Sekvenciranje amplikonov 16S/18S/ITS-NGS
Značilnosti storitve
● Platforma za sekvenciranje: Illumina NovaSeq.
● Amplifikacija kratkih regij 16S, 18S in ITS, med drugimi tarčami amplifikacije.
● Prilagodljive izbire amplikonov.
● Prejšnje izkušnje s projekti z več tarčami amplifikacije.
Prednosti storitve
●Brez izolacije:Hitra identifikacija mikrobne sestave v vzorcih okolja.
●Visoka ločljivostV okoljskih vzorcih z nizko vsebnostjo snovi.
●Široko uporabnoŠtudije raznolikih mikrobnih združb.
●Celovita bioinformatična analizaNajnovejši paket QIIME2 (kvantitativni vpogled v mikrobno ekologijo) z raznolikimi analizami v smislu baze podatkov, anotacije, OTU/ASV.
●Obsežno strokovno znanjeZ letno izvedenimi 150 tisoč projekti sekvenciranja amplikonov ima BMKGENE več kot desetletje izkušenj, visoko usposobljeno analitično ekipo, celovito vsebino in odlično poprodajno podporo.
Specifikacije storitve
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Priporočeni podatki |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K oznak (branje parov) |
Zahteve glede storitev
| Koncentracija (ng/µL) | Skupna količina (ng) | Prostornina (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Zemlja/blato: 1–2 g
● Vsebina črevesja – žival: 0,5–2 g
● Črevesna vsebina - žuželka: 0,1–0,25 g
● Površina rastline (obogatena usedlina): 0,1–0,5 g
● Usedlina, obogatena s fermentacijsko juho): 0,1–0,5 g
● Iztrebki (velike živali): 0,5–2 g
● Iztrebki (mišji): 3–5 zrn
● Tekočina za izpiranje pljučnih alveolov: filtrirni papir
● Vaginalni bris: 5–6 brisov
● Bris kože/genitalnih tkiv/sline/mehkih tkiv ustne votline/bris žrela/bris rektuma: 2–3 brisi
● Površinski mikroorganizmi: filtrirni papir
● Vodno telo/zrak/biofilm: filtrirni papir
● Endofiti: 1–2 g
● Zobne obloge: 0,5–1 g
Potek dela storitve
Dostava vzorca
Gradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
- Nadzor kakovosti surovih podatkov
- Združevanje OTU-jev/odpravljanje šuma (ASV)
- Opomba OTU
- Analiza alfa raznolikosti: več indeksov, vključno s Shannonovim, Simpsonovim in ACE.
- Analiza beta raznolikosti
- Medskupinska analiza
- Korelacijska analiza: med okoljskimi dejavniki in sestavo ter raznolikostjo izven okolja
- Napoved funkcionalnega gena 16S
Histogram taksonomske porazdelitve
toplotni zemljevid grozdenja taksonomske številčnosti
Analiza alfa raznolikosti: krivulja redčenja
analiza beta raznolikosti: NMDS
Medskupinska analiza: odkritje biomarkerja LEFSE
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja amplikonov podjetja BMKGene z Illumino, prek izbrane zbirke publikacij.
Dong, C. et al. (2022) »Sestava, osrednja mikrobiota in funkcija rizosfere, talne in lubne mikrobiote pri Eucommia ulmoides«, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) »Presaditev sintetičnih bakterijskih konzorcijev za zdravljenje bakterijske vaginoze, ki jo povzroča Gardnerella vaginalis, pri miših«, Microbiome, 11(1), str. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. in Liu, H. (2022) »Mikrobiomi zračnega prahu, zbranega med zemeljskim zaprtim bioregenerativnim eksperimentom za ohranjanje življenja »Lunar Palace 365««, Environmental Microbiomes, 17(1), str. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) »Od surovine odvisna številčnost funkcionalnih genov, povezanih z izgubo dušika, ki jo nadzoruje transformacija dušika pri kompostiranju«, Bioresource Technology, 361, str. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
