16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Prednosti storitve
● Hitra identifikacija mikrobne sestave v okoljskih vzorcih brez izolacije
● Visoka ločljivost v komponentah z nizko vsebnostjo v okoljskih vzorcih
● Najnovejši tok analiziranja QIIME2 z različnimi analizami v smislu baze podatkov, opombe, OTU/ASV.
● Visoka zmogljivost, večja natančnost
● Uporabno za različne študije mikrobne skupnosti
● BMK ima bogate izkušnje z več kot 100.000 vzorci na leto, ki zajemajo zemljo, vodo, plin, blato, iztrebke, črevesje, kožo, fermentacijsko juho, žuželke, rastline itd.
● BMKCloud olajša interpretacijo podatkov, ki vsebuje 45 personaliziranih orodij za analizo
Specifikacije storitve
| ZaporedjePlatforma | Knjižnica | Priporočeni donos podatkov | Predviden čas obračanja |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | Oznake 50K/100K/300K | 30 dni |
Bioinformatske analize
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● OTU združevanje/de-noise (ASV)
● Opomba OTU
● Alfa raznolikost
● Beta raznolikost
● Medskupinska analiza
● Asociacijska analiza glede na eksperimentalne dejavnike
● Predvidevanje delovanja gena
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
Zaizvlečki DNK:
| Vrsta vzorca | Znesek | koncentracija | Čistost |
| izvlečki DNK | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za okoljske vzorce:
| Vrsta vzorca | Priporočeni postopek vzorčenja |
| Prst | Količina vzorca: pribl.5 g;Preostanek ovenele snovi je treba odstraniti s površine;Velike kose zmeljemo in preidemo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali ciroepruveti za rezervacijo. |
| Iztrebki | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorce v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo. |
| Črevesna vsebina | Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo sperite s PBS;Centrifugirajte PBS in zberite usedlino v EP-epruvete. |
| Blato | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo |
| Vodno telo | Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot je voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in jo prepustite skozi filter 0,22 μm, da obogatite mikrobe na membrani.Membrano shranjujte v sterilni epruveti. |
| koža | S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto. |
Priporočena dostava vzorcev
Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Zahtevano je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1. Razširjenost vrst
2.Toplotni zemljevid: združevanje bogastva vrst
3.Krivulja redkih frakcij
4. Analiza NMDS
5.Lefse analiza
Zadeva BMK
Debeli posamezniki s sladkorno boleznijo tipa 2 in brez nje kažejo različno funkcionalno zmogljivost in sestavo črevesnih mikrobov.
Objavljeno:Cell Host & Microbe, 2019
Strategija zaporedja:
Vitki bolniki brez sladkorne bolezni (n=633);Debelost brez sladkorne bolezni (n=494);Debelost - sladkorna bolezen tipa 2 (n=153);
Ciljna regija: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (sekvenciranje amplikonov na osnovi NGS)
Podmnožica izvlečkov DNK je bila izpostavljena metagenomskemu sekvenciranju na Illumina Hiseq
Ključni rezultati
Mikrobni profili teh presnovnih bolezni so bili uspešno diferencirani.
S primerjavo mikrobnih značilnosti, ustvarjenih s sekvenciranjem 16S, je bilo ugotovljeno, da je debelost povezana s spremembami mikrobne sestave, posameznimi značilnostmi, zlasti znatnim zmanjšanjem Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes itd. Poleg tega je bilo ugotovljeno, da je T2D povezan s povečanjem Escherichia/shigella .
Referenca
Thingholm, LB, et al."Debeli posamezniki s sladkorno boleznijo tipa 2 in brez nje kažejo različno funkcionalno zmogljivost in sestavo črevesnih mikrobov."Celični gostitelj in mikrob26.2 (2019).
