie transkriptómu v plnej dĺžke, tiež známe akoDe novoIso-Seq využíva výhody sekvenátora PacBio v dĺžke čítania, ktorý umožňuje sekvenovanie molekúl cDNA s plnou dĺžkou bez akýchkoľvek prestávok.Tým sa úplne zabráni akýmkoľvek chybám generovaným v krokoch zostavovania prepisu a vytvorí sa unigénne sady s rozlíšením na úrovni izoforiem.Tieto unigénne sady poskytujú výkonnú genetickú informáciu ako „referenčný genóm“ na úrovni transkriptómu.Okrem toho, v kombinácii s údajmi o sekvenovaní ďalšej generácie, táto služba umožňuje presnú kvantifikáciu expresie na úrovni izoforiem.
Platforma: PacBio Sequel IIKnižnica: SMRT zvonková knižnica -
Sekvenovanie eukaryotických mRNA - Illumina
Sekvenovanie mRNA umožňuje profilovanie všetkých mRNA transkriptovaných z buniek za špecifických podmienok.Je to výkonná technológia na odhalenie profilu génovej expresie, génových štruktúr a molekulárnych mechanizmov určitých biologických procesov.K dnešnému dňu sa sekvenovanie mRNA široko používa v základnom výskume, klinickej diagnostike, vývoji liekov atď.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Nereferenčné sekvenovanie mRNA - Illumina
Sekvenovanie mRNA využíva techniku sekvenovania novej generácie (NGS) na zachytenie messengerovej RNA (mRNA) z eukaryota v špecifickom období, ktoré aktivujú niektoré špeciálne funkcie.Najdlhší zostrihaný transkript sa nazval „Unigene“ a použil sa ako referenčná sekvencia pre následnú analýzu, čo je účinný prostriedok na štúdium molekulárneho mechanizmu a regulačnej siete druhu bez referencie.
Po zostavení transkriptómových údajov a unigénnej funkčnej anotácii
(1) Vykoná sa SNP analýza, SSR analýza, predikcia CDS a génová štruktúra.
(2) Vykoná sa kvantifikácia unigénnej expresie v každej vzorke.
(3) Rozdielne exprimované unigény medzi vzorkami (alebo skupinami) budú objavené na základe unigénovej expresie
(4) Vykoná sa zhlukovanie, funkčná anotácia a analýza obohatenia rozdielne exprimovaných unigénov
-
Dlhé nekódujúce sekvenovanie - Illumina
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú typom molekúl RNA s dĺžkou presahujúcou 200 nt, ktoré sa vyznačujú extrémne nízkym kódovacím potenciálom.LncRNA, ako kľúčový člen v nekódujúcich RNA, sa nachádza hlavne v jadre a plazme.Vývoj technológie sekvenovania a bioinformtiky umožňuje identifikáciu mnohých nových lncRNA a spája ich s biologickými funkciami.Kumulatívne dôkazy naznačujú, že lncRNA sa široko podieľa na epigenetickej regulácii, regulácii transkripcie a regulácii po transkripcii.
-
Malé sekvenovanie RNA-Illumina
Malá RNA sa vzťahuje na triedu nekódujúcich molekúl RNA, ktoré sú zvyčajne kratšie ako 200 nt, vrátane mikro RNA (miRNA), malej interferenčnej RNA (siRNA) a RNA interagujúcej s piwi (piRNA).
MikroRNA (miRNA) je trieda endogénnej malej RNA s dĺžkou približne 20-24 nt, ktorá hrá v bunkách rôzne dôležité regulačné úlohy.miRNA sa podieľa na mnohých životných procesoch, ktoré odhaľujú tkanivovo – špecifickú a fázovú – špecifickú expresiu a sú vysoko konzervované u rôznych druhov.
-
sekvenovanie circRNA-Illumina
Celé sekvenovanie transkriptómu je navrhnuté tak, aby profilovalo všetky typy molekúl RNA, vrátane kódujúcich (mRNA) a nekódujúcich RNA (vrátane lncRNA, circRNA a miRNA), ktoré sú transkribované špecifickými bunkami v určitom čase.Sekvenovanie celého transkriptómu, tiež známe ako „celkové sekvenovanie RNA“, sa zameriava na odhalenie komplexných regulačných sietí na úrovni transkriptómu.S využitím technológie NGS sú sekvencie celých transkriptómových produktov dostupné pre analýzu ceRNA a spoločnú analýzu RNA, čo predstavuje prvý krok k funkčnej charakterizácii.Odhalenie regulačnej siete ceRNA na báze circRNA-miRNA-mRNA.
-
Celé sekvenovanie transkriptómu – Illumina
Celé sekvenovanie transkriptómu je navrhnuté tak, aby profilovalo všetky typy molekúl RNA, vrátane kódujúcich (mRNA) a nekódujúcich RNA (vrátane lncRNA, circRNA a miRNA), ktoré sú transkribované špecifickými bunkami v určitom čase.Sekvenovanie celého transkriptómu, tiež známe ako „celkové sekvenovanie RNA“, sa zameriava na odhalenie komplexných regulačných sietí na úrovni transkriptómu.S využitím technológie NGS sú sekvencie celých transkriptómových produktov dostupné pre analýzu ceRNA a spoločnú analýzu RNA, čo predstavuje prvý krok k funkčnej charakterizácii.Odhalenie regulačnej siete ceRNA na báze circRNA-miRNA-mRNA.
-
Sekvenovanie prokaryotickej RNA
Sekvenovanie prokaryotickej RNA využíva sekvenovanie novej generácie (NGS) na odhalenie prítomnosti a množstva RNA v danom momente analýzou meniaceho sa bunkového transkriptómu.Sekvenovanie prokaryotickej RNA našej spoločnosti sa špecificky zameriava na prokaryoty s referenčnými genómami, poskytuje vám profilovanie transkriptómov, analýzu štruktúry génov atď. Široko sa používa v základnom vedeckom výskume, výskume a vývoji liekov a podobne.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvenovanie metatranskriptómov
Metatranskriptómové sekvenovanie identifikuje génovú expresiu mikróbov (eukaryotov aj prokaryotov) v prirodzenom prostredí (tj pôda, voda, more, výkaly a črevá). Konkrétne vám táto služba umožňuje získať profilovanie celej génovej expresie komplexných mikrobiálnych spoločenstiev, taxonomickú analýzu druhov, analýza funkčného obohatenia rôzne exprimovaných génov a ďalšie.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
