BMKCloud Log in
条形banner-03

Izdelki

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Podenota na 16S in 18S rRNA, ki vsebuje visoko ohranjene in hipervariabilne regije, je popoln molekularni prstni odtis za identifikacijo prokariontskih in evkariontskih organizmov.Z izkoriščanjem prednosti sekvenciranja je mogoče te amplikone ciljati na podlagi ohranjenih delov in hiper-variabilne regije je mogoče v celoti karakterizirati za identifikacijo mikrobov, kar prispeva k študijam, ki zajemajo analizo mikrobne raznolikosti, taksonomijo, filogenijo itd. Ena molekula v realnem času (SMRT) ) sekvenciranje platforme PacBio omogoča pridobivanje zelo natančnih dolgih odčitkov, ki bi lahko zajeli amplikone polne dolžine (cca. 1,5 Kb).Širši pogled na genetsko polje je močno povečal ločljivost pri označevanju vrst v skupnosti bakterij ali gliv.

Platforma:PacBio Nadaljevanje II


Podrobnosti storitve

Demo rezultati

Študija primera

Prednosti storitve

1

● Dolgo branje, ki razkriva celotno zaporedje 16S/18S/ITS

● Zelo natančno osnovno klicanje s sekvenciranjem načina PacBio CCS

● Ločljivost na ravni vrste v opombi OTU/ASV

● Najnovejši tok analiziranja QIIME2 z različnimi analizami v smislu baze podatkov, opombe, OTU/ASV.

● Uporabno za različne študije mikrobne skupnosti

● BMK ima bogate izkušnje z več kot 100.000 vzorci na leto, ki zajemajo zemljo, vodo, plin, blato, iztrebke, črevesje, kožo, fermentacijsko juho, žuželke, rastline itd.

● BMKCloud olajša interpretacijo podatkov, ki vsebuje 45 personaliziranih orodij za analizo

Specifikacije storitve

ZaporedjePlatforma

Knjižnica

Priporočeni podatki

Čas obračanja

PacBio Nadaljevanje II

SMRT-zvonec

Oznake 5K/10K/20K

44 delovnih dni

Bioinformatske analize

● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov

● OTU združevanje/de-noise (ASV)

● Opomba OTU

● Alfa raznolikost

● Beta raznolikost

● Medskupinska analiza

● Asociacijska analiza glede na eksperimentalne dejavnike

● Predvidevanje delovanja gena

16sPacbio

Zahteve za vzorce in dostava

Vzorčne zahteve:

Zaizvlečki DNK:

Vrsta vzorca

Znesek

koncentracija

Čistost

izvlečki DNK

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za okoljske vzorce:

Vrsta vzorca

Priporočeni postopek vzorčenja

Prst

Količina vzorca: pribl.5 g;Preostanek ovenele snovi je treba odstraniti s površine;Velike kose zmeljemo in preidemo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali ciroepruveti za rezervacijo.

Iztrebki

Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorce v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo.

Črevesna vsebina

Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo sperite s PBS;Centrifugirajte PBS in zberite usedlino v EP-epruvete.

Blato

Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo

Vodno telo

Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot je voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in jo prepustite skozi filter 0,22 μm, da obogatite mikrobe na membrani.Membrano shranjujte v sterilni epruveti.

koža

S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto.

Priporočena dostava vzorcev

Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Zahtevano je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.

Potek storitvenega dela

dostava vzorca

Dostava vzorcev

Priprava knjižnice

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Zaporedje

Analiza podatkov

Analiza podatkov

Poprodajne storitve

Poprodajne storitve


  • Prejšnja:
  • Naslednji:

  • 1. Stopnja pripomb za profiliranje mikrobne skupnosti na osnovi V3+V4(Illumina) v primerjavi s profiliranjem na podlagi celotne dolžine (PacBio).
    (Za statistiko so bili uporabljeni podatki 30 naključno izbranih projektov)

    3

    2. Stopnja oznak sekvenciranja pomnožev polne dolžine na ravni vrste v različnih vrstah vzorcev

    4

    3. Razširjenost vrst

    5
    4.Filogenetsko drevo

    6

    Zadeva BMK

    Izpostavljenost arzenu povzroči poškodbo črevesne pregrade in posledično aktivacijo osi črevesje-jetra, kar povzroči vnetje in piroptozo jeter pri racah

    Objavljeno:Znanost o celotnem okolju,2021

    Strategija zaporedja:

    Vzorci: kontrola v primerjavi s skupino, izpostavljeno 8 mg/kg ATO
    Donos podatkov o sekvenciranju: skupaj 102.583 neobdelanih zaporedij CCS
    Kontrola: 54.518 ± 747 efektivnih CCS
    Izpostavljenost ATO: 45.050 ± 1675 efektivnih CCS

    Ključni rezultati

    Alfa raznolikost:Izpostavljenost ATO je znatno spremenila bogastvo in raznolikost črevesnih mikrobov pri racah.

    Analiza metastatov:
    Na nivoju vrste: 2 vrsti bakterij, odkriti samo v kontrolnih skupinah
    Na ravni rodu: 6 rodov je bilo ugotovljeno, da se bistveno razlikujejo po relativni številčnosti
    Na ravni vrste: skupaj je bilo identificiranih 36 vrst, od katerih se jih 6 bistveno razlikuje po relativni številčnosti

    Referenca

    Thingholm, LB, et al."Debeli posamezniki s sladkorno boleznijo tipa 2 in brez nje kažejo različno funkcionalno zmogljivost in sestavo črevesnih mikrobov."Celični gostitelj in mikrob26.2 (2019).

    pridobite ponudbo

    Tukaj napišite svoje sporočilo in nam ga pošljite

    Pošljite nam svoje sporočilo: